L'idole de Donatello, le savant fou professeur Willard W. Willard, invente l'Intensificateur Moléculaire, une machine qui permet de contrôler la croissance des organismes vivants. Désirant s'approprier l'invention, Krang ordonne à Schredder de la récupérer. Pendant une démonstration, un dysfonctionnement de l'appareil répand sur le sol du laboratoire un flot de rayons ultraviolets qui influent aussitôt sur la végétation ambiante, transformant la ville en une véritable jungle.
S04E03 - Les tortues s'amusent
Michelangelo rêve qu'il est sur le point de se faire attaquer par Tyranno-toy. Il se réveille juste au moment où April annonce l'ouverture de la grande foire aux jouets. Bien décidé à s'y rendre, Michelangelo se déguise en Tortue jouet. Le malicieux propriétaire du Tyranno-toy qui a été abîmé par son fils Kevin emporte Michelangelo chez lui.
S04E04 - Les soldats de marbre
April O' Neil fait, depuis le musée de la ville, un reportage sur une exposition d'objets vieux de 2000 ans, provenant de la dynastie chinoise Ying. Des soldats de marbre avaient été construits afin de protéger des voleurs la perle la plus grosse de la collection de l'empereur. Schredder et Krang conspirent afin de transformer les statues en une armées d'esclaves invincibles.
S04E05 - Vague de chaleur
S04E06 - Quatre tortues et un bébé
Les neutrinos se font attaquer et leurs leaders, Zenter et Grizzla, sont capturés par Krang Schredder, et le général Traag. Zenter et Grizzla envoient leur bébé Tribble- doté de pouvoirs télécinétiques sur la Terre afin d'obtenir la protection des tortues. Tandis que Tribble utilise ses pouvoirs causant une bonne centaine de catastrophes, les tortues déjouent les plans de Schredder et capturent ses complices.
S04E07 - Le collectionneur fou
Un vol considérable est découvert : on a dérobé des objets appartenant aux tortues Ninja. April et Irma se lancent à la poursuite des voleurs et leur enquête mène la journaliste jusqu'au domaine du collectionneur milliardaire Monroe Q. Flem.