Dans les eaux chaudes de Floride, le docteur Keith Ricks a fort affaire avec son expérience d'enregistrement sur le «langage» des dauphins. C'est Aphrodite, le précieux dauphin du scientifique, qui fait l'objet de ce test. La découverte de Keith intéresse au plus haut point la Marine américaine, qui se propose de financer le centre de recherches dirigé par la jeune femme.
S01E02 - Le trésor des pirates
Une bande de pirates attaque le yacht d'André Slater, un riche avocat. Après avoir forcé ce dernier à quitter son embarcation, les malfrats font exploser le bateau. Ayant entendu la déflagration, Keith se rend sur les lieux du sinistre avec Pam, Mike et quelques étudiants...
S01E03 - La terreur verte
Alors qu'il pêchait en haute mer, un chalutier est entièrement détruit par une bombe. Carl Moss, un terroriste dévoué à la cause écologiste, regarde son oeuvre avec un plaisir non dissimulé. De retour à l'institut, Keith et Pam décident de se rendre à un séminaire sur le sonar des chauves-souris. Les dernières découvertes en la matière pourraient bien enrichir les connaissances sur le sonar des dauphins. Pendant ce temps, Mike et Maya décident de sécher les cours pour se rendre dans une petite baie où les langoustes pullulent. Ils envisagent de vendre le fruit de leur pêche sur le continent
S01E04 - Keith mène l'enquête
Flipper joue avec un autre dauphin. Tout à leurs cabrioles, les mammifères ne remarquent pas qu'un filet de pêche est tendu non loin d'eux. Le second dauphin ne tarde pas à se retrouver pris dans ses mailles. Flipper décide d'aller chercher de l'aide. Pendant ce temps, Keith et son ami Allen font de la plongée. Celui-ci assure Keith que ses filets ne peuvent en aucun cas emprisonner des dauphins... Keith n'en est pas vraiment persuadé
S01E05 - L'Enlèvement - 1ère partie
Miguel Hernandez, un Cubain propriétaire d'un hôtel, est un individu assez louche qui, avec son collaborateur Tyrell Parsons, également ancien camarade d'école de Keith, décide d'organiser des spectacles aquatiques avec des dauphins. Cherchant désespérément un dauphin acrobate, Tyrell se rend auprès de Keith, et lui propose 10.000 dollars pour lui acheter l'un des spécimens de l'institut. Mais Keith refuse sa proposition!
S01E06 - L'Enlèvement - 2ème partie
Un propriétaire d'hôtel d'origine cubaine, peu scrupuleux, Miguel Hernandez et son associé Tyrell Parsons, un vieux copain de classe de Keith, veulent mettre au point un spectacle de dauphins pour promouvoir leur résidence hôtelière...
S01E07 - Frères ennemis
Keith et son frère Sandy luttent contre des braconniers qui tuent les requins...
S01E08 - Le chant des sirènes
Mike et Maya font de la planche à voile. Soudain, ils entrent en collision avec un morceau de bois flottant, qui les précipite tous deux dans les flots. Mike refait rapidement surface, tandis que Maya tarde à remonter. Mike lui attrape la cheville. Toute excitée, Maya lui annonce alors qu'elle a vu une sirène...
S01E09 - Le retour de Scott
Mike est tout excité : son père, Scott, leur rend une visite et annonce qu'il doit rester quelque temps dans les parages. Avec l'aide de Maya, il tente de réunir son père et sa mère. Mais les deux ne semblent pas vraiment être faits l'un pour l'autre et les efforts de Mike et de Maya ne font qu'augmenter la tension...
S01E10 - Eaux troubles
Keith et Mike s'entraînent avec Flipper lorsqu'ils croient apercevoir un plongeur attaqué par une murène. En fait, ils perturbent malencontreusement une séance photo. Le plongeur n'est autre qu'une superbe jeune femme, nommée Allison van Rijn qui n'a pas de mots assez durs pour Keith et ses entreprises douteuses...
S01E11 - Amnésie
Seule survivante d'un accident d'avion dans lequel son père, commandant dans la marine, a trouvé la mort, Brooke McClintock est une adolescente traumatisée. Elle est assise sur un radeau, au beau milieu de l'océan. La malheureuse jeune fille revit sans cesse ces moments d'horreur, sans prêter la moindre attention à ce qui l'entoure. Flipper est en train d'évoluer autour d'elle...
