Flipper aide l'équipe à enquêter sur l'éruption soudaine et anormale d'incendies sur différents bateaux.
S03E02 - L'enfant du naufrage
Un signal de détresse est d'abord pris pour un canular avant de se révéler sérieux. Chris va entreprendre de sauver les victimes d'un accident de bateau...
S03E03 - Marée noire
L'équipe cherche à découvrir l'origine d'une catastrophique marée noire qui risque de détruire définitivement le site de Cayo Point...
S03E04 - Trésor de guerre
Tom et Delaney doivent appréhender Kurt Anders avant qu'il ne détruise un sous-marin allemand de la seconde guerre mondiale, échoué au fond de la mer...
S03E05 - Recherche monstre désespérément
Jackie et Chris, à la recherche d'un monstre de l'océan, échouent sur une île. Ils sont aidés par un mystérieux ermite, Grady Keller, qui leur fait promettre, avant de repartir, de ne jamais dévoiler sa présence...
S03E06 - Plongée mystérieuse
Dana, une amie de Holly, arrive en ville. Mais au retour d'une expédition en mer, la jeune fille disparaît. Elle est alors présumée morte. Cap et Alex, qui se sentent coupables, font tout pour la retrouver...
S03E07 - Rodéo marin
Chris se lie d'amitié avec Danny Rae, un jeune délinquant. S'il veut s'intégrer à sa bande, il doit se soumettre à un rite initiatique. Tom et Delaney vont devoir intervenir...
S03E08 - Amerrissage forcé
Les gouvernements chinois et américains recherchent désespérément un satellite qui s'est écrasé dans l'océan et a été secrètement récupéré par Cap.
S03E09 - La "Maria D" en danger
Deux agents de sauvetage en mer peu scrupuleux, Marty et Tyler Wilson, sabotent délibérément des bateaux pour ensuite extorquer à leurs propriétaires une facture de réparation exorbitante. Cap devient une de leurs victimes...
S03E10 - Les Caprices de la grand-mère
La grand-mère de Chris et Alex vient passer Thanksgiving à Bal Harbor. Elle n'apprécie pas du tout Tom, et malgré ses avertissements, elle se rend sur une épave avec les enfants alors qu'une tempête approche...
S03E11 - Un noël agité
La nièce de Tom arrive de Washington et tombe sous le charme d'un jeune délinquant. Pendant ce temps, Alex et Flipper tentent de sauver un dauphin sur le point de donner naissance...
S03E12 - La Famille Robinson
Le bateau des Hampton est volé alors qu'ils passent un week-end en famille. Le coupable, un dealer de drogue désespéré, s'enfuit après avoir laissé Alex blessée sur la plage.
S03E13 - Du vague à l'âme
Lorsque Jack Cawley, grossiste des produits de la mer, démarre de nouvelles affaires à Bal Harbor, les petits pêcheurs commencent à faire faillite. Perry Jefferson, un ami de Cap, continue coûte que coûte au péril de sa vie...
S03E14 - Que le meilleur gagne
Steve Conlon, un ancien ami de Delaney, lui demande de l'héberger pendant quelques jours. Malgré le lourd passé de son ami, Delaney accepte de lui rendre service.
S03E15 - La chute d'une idole
Jackie, inspirée par l'arrivée de la célèbre réalisatrice de cinéma, Kate Thornton, emprunte la caméra vidéo de Tom avec l'intention de tourner un documentaire.
S03E16 - Le Grand Blanc
A la recherche de quelques échantillons de coraux, Alex rencontre un grand requin blanc. Effrayée, elle n'ose plus aller dans l'océan...
S03E17 - Secret défense
Alors qu'elle faisait du ski-nautique, Alex percute un objet à la surface de l'eau. Un ancien avion de la marine américaine est découvert mais elle ne souhaite pas donner de suite. Une jeune femme, pourtant, vient porter réclamation...
S03E18 - Le naufragé du Zéphyr
Courtney se dispute avec sa mère et s'enfuit de la maison. Tom la retrouve et essaye de réconcilier la mère et la fille maisd cela ne fait qu'aggraver la situation
S03E19 - Une journée sans histoire
Delaney apprend à faire du catamaran à Chris et trois autres garçons : Joey, Brad et Eugène. Mais Joey passe par-dessus bord et Delaney tombe à l'eau en essayant de l'aider. Chris, Brad et Eugène n'arrivent pas à se mettre d'accord sur la meilleure façon de sauver Joey et Delaney. Pendant ce temps, le vent éloigne petit à petit le catamaran du couple en détresse. Pris de panique Joey commence une crise d'asthme
S03E20 - Panique en profondeur
Alex est ravie quand son amie Heather, superqualifiée, accepte de venir travailler à l'Institut. Mais une fois sous l'eau, Heather est victime d'une crise de panique mettant en péril la vie de Holly. Flipper et Tom sont heureusement là pour la sauver. Suite à cet incident, Heather a tendance à en faire trop pour sauver sa réputation. Alex fait sa petite enquête et découvre que ce n'est pas la première fois que la panique s'empare d'Heather quand elle se retrouve sous l'eau. Alors qu'elle s'apprête à partir avec le sous-marin, Alex insiste pour l'accompagner
S03E21 - Mon voeu le plus cher
Jackie et Courtney se lient d'amitié avec une jeune fille, Shelby, qui est atteinte de la leucémie. Le plus grand rêve de Shelby est de nager une fois avec un dauphin. Jackie fait le nécessaire pour que ce rêve devienne réalité, mais la veille du jour où le rêve devrait être exaucé, Shelby doit être admise d'urgence à l'hôpital, la maladie s'étant subitement aggravée
S03E22 - Décompression
C'est le douzième anniversaire de Chris qui est maintenant assez âgé pour faire de la plongée avec des bouteilles à oxygène. Il casse les pieds à Tom jusqu'à ce que celui-ci accepte de l'accompagner. Tout se passe près bien jusqu'au moment où un appel d'urgence oblige Tom à remonter à la surface. Lors de la remontée, Tom subit une décomprésession