Millennium s'achève en mai 1999 en laissant quelques questions en suspens. L'avenir de Frank reste incertain et personne ne sait ce qu'il advient du groupe Millennium. Frank Black reprend du service quelques mois plus tard dans X-Files. Lors du 4ème épisode de la saison 7, intitulé "Millennium", diffusé le 28 novembre 1999 sur la Fox, il fait équipe avec Mulder (David Duchovny) et Scully (Gillian Anderson) pour tenter de mettre fin aux agissements du groupe Millennium, avant le passage au nouveau millénaire.
Chris Carter injecte du sang neuf dans la saison 3 de Millennium. Frank Black, travaillant désormais pour le FBI, se découvre une nouvelle partenaire de jeu, l'agent Emma Hollis, interprétée par Klea Scott. La machiavélique Lucy Butler (Sarah Jane Redmond) est également introduite. Pour boucler le tout, la saison se voit dotée d'un nouveau générique.
La dernière saison de la série se veut plus violente, plus glauque, plus adulte. Chris Carter choisit en effet de prendre un virage radical, mélangeant habilement les épisodes mythologiques et les épisodes indépendants (les "loners"). L'accent est mis sur la conspiration, sans pour autant oublier la recette qui a fait le succès de la série, les enquêtes sur de terrifiants tueurs et les crimes les plus abominables.
La 2ème saison de Millennium ôte le voile sur plusieurs zones d'ombre, donnant quelques explications, notamment sur l'origine du don de Frank (une malédiction héritée de sa mère) et la véritable identité du groupe Millennium. Le héros découvre que derrière la mystérieuse organisation qui l'a recruté se cache un groupuscule fanatique qui cherche à créer une psychose d'une grande ampleur pour contrôler la planète. A la suite de ces révélations, Frank Black reprend du service au sein du FBI.
Brittany Tiplady, qui jouait la jeune Jordan Black, n'avait pas le droit de regarder les épisodes de la série, évidemment trop violente pour son âge. L'équipe technique lui composait cependant un montage regroupant les scènes dans lesquelles elle apparaissait.
Dans l'épisode "Force majeure" de la 1ère saison, il est révélé que l'Apocalypse est prévue pour le 5 mai. Il s'agit du jour de l'anniversaire de Lance Henriksen, l'acteur-vedette de la série.
Le nom du personnage principal, Frank Black, a été choisi par Chris Carter par rapport au chanteur du groupe de rock The Pixies.
Dans le générique, ainsi que sur plusieurs supports de promotion de la série, le titre MillenniuM est écrit avec deux "M" majuscules, MM signifiant en chiffres romains 2000, l'année annoncée de l'Apocalypse dans le show.
Millennium sans Lance Henriksen ? Le personnage de Frank Black a effectivement bien failli être joué par William Hurt. C'était du moins le choix du network Fox. Mais Carter avait écrit le rôle spécialement pour Lance Henriksen. Sans compter que la série devait s'appeler au départ 2000. Carter a finalement opté pour Millennium au dernier moment.
Propulsé vers les sommets avec X-Files, Chris Carter a carte blanche avec Millennium. Décidé à explorer les tréfonds de l'âme humaine et mettre à jour l'essence même du Mal le plus pur, il dépasse toutes les limites. Jamais une série n'était allée aussi loin.