Six mois après l'assassinat de Eddie Torres, J.C. Williams et Nina Moreno intègrent une unité spéciale chargée de mettre la main sur un spécialiste des cambriolages de banques, Mohammed Khalil, chef d'un groupe dont fait parti, Nadine Jordan, responsable de la mort d'Eddie.
S04E02 - Plus belle tu meurs
Isabelle , mannequin, est retrouvée morte dans une allée. Le médecin légiste prétend qu'il s'agit d'une overdose d'héroïne. Elle était fiancée à un agent, Paul Milan. J.C. est chargé de s'approcher de l'homme en se faisant passer pour un éditeur de magazines de mode.
S04E03 - Pipeline
Le lieutenant Barker et son unité spéciale, accompagnés de J.C. Williams traquent un fournisseur de cocaïne protégé par l'immunité diplomatique.
S04E04 - Pièces de rechange
J.C. aborde le lieutenant Barker au sujet de la disparition de plusieurs enfants vivant dans la rue. Une clocharde aurait vu l'un d'entre eux se faire tuer puis être transporté dans une camionnette.
S04E05 - La bourse ou la vie
Un agent de change prêt à témoigner contre Michael Sandrelli, un truand qui aurait réussi à s'infiltrer à Wall Street, est assassiné à la terrasse d'un café. Le cas est soumis à l'unité spéciale du Lieutenant Barker qui envoie deux agents sur place.
S04E06 - Piège à rat
L'unité spéciale du Lieutenant Barker est cette fois confrontée à une série d'incendies criminels. Le frère de Nell semble lié à ces actes.
S04E07 - Règlements de comptes
Leon Perez travaille dans une banque spécialisée dans le transfert d'argent. Il reçoit un jour des signaux émis depuis un téléphone cellulaire et peu de temps après, est tué par deux cambrioleurs venus dévaliser la banque. Le lieutenant Barker, s'aperçoit que le hold-up a servi de couverture à un assassinat.
S04E08 - Peine capitale
L'équipe du Lieutenant Barker enquête sur les meurtres dde plusieurs juges et avocats. Ils soupçonnent un groupe de policiers d'être les auteurs de ces crimes.
S04E09 - Double infiltration
Sage Baron et Zeke Randall sont à la tête d'un petit réseau de vente d'armes impliqué dans des transactions de plus en plus importantes. Lorsqu'un enfant est tué par une arme provenant du trafic. Le Lieutenant Barker, aidé de Nina Moreno et J.C. Williams, décide de mettre fin au système.
S04E10 - Extases mortelles
Le lieutenant Baker présente à son équipe Lana Brooks, agent du FBI spécialisée dans les sciences du comportement. Elle leur expose le cas de six hommes de race blanche mort dans les rave parties après avoir absorbé des pilules d'Ecstasy visiblement mélangées avec un autre produit plus dangereux. J.C. est chargé d'aider Lana Brooks à dresser un profil du tueur.
S04E11 - Retour aux sources
Le lieutenant Barker doit infiltrer un réseau criminel sur lequel il avait déjà enquêté secrètement pendant un an.
S04E12 - Danger pour les terroristes
Le lieutenant Barker et J.C. Williams assis dans un bar, entendent l'annonce d'une tentative de hold-up par des terroristes de l'IRA dans une banque située à quelques immeubles de là. Sur place, ils apprennent qu'il n'y a en fait qu'un seul cambrioleur.
S04E13 - Catharsis
Le lieutenant Barker et son équipe aident le procureur Peter Vitti à retrouver sa fille kidnappée par des terroristes. Au même moment, Eve Fleming est condamnée à mort après avoir assassiné deux conseillers municipaux dans un ascenseur à l'aide d'un gaz mortels. Ils s'aperçoivent rapidement que ces deux évènement sont liés.