Eddie Torres et J.C. Williams enquêtent sur de mystérieux incendies d'églises dans le Sud. Le premier suspect est Greg Thomas qui a fait des peintures murales sur quelques-unes des églises qui ont brûlé. Mais tandis que celui-ci est interrogé, une autre personne est repérée dans l'église baptiste et s'échappe tandis que J.C. le poursuit
S03E02 - Persécutions - 2ème partie
Eddie Torres, J.C. Williams et Tommy McNamara enquêtent sur de mystérieux incendies d'églises dans le Sud. Le premier suspect est Greg Thomas qui a fait des peintures murales sur quelques-unes des églises qui ont brûlé. Mais tandis que celui-ci est interrogé, une autre personne est repérée dans l'église baptiste et s'échappe tandis que J.C. le poursuit
S03E03 - Un amour tenace
Eddie Torres et J.C. Williams enquêtent sur le cambriolage de l'appartement d'un couple assez âgé. Le voleur aurait été aidé par sa petite amie professionnelement bien placée pour le renseigner sur ses futures victimes.
S03E04 - Le monstre
Une jeune fille est enlevée par un pédophile récemment sorti de prison et harcelé par ses voisins. Tandis que J.C. et Torres mènent l'enquête, Monica Ledesma, une jeune fille âgée de 18 ans, prétend qu'elle a été enlevée par le pédophile neuf ans plus tôt et est certaine qu'il est vraiment responsable du récent enlèvement.
S03E05 - Le complexe du héros
Le cambriolage d'une épicerie fait trois victimes : un jeune garçon et les deux voleurs. Les détectives Moreno et Mc Namara récupèrent une cassette vidéo provenant des caméras du magasin. Ils découvrent ainsi qu'un certain Walter Perry a pris en chasse les deux cambrioleurs.
S03E06 - Mets-la en sourdine
Quelqu'un en veut au célèbre rappeur d'un gang, Monster, ou peut-être bien à son manager, Berry qui avait réussi à créer son label grâce à un trafiquant de drogue. Le rappeur avait déjà échappé à une tentative de meurtre mais la deuxième fois des gangsters en voiture ne l'ont pas raté. JC et Eddie savent que derrière ce meurtre se cache de la drogue et un gros coup. Ils finissent par apprendre que Berry le manager doit encore de l'argent à un certain Xavier qui veut lui faire la peau.
S03E07 - Piqué au vif
Deux victimes sont retrouvées mortes par overdoses : une jeune femme et le père d'Eddie, qui était ancien toxicomane porteur du virus du sida. JC et MCNamara sont chargés de retrouver les dealers responsables de cette «épidémie» de morts par overdose.
S03E08 - L'amour est aveugle
Le propriétaire d'un magasin engage un tueur professionnel chargé d'assassiner trois gangsters qui soutirent régulièrement de l'argent aux commerçants du quartier. Nina se rend sur place dans l'espoir de retrouver le tueur avant qu'il ne commette l'irréparable.
S03E09 - Sans pitié
Un homme, atteint du virus du sida, est retrouvé mort par sa femme Terry dans leur appartement. Celle-ci avoue à JC et Eddie que leur mariage n'allais plus très bien depuis qu'il avait eu une aventure avec un autre femme.
S03E10 - La taupe
JC et Eddie enquêtent sur le vol d'un diamant qui a laissé derrière lui 3 morts et aucune trace du coupable. McNamara propose à Uther un usurier de lui dire ce qu'il sait en échange d'une peine moins lourde. Il accepte et transmet ses informations. JC se fait passer pour un agent de sécurité mais le plan échoue et les voleurs prennent la fuite. Uther change de camp et travaille à nouveau pour ses propres intérêts mais choisit la prudence se sachant surveillé par la police. Malgré les fausses pistes, les détectives vont pouvoir trouver la faille.
S03E11 - Guerre des gangs
J.C. Williams et Eddie Torres enquêtent sur la mort d'une innocente lors d'un règlement de compte entre gangs rivaux. Le seul moyen d'identifier les coupables est d'infiltrer les gangs impliqués dans le meurtre.
S03E12 - Erreur judiciaire
Le lieutenant Cooper est pris en otage dans son bureau par Earl Briggs, un père désespéré qui tente de sauver son fils de la peine de mort. Il menace de tuer le Lieutenant, grâce à une bombe qu'il s'est attaché autour de la taille, si son fils n'est pas libéré.
