Après avoir vaincu l'alliance des mutants au Tibet, Apocalypse se téléporte sur une pyramide au Mexique. Cette dernière est en fait un bâtiment extraterrestre camouflé par les âges. Les X-Men et la Confrérie repartent de leur côté, essayant de trouver des réponses à leurs multiples problèmes.
S04E02 - Les Faux Boy-scouts
Dans un excès de colère, Wanda provoque un accident de métro. Les membres de la Confrérie sont alors considérés comme des héros pour avoir sauvé les passagers. Les retombées populaires mais aussi économiques sont immédiates. L'appât du gain est tel que Vif-argent espère tirer profit en provoquant et en maitrisant des " accidents " en public.
S04E03 - Cible "X"
Pendant que Scott et Jean s'essayent à leur nouveau rôle de professeurs, Logan profite d'un court moment de répit avant d'être capturé par Omega Red et Gauntlet pour le compte d'un groupe Terroriste. Il parvient à se s'échapper mais il s'agit d'un stratagème : Le but de l'Hydra est de se servir de Wolverine pour retrouver X-23 avant le S.H.I.E.L.D.
S04E04 - Tel père, tel fils
Le Professeur X apprend qu'il a un fils, David, qui le contacte pour lui demander de l'aide. Xavier emmène avec lui Tornade, Cyclope et Jean pour aller à la rencontre de son destin brisé. Sur place, tout se complique : David a en fait plusieurs personnalités qui se battent en lui pour le contrôler : un puissant télépathe, un télé kinésiste et un pyromane.
S04E05 - La Révolte
D'autres sphères d'Apocalypse apparaissent un peu partout. Le gouvernement Chinois lance une attaque contre le dôme de leur pays, et la réponse du dôme est violente. Ces actions provoquent un vent de haine et de peur anti-mutante dans le monde entier. Défiguré par une mutation sans contrôle, Spike vit désormais parmi les Morlocks. Las de devoir errer sans but et de subir les quolibets, les brimades et les violences des humains, il décide de se revolter et de combattre.
S04E06 - Épice Cajun
Malicia se pose des questions quand à son avenir à l'Institut Xavier et chez les X-Men. Alors qu'elle est en chemin pour le lycée, elle est enlevée par Gambit. Celui-ci l'amène en Louisiane afin que Rogue apprenne à s'accepter comme elle est. En fait, Rémy Lebeau manipule Malicia afin qu'elle se serve de ses pouvoirs pour combattre un gang rival au sien.
S04E07 - L'Ombre d'une chance
Suite à un accident de quad lors d'une excursion, Kitty fait la rencontre d'une jeune mutante, Danielle Moonstar. Celle-ci est capable de projeter des visions de cauchemars dans l'esprit des personnes. A cause de cette mutation très spéciale, Danielle peine à s'intégrer chez les X-Men. Kitty se réveille le lendemain et constate que Danielle a disparu. Folle de rage, elle demande des comptes aux autres X-Men et ces derniers sont formels : il n'y a jamais eû de Danielle Moonstar à l'Institut. Pourtant Shadowcat est sûre d'elle : Danielle est quelque part et elle a besoin d'elle.
S04E08 - Ascension [1/2]
Des pyramides et les dômes d'Apocalypse apparaissent un peu partout dans le monde. Le professeur Xavier et Tornade vont parlementer avec Apocalypse et ainsi trouver une solution pacifique. Ils sont tout deux désintégrés par le mutant le plus puissant du monde. Les X-Men et la Confrérie tentent de faire front commun et de d'aller combattre ensemble et ainsi venger la disparition de leurs leaders.
S04E09 - Ascension [2/2]
Apocalypse se fait aider par ses 4 cavaliers : Magneto, Xavier Tornade et Mystique. Les pouvoirs surmultipliés de ces super-mutants donnent bien du fil à retordre aux équipes de la Coalition venues pour combattre. Tout espoir semble perdu lorsque les pyramides s'activent malgré la rage des combats, le monde va changer à jamais : L'Evolution commence.