S01E12 - Chasseur de perles
De bon matin, Flipper pousse des cris stridents non loin du bungalow de Keith, afin d'attirer l'attention de ce dernier. Il se réveille et suit le dauphin qui le conduit dans les profondeurs d'un récif de corail isolé... Peu après, Keith emmène Pam à ce même endroit et ils découvrent, sous l'eau, plusieurs appareils photos et caméras étanches, de puissants projecteurs et une pompe aspirante...
S01E13 - Le missile
Maya et Mike travaillent ensemble au bord de la plage afin de fabriquer un nourrisseur automatique pour poissons. Mike laisse Maya finir toute seule leur devoir d'école et préfère s'ébattre dans les eaux tièdes de l'océan. Maya en a assez d'être seule et s'en va furieuse. Elle ne se rend pas compte qu'elle est suivie par un mystérieux individu
S01E14 - L'ouragan
L'ouragan «Gretyl» s'approche rapidement de l'institut et tout le monde court pour mettre ses affaires en sécurité. Mais Aphrodite est enceinte et pourrait accoucher à tout instant. Pam et Keith son donc forcés de rester sur place et l'endroit va devenir bientôt le centre d'une tempête tropical incoryablement dévastatrice
S01E15 - Mauvaise compagnie
Jinx Rinaldi, est un adolescent aux cheveux blonds qui fait déjà des ravages. C'est également un surfer talentueux qui s'est retrouvé dans une situation délicate lorsque Flipper l'a surpris alors qu'il se trouvait au beau milieu des vagues. Mike et Maya l'observent depuis leur embarcation et sont impressionnés par son talent. Jinx leur promet de leur apprendre à faire du surf uniquement s'ils font en sorte que Flipper devienne également son ami. Très émue par le beau Jinx, Maya s'empresse d'accepter, tandis que Mike ronchonne
S01E16 - L'île aux singes
Une sérieuse maladie infectieuse fait ravage parmi les singes sur l'îles aux singes à laquelle il est interdit d'accéder. Mike et Maya décident d'ignorer l'interdiction et se rendent sur l'île afin de l'explorer. Lorsque Mike et Flipper attrapent à leur tour cette infection, c'est la course à l'antidote afin de stopper la progression mortelle de la maladie
S01E17 - La menace
Maya se trouve en mer en compagnie de Lyle Costas, un jeune garçon venant d'un milieu aisé. Mike, lui, accroché à son parachute, les survole, entraîné par le bateau à moteur. Lyle heurte violemment une bouée de navigation, précipitant Mike dans l'océan...
S01E18 - L'adoption
Seule sur le bateau pour un soir, Maya est surprise par la visite de Mike. Il lui demande où est sa soeur Kendra. Maya jure qu'elle est en ville pour un entretien d'embauche et supplie Mike de ne dire à personne qu'elle est livrée à elle-même. Pendant ce temps, Sydney Brewster met en place son équipe à l'institut...
S01E19 - Dépôts toxiques
Une aventure où se retrouve un thème cher au coeur des amoureux de l'océan du monde entier : la pollution systématique des mers. L'une des amies de Flipper le dauphin, Whitney, se traîne jusqu'au Centre après avoir été en contact avec une substance toxique. Keith et Pam se battent pour lui sauver la vie!
S01E20 - La vengeance
Alors que Pam et Keith sont en mer afin d'enregistrer le chant des dauphins, ils aperçoivent un bateau en bien piteux état. Ils s'en approchent et sont surpris de constater que le navigateur qui se trouve à son bord n'est autre que Bobby Grimes, le frère de Carl Grimes, truand que Keith avait aidé à mettre derrière les barreaux.
S01E21 - Les requins attaquent
Un véreux propriétaire d'hôtel fait en sorte que la baie soit envahie de requins afin que son concurrent soit obligé d'abandonner ses projets de développement d'un complexe d'hôtels...
S01E22 - Accident de plongée
Pendant une expédition de plongée, Keith reste bloqué avec son pied dans un rocher. Il tente désespérément de se libérer, car l'oxygène vient à manquer. Il réussit finalement, mais sa montée à la surface se fait trop rapidement sans la décompression nécessaire...