Avant de tirer sa révérence, Brennan va une nouvelle fois devoir tout mettre en oeuvre pour résoudre des affaires aussi étranges qu’inattendues. D’un homicide dans une maison de retraite au cadavre découvert lors d’un concours de bûcherons, tous les moyens sont bons pour faire parler les os ! De son coté, Booth va se retrouver sur le chemin d’un tueur en série tandis qu’un ancien de l’Institut Jefferson, accusé de meurtre, va kidnapper Brennan, obligeant Booth à prendre des mesures drastiques.
Zack Addy, l'ancien interne de Bones à l'institut Jefferson, s'est évadé de l'hôpital psychiatrique et a enlevé son ancien mentor pour la convaincre, malgré les preuves à charge contre lui, qu'il n'est pas le tueur en série…
S12E02 - Irma
Alors que Bones prépare une fête pour célébrer ses 40 ans, toute l'équipe enquête sur la mort d'un spécialiste en intelligence artificielle et inventeur d'un robot, nommé Irma, destiné aux enfants autistes.
S12E03 - Rencontre du troisième âge
Des adolescents s'amusant à faire une expérience avec un baril d'acide dans une décharge de produits toxiques découvrent le cadavre d'un homme âgé. Bones et Booth enquêtent dans la maison de retraite de la victime, à la recherche de suspects parmi les pensionnaires…
S12E04 - Le passé a un prix
Lors de l'identification d'un cadavre retrouvé dans un parc, Bones reconnaît Aldo Clemens, l'aumônier qui a célébré leur mariage après avoir fait partie de l'unité de Booth. Parallèlement à cette affaire, Aubrey reçoit des nouvelles de son père, un criminel en col blanc qui serait de retour au pays…
S12E05 - Cours très particuliers
Un corps est retrouvé dans un terrain vague, défiguré par cinq coups de fusil. L'équipe de l'institut identifie la victime, un étudiant en médecine employé par une société pour donner des cours particuliers aux futurs élèves d'universités prestigieuses. Par ailleurs, James Aubrey est tiraillé par son devoir d'agent fédéral lorsqu'il est contacté par son père, un escroc recherché par le FBI…
S12E06 - Envoyer du bois !
Le corps démembré d'une femme est retrouvé dans une cuve de déchets animaux. La victime était une golfeuse, brillamment reconvertie dans les compétitions de bûcherons. Booth et Brennan se rendent dans le championnat auquel elle participait au moment de sa mort, tandis qu'Hodgins et Rodolfo Fuentes s'essayent à des tests de tronçonneuse à l'institut…
De nouveaux meurtres liés à son ancienne unité viennent confirmer à Booth que quelqu'un cherche à se venger de lui pour avoir tué un criminel de guerre serbe en 1995. Face au danger encouru pour sa famille, Bones confie ses enfants à son père, Max Keenan…
Pourtant en deuil, Bones reprend le travail et trouve du réconfort auprès de Tim Sullivan, son ex petit ami venu la soutenir. Le FBI et l'institut enquêtent sur le meurtre d'une jeune américaine retrouvée sur les côtes canadiennes où elle était venue retracer l'histoire de sa famille…
S12E09 - Les Fous du volant
Booth et Brennan se cachent dans un derby de démolition pour enquêter sur la mort d'un jeune homme dans un accident de presse à balles de foin.
S12E10 - Série Z
Lorsque le corps d'un scénariste / réalisateur en herbe tombe sur une voiture qui passe, l'équipe enquête sur une série de lieux et de personnages liés à son film.
S12E11 - Le Jugement Dernier
Booth tente de se protéger et de protéger ses proches lorsque Kovac s'échappe et lance son plan le plus dangereux.
S12E12 - Tout finit par changer
L'équipe recherche des preuves pour retrouver Kovac.