S03E13 - Caméra au poing
JC, Eddie, Nina et Tommy recherchent le meurtrier d'un jeune garçon et de Clarita Amstrong dans un foyer de jeunes à Harlem. Après avoir interrogé les amis et la famille ils décident de rendre visite à Codak qui travaillait avec Clarita sur un projet video. Sa mère, une ex petite amie de JC, promet d'amener son fils pour un interrogatoire. Codak avait en fait filmé la scène et savait tout. Duane le coupable surprend une conversation où il apprend que Codak a gardé les preuves et se met à le poursuivre.
S03E14 - Espions et trafiquants
JC et McNamara font une descente dans une usine de crack au cours de laquelle ils tirent accidentellement sur une femme enceinte. De retour au poste, ils interrogent Simon propriétaire de l'usine qui dénonce James. Dans une confrontation entre les deux hommes, Simon manipule James et tire en faisant croire à la légitime défense. Libéré sous caution il revient après avoir aperçu des hommes l'attendant dans la rue et demande protection contre sa coopération. Il incrimine la CIA et malgré le scepticisme des officiers la piste est retenue. Simon est retrouvé mort peu après, l'affaire se complique et passe au FBI. McNamara ne laisse pas tomber et suit la piste d'un certain Renaldo qui va le mener tout droit vers la marchandise.
S03E15 - L'enlèvement
Quand sa fille est kidnappée sur le chemin de l'école, l'inspecteur Moreno insiste pour qu'on lui confie l'affaire.
S03E16 - Vengeance d'un vétéran
Un jeune policier, Charles Evans se fait tuer lors du détournement d'un camion de l'armée. JC est en colère car il avait poussé le jeune homme à s'engager. Le suspect s'est enfui emportant 3 missiles déjà opérationnels. Keno, responsable des entrées d'armes, cache quelque chose. Les détectives soupçonnent Mooney qui a fait la guerre du Gulf avec Keno, guerre à cause de laquelle son fils était mort. Keno lui a révélé la date d'arrivée des missiles et le protège parce qu'un jour il lui avait sauvé la vie.
S03E17 - La terre promise
Les inspecteurs Eddie Torres et JC Williams enquêtent sur le meurtre d'un chaffeur de taxi lorsque JC reçoit un appel anonyme d'une personne qui prétend être la véritable cible que le meurtrier voulait toucher.
S03E18 - Meurtre en entreprise
A l'extérieur d'une entreprise pétrolière, un rassemblement de manifestants transporte un homme blessé à travers la foule. Cet homme, Sterling Montgomery, président de la société, a été gravement touché par une lettre piégée.
S03E19 - Les fugitifs
Une femme, ancien membre de la police cherche à se venger des deux hommes qui lui ont fait perdre son travail. McNamara et Moreno sont chargés d'enquêter sur le meurtre d'un policier abattu par cette mystérieuse femme.
S03E20 - L'impossible vérité
Sheila Perez se rend au commissariat et raconte à Nina Moreno comment deux hommes, un afro-américain et un hispanique, ont volé sa voiture avec son fils et sa fille installés sur les sièges arrières.
S03E21 - Vendetta
Un policier est assassiné par des immigrés en situations irrégulières. J.C. Williams et Eddie Torres enquêtent, et remontent jusqu'à Sonny Fung, un homme mêlé à bon nombre d'affaires illégales.
S03E22 - C'est un crime
La jeune Viviane Scott, réputée dans le voisinage pour ses actions contre le crime et la pauvreté, est retrouvée morte sur la cage d'ascenseur de son bâtiment. Les détectives Williams et Torres sont chargés de l'enquête pour déterminer s'il s'agit d'une négligence de la part du propriétaire du bâtiment.
S03E23 - Une place en enfer
J.C. Williams se fait passer pour un détenu afin de faire tomber l'un des plus importants membres des cartels de la drogue. Il fait la connaissance de Clyde, emprisonné pour trafic de substances illicites.
S03E24 - Dernier combat
Un braquage de banque aux allures de commando tourne mal lorsque l'homme qui venait livrer des pièces de monnaie est assassiné. Les détectives qui enquêtent sur ce meurtre comprennent bientôt qu'ils ont affaire à des tueurs vicieux, viles et vindicatifs.