X-Men Evolution : Episodes de la saison 3

Les mutants sont traqués par les autorités et les journalistes, et sont rejetés par la population. Dans un chaos total, les jeunes de l'institut Xavier se dispersent pour mieux se cacher. Le groupe X-Men – Confrérie cherche un moyen de libérer leurs membres respectifs capturés. Ils trouvent une aide providentielle en la personne de Nick Fury.

Logan et Malicia sont pris en chasse par l'armée alors qu'ils faisaient quelques courses avec discrétion pour acheter de quoi nourrir les quelques X-Men qui se cachent dans les montagnes. Ils sont pris en chasse, traqués par des hélicoptères, puis acculés dans leur grotte. Selon les enseignements de Xavier, Cyclope préfère fuir plutôt que combattre et risquer de blesser les humains.

Alors que la population et les autorités se méfient des mutants, les X-Men doivent faire face à l'intolérance et aux brimades au lycée. L'institut Xavier se vide peu à peu de ses élèves. Un nouvel ennemi voit le jour en la personne du directeur Kelly : ce dernier est bien décidé à écarter les mutants de sa trajectoire définitivement.

Wanda Maximoff demande à Caliban de retrouver la trace de Pietro et compte bien se servir de son frère pour attirer Magneto et régler ses comptes. Au lycée de Bayville, le directeur Kelly prend soin de renvoyer la Confrérie : Lance, Toad et Fred se retrouvent livrés à eux même, jusqu'à ce que Gambit les contacte pour leur proposer un marché.

L'institut se reconstruit petit à petit, au rythme de la volonté et des pouvoirs de chacun. Scott et Jean se rapprochent. Du moins jusqu'à ce que Mystique s'évade et décide de piéger Cyclope pour se venger, en l'abandonnant loin de tous et sans ses lunettes de protection.

Le jeune Evan Daniels a de plus en plus de mal à maintenir son pouvoir avec discrétion, au lycée de Bayville comme ailleurs. Se donnant à fond dans sa passion pour le skateboard, il est intoxiqué après avoir bu une boisson énergisante et manque de provoquer un accident.
Il est alors recueilli par des mutants qui vivent dans les égouts, à l'écart du monde extérieur : les Morlocks.

Magneto prend à son service Mastermind, un mutant doué d'hypnose. Il envoie Pyro pour délivrer un message à Wanda. Toad, amoureux transi, redouble de stratagème pour gagner le coeur de la Sorcière Rouge. Il parvient à voler l'inducteur d'image de Diablo et s'en sert pour impressionner Wanda, jusqu'à ce que celle-ci se fasse enlever sous ses yeux.

Malicia perd peu à peu le contrôle de son pouvoir : sa mutation prend le pas et les personnalités qu'elle a absorbées commencent à se manifester en public, plus ou moins négativement. Les X-Men doivent non seulement combattre un adversaire très puissant mais aussi une amie fidèle.

Gambit vole une pierre en jade chez Warren "Angel " Worthington. Le mutant Mesmero est derrière cette manipulation et est rapidement arrêté par Magneto, soucieux du bien être de ses sbires, mais aussi curieux de savoir ce que trame le mutant hypnotique. Angel va prévenir les X-Men. Après recherche, il s'avère que cette fameuse pierre a une autre partie et que l'assemblage des deux forme une clé.

Les élèves de l'Instit Xavier passent des vacances bien méritées en croisière à bord d'un navire, destination : les Caraïbes. Toutefois le calme du voyage est troublé par les frasques des jeunes mutants et rapidement, le sentiment de rejet revient dans l'ombre des jeunes X-Men.
De son côté, Amara " Magma " souffre terriblement d'être loin de la terre ferme, sans doute un effet secondaire de son pourvoir d'après la jeune femme.

Un assaillant infiltre un des bâtiments du S.H.I.E.L.D. Nick Fury prend contact avec Wolverine et l'informe que le mystérieux fouineur est doté du même ADN que Logan mais aussi de griffes en adamantium.
Un ancien scientifique de l'Hydra informe le mutant aux griffes d'acier qu'il s'agit bien d'un projet dérivé de l'arme X : son clone féminin doté du même facteur Auto-guérisseur, ayant subit la même intervention chirurgicale pour être doté d'un squelette et de griffes indestructible.

Fin d'année scolaire au lycée de Bayville. Alors que la pression sur les mutants mise par le directeur Kelly est de plus en plus pesante, Scott et Jean voient enfin le bout du tunnel et pensent à un avenir commun. Malicia est sous l'emprise de Mesmero et prend possession de tous les pouvoirs des X-Men, de la Confrérie et des sbires de Magneto. Les différences et les vieilles rancunes s'effacent pour une union afin de repousser une menace bien plus grande : le retour En Sabah Nur, plus connu sous le nom d'Apocalypse.

Les équipes sont prises au piège dans le Sphinx d'Egypte et doivent combattre les Gardiens. Alors que les mutants sont séparés en petit groupe et qu'ils luttent pour leur survie, Magneto et Xavier apprenne la véritable histoire d'Apocalypse, datant de l'Egypte ancienne. Pendant ce temps, Wolverine, Dent de sabre et Gambit suivent les traces de Mesmero jusqu'au Tibet