Après la mort de sa femme, Frank décide de réintégrer le FBI. Il fait la connaissance de sa nouvelle équipière, Emma Hollis, avec qui il enquête sur le crash d'un avion dont tous les passagers étaient jumeaux. Une affaire qui implique le groupe Millenium.
S03E02 - Exégèse
Une survivante du crash pourrait être en mesure de donner des explications sur le crash de l'avion. Pendant ce temps, Emma découvre la face cachée du Groupe Millennium.
S03E03 - Ceux qui survivront
Trois élèves sont abattus lors d'un match de football universitaire. Le principal suspect se suicide avant tout interrogatoire et l'affaire est classée sans suite. Frank pense pourtant que ce triple assassinat est lié au fameux bug de l'an 2000
S03E04 - Trauma
Traumatisée par le meurtre de sa soeur, Emma enquête sur trois individus qui multiplient les actes de violence gratuite. Elle finit par être prise en otage par l'un des criminels.
S03E05 - Treize ans plus tard
Frank et Emma tentent de découvrir l'identité d'un tueur en série qui sévit sur les plateaux de télévision d'un film de série B. Mais ces événements rappellent à Frank une enquête qu'il avait menée treize ans auparavant et dont les auteurs du film s'inspirent honteusement.
S03E06 - Ossements
Frank rencontre un homme qui semble peu équilibré et a des visions d'ossements d'humains. Le FBI découvre alors de nombreux squelettes enterrés. Peter Watts refuse que cette macabre découverte soit dévoilé au public. Il prend alors contact avec Emma&
S03E07 - Recommencement
Un criminel emprisonné pour le meurtre et le viol d'une jeune fille risque d'être libéré sous peu. Frank insiste fermement pour que cet individu reste en prison. En vain. Suite à sa libération, des jeunes filles disparaissent de nouveau.
S03E08 - Démons intérieurs
Deux femmes se droguent dans une chambre d'hôtel. L'une d'entre elles va se rafraichir dans la salle de bains et lorsqu'elle ressort, elle a l'apparence d'un zombie. Effrayée, son amie décide de faire appel à Emma.
S03E09 - Omerta
Frank emmène sa fille, Jordan, en vacances à la montagne pour Noël. Il se retrouve mêlé à une curieuse affaire impliquant un membre éminent de la Mafia que l'on croyait mort depuis une décennie et qui refait mystérieusement surface. Frank apprend alors l'existence d'êtres surnaturels dans les bois voisins.
S03E10 - Sursis
Jordan tombe gravement malade et risque de mourir. Frank remue ciel et terre pour trouver un antidote. Il découvre alors que trois autres personnes souffrent des mêmes symptômes
S03E11 - Lésions de guerre
Un vieil homme enlève la fille de Watt, dans l'espoir d'étaler en plein jour la participation du groupe Millennium dans la guerre du Golfe
S03E12 - Le bruit de la mort
Un inconnu envoie à Frank Black une cassette contenant uniquement un bruit sourd. Bien qu'apparemment inoffensive, la bande évoque à Frank la mort mystérieuse de deux personnes
S03E13 - Antipas
Frank enquête sur Lucy Butler, une étrange baby-sitter, qui s'occupe de Divina, la fille d'un futur gouverneur. Lucy semble être mêlée à une affaire de meurtre. Frank craint pour la vie de Divina
S03E14 - Matriochka
Le suicide d'un ancien agent du FBI donne l'occasion à Frank et à Emma de se plonger dans le passé du groupe Millennium, au cours des années 1940. Les anciens dirigeants du groupe aurait fait enlever la fille d'un éminent scientifique ayant participé à l'élaboration de la bombe atomique.
S03E15 - Forcer le destin
Frank et Emma cherchent des réponses lorsqu'un groupe de religieux fanatiques kidnappent une femme juive enceinte
S03E16 - Jordan contre Lucas
Lorsqu'une nouvelle famille s'installe dans le voisinage, Jordan commence à avoir d'étranges visions
S03E17 - L'oeil de Darwin
La jeune Cassie Doyle vient de s'échapper de l'hôpital psychiatrique où elle est internée. Alors que les alarmes de la sécurité retentissent, elle se dirige vers l'autoroute et arrête la voiture du policier Joe Mc Nulty. Brandissant sur le policier l'arme qu'elle vient de lui dérober, elle l'emmène dans une longue cavale : Cassie est soupçonnée d'avoir décapitée l'aide-soignante de l'hôpital, tout comme ses parents en 1992
S03E18 - Bardo Thodol
Frank et Emma enquêtent sur un cargo japonais où ils ont découvert cinq mains sur de la glace, dans une valise métallique et un mystérieux bol rouge
S03E19 - Sept ans de malheur
Frank reçoit un paquet anonyme contenant des polaroïds de lui. Il se souvient qu'un tueur, aujourd'hui décédé, employait cette méthode. Il en informe aussitôt les autorités. Mais l'agent spécial Del Boxer pense que Frank fait une dépression nerveuse
S03E20 - Nostalgie
Franck et Emma enquêtent sur les meurtres de plusieurs jeunes femmes qui disparaissent dans la même petite communauté de South Mills. Ce village est celui où Emma a passé son enfance
S03E21 - Le chemin de croix
Franck est à la poursuite d'un serial killer dont le modus operandi est identique à celui qu'avait adopté un criminel exécuté sur la chaise électrique
S03E22 - La fin d'un temps
A la suite de l'explosion de l'appartement, Barry Baldwin, blessé, est transporté en ambulance. Mais durant le voyage jusqu'à l'hôpital, un médecin enfonce délibérément un bout d'éclat dans sa poitrine