Shanna, une biker qui joue le rôle d'informateur pour la police de New York, est assassinée dans son appartement avec sa petite fille de six ans. Eddie, qui a pour partenaire temporaire Nina Moreno, est chargé de l'enquête.
S02E02 - Racaille
George Holloway, un jeune courtier blanc à Wall Street, est arrêté pour avoir tiré sur deux adolescents portoricains. L'un, Michael succombe à ses blessures et l'autre, Ramon est à l'hôpital dans un état stationnaire. Holloway plaide la légitime défense. Une fois sorti de l'hôpital, Ramon et ses amis se mettent à harceler Holloway. Un témoin affirme avoir vu Holloway tirer sur les deux garçons et alors que les détectives se rendent chez Holloway pour l'arrêter, une violente confrontation éclate entre Holloway et Ramon.
S02E03 - Le meilleur ami de l'homme
Eddie et J.C sont à la recherche du propriétaire d'un pit bull qui aurait mortellement agressé deux individus. Ils finissent par mettre la main sur deux garçons, Antoine et Memo, qui apparement ne semblent pas se rendre compte de la gravité de la situation, tant ils sont attachés à leur animal. Ils concoctent un plan de fuite pour My Man, le pit bull, ils se retrouvent en sécurité.
S02E04 - La quête du pouvoir
J.C. rentre dans la confrérie Iota Alpha Psi dans le but de découvrir l'auteur du meurtre de Ricky, un noir américain. Il partage la chambre d'Oreo, le meilleur ami de la victime. La confrérie accuse un groupe raciste mais les détectives enquêtent dans tout le campus. J.C. arrive presqu'à ses fins lorsqu'il est attrapé par un gang et se fait lincher. Oreo dénonce les coupables et le met sur une fausse piste.
S02E05 - Meurtres numériques
Meghan, la fille du lieutenant Cooper se fait un ami sur Internet. L'homme, plus âgé, la persuade de le rencontrer. Il l'emmène dans son appartement, prend des photos indécentes et finit par la violer. Les détectives sont alertés par la mère inquiète et découvrent le message Internet. Meghan est en état de choc mais coopère avec Nina qui contacte le pédophile en se faisant passer pour une fille de seize ans. Cerné par la police, il réussit à rejoindre sa voiture.
S02E06 - Buster et Claudia
Une série de cambriolages a été perpétrée par un jeune couple. J.C. Williams et Eddie Torres commencent leur enquête en interrogeant les membres d'une bande connue sous le nom de Gang de la Cinquième Avenue.
S02E07 - Pour l'amour d'une belle
Jay Jay un étudiant noir est retrouvé mort dans l'enceinte de son école. Les témoins affirment que peu de temps avant le crime, une violente dispute avait éclaté entre la victime et un certain Oscar à propos de Délia, l'ex petite amie de Jay Jay. Au beau milieu de l'enquête, un autre incident se produit poussant Oscar à se réfugier chez la directrice qui de toute évidence n'a pas dit toute la vérité à Eddie et J.C.
S02E08 - Le plus offrant
Alors que Sarah récupère de son accouchement, Mark, son ami, entre dans l'hôpital et enlève leur enfant. Sarah projetait en effet de vendre son bébé à un riche couple, ce qui lui aurait permis de mener une vie confortable sans avoir à travailler.
S02E09 - Jeune, belle et morte
A la suite d'un défilé, Krista McCauley, un jeune top model de dix sept ans, est sauvagement agressée et défigurée. Tandis que Krista se refait une santé, J.C. se fait passer pour un mannequin pour les besoins de l'enquête. Don Casaloma, agent et ancien amant de la victime, demeure le principal suspect mais est retrouvé mort. J.C. interroge la famille et le père de Krista ne cache pas qu'il s'était catégoriquement opposé au choix de sa fille... Un père trop protecteur, un mannequin jaloux, un simple agresseur... qui en voulait à la carrière de Krista?
S02E10 - Situation explosive
Alors qu'il fait un discours, Marcus Jackson, éminent membre du Congrès américain, est tué par l'explosion d'une bombe cachée dans un micro. Eddie et J.C. apprennent par le lieutenant Donovan que Jackson avait reçu des lettres de menaces.
S02E11 - La vengeance
L'ennemi de J.C., Danny Cort, monte un complot contre lui afin de se venger de la mort de son jeune frère Randall. Il tue deux des ennemis de J.C., lequel se retrouve, de fait, suspecté par le service d'investigation interne et doit lutter pour prouver son innocence.
S02E12 - Affaires internes
Eddie et Tina trouvent J.C. l'arme pointée sur le corps inanimé de Danny Cort et sur sa petite amie, Simone, seule témoin. Tandis que l'ambulance emporte le corps de son fiancé, Simone, accuse J.C. d'avoir tué Danny.
S02E13 - L'ange exterminateur
J.C. et Eddie arrivent au moment où le membre d'un gang se fait tuer. Tika Santiago, sa petite amie et sa mère Sylvia Terez restent à côté de son corps, en accusant des policiers de l'avoir tué pour se venger de l'assassinat de l'officier Raul Luiz.
S02E14 - L'heure a sonné
J.C. et Eddie arrivent au moment où le membre d'un gang se fait tuer. Tika Santiago, sa petite amie et sa mère, Sylvia Terez, restent à côté de son corps, en accusant les policiers de l'avoir tué pour se venger de l'assassinat de l'officier Raul Luiz.
S02E15 - Mauvais sang
Un journaliste d'investigation est assassiné. Il s'apprêtait à diffuser des informations gênantes concernant un éminent physicien noir, le docteur William Johnson. Ce dernier aurait joué un rôle dans des expérimentations faites sur 400 hommes noirs dans les années 1930, ainsi que dans celles faites sur des patients atteints du sida plus récemment.
S02E16 - Il n'y a pas de fumée sans feu
J.C., Eddie et Nina enquêtent sur la mort d'une femme pompier, Suzanne Tesher. Nina intègre le corps des sapeurs-pompiers et découvre alors que les collègues de Suzanne l'auraient harcelée et pourraient avoir altéré son équipement respiratoire.
S02E17 - Les jeunes recrues
J.C. et Eddie enquêtent sur le meurtre du propriétaire d'une société de camionnage. Ils établissent très vite le lien avec un certain Ray Terrafino qui fait venir des tueurs du Rwanda. Ce ne sont pas des mercenaires, mais de jeunes garçons entraînés pour se défendre durant la guerre civile rwandaise avec, à leur tête, un certaine René Mazili.
S02E18 - Un penchant pour le mal
Torres et Moreno pénètrent dans un hôpital au moment où un couple y est amené, victime d'un agression pendant leur jogging dans Central Park. La femme, Marilyne est morte à son arrivée alors qu'elle était enceinte de 7 mois...
S02E19 - Echec et mat
JC et Eddie enquêtent sur la mort de Sonny Bruno, un chef de bande qui a été assassiné dans un bistrot. D'après les témoins, deux hommes de couleur sont entrés en trombe dans le bar au moment où Sonny Bruno s'apprêtait à partir
S02E20 - Double jeu
Bonnie Mancini et Frank Caso, deux policiers en tenue, viennent en aide à JC et Eddie pour enquêter sur une histoire de drogue. Sammy Ybarra, un ancien informateur d'Eddie, demande sa protection en prétendant que lui-même et deux autres dealers, Ortiz et Marilyn, auraient été maltraités par des hommes en tenue de police.
S02E21 - L'addition
Un groupe militaire de musulmans noirs a décidé de «nettoyer» son quartier. La liste des suspects est longue. Le second de la bande est assassiné tandis qu'il protégeait le chef, Malik. Le lieutenant Cooper charge J.C. de l'enquête.
S02E22 - Les fils à papa
J.C. et Eddie enquêtent sur la mort de Alvin Griffin, tuteur du fils de J.C. Griffin a été vu se battant avec trois garçons, Sean, Martin et Russell, en rentrant chez lui. Il est passé par dessus le pont lors de cette bagarre. Un témoin, Paco Martinez, a réussi à identifier l'un des trois jeunes hommes et la voiture qu'ils conduisaeint.
S02E23 - Engrenage
JC et Eddie enquêtent sur la mort de Phillip Atwell, un organisateur de matches de boxe qui préparait le retour de Kevin Gray. Nina découvre qu'Atwell avait rendez-vous avec Gray le jour où il a été battu à mort.
S02E24 - Nina
Toute la ville est en état d'alerte, suite à l'évasion d'orlando Maldone sur le chemin qui le menait à sa prison. Deux policiers ont été tués dans l'embuscade organisée par ses hommes, et un troisième est pris en otage. Eddie part immédiatement à la poursuite de Lenny Lerner, l'homme qui l'a mis en contact avec Maldone.
S02E25 - Enquête à haut risque
Eddie va risquer sa vie pour arrêter un vendeur d'armes notoire, Orlando Maldone, en se faisant embaucher afin d'intégrer son équipe. Il va se rendre compte de la précarité de sa situation lorsque Joaquin, l'un des membres de la bande, va tirer, sans raison particulière, sur un pilote loué pour une opération.
S02E26 - Carton rouge
Jou-Jou, l'une des figures de la cité, est mort à la suite d'une bagarre avec la star locale du basket, Roland. Une camionnette vue sur le lieu du meurtre mène J.C. et Eddie jusqu'à l'entraîneur de Roland, Peter.