Trois mois se sont écoulés et le psychopathe Christopher Pelant, que Booth a juré de tuer, continue de persécuter les membres de l’Institut Jefferson. Alors que Booth et Brennan ont fort à faire pour neutraliser le criminel, les préparatifs de leur tant attendu mariage apporteront avec eux leur lot de joie, d’humour et d’imprévus.
Booth est tourmenté par le chantage de Pelant. Celui-ci lui a en effet imposé de renoncer à son mariage avec Bones, lui interdisant d'évoquer les raisons de cette annulation avec la jeune femme. Si le policier n'obéit pas, le tueur exécutera cinq personnes innocentes. Ne sachant que faire, Booth cherche conseil auprès d'un ami, un ancien prêtre. De son côté, Bones se sent malheureuse et blessée. Elle est soutenue par toute l'équipe de l'institut. Le couple doit faire abstraction de ses sentiments réciproques lorsqu'il est amené à enquêter sur le meurtre d'un comptable du département d'Etat. L'homme a été retrouvé broyé dans le système d'air conditionné d'un hôtel...
S09E02 - Thérapie de couple
Un lynx est capturé alors qu'il était en train de dévorer un cadavre. L'enquête permet d'établir que le défunt a été tué dans une réserve indienne où sont régulièrement organisées des thérapies de couple. L'homme avait participé à une de ces séances, avec une femme qui n'était pas son épouse. Booth et Brennan intègrent une session sous couverture. De son côté, Camille est victime d'une usurpation d'identité. Sweets, qui a l'impression de perdre la main, décide de prendre quelques jours de repos...
S09E03 - Guerre de gang
Le chef d'un gang criminel de Mexicains est abattu. Son corps est retrouvé dans une voiture calcinée. Sweets, qui s'était mis à travailler bénévolement dans les quartiers latinos, est sollicité par Booth pour l'aider à résoudre cette affaire. Mais les habitants du quartier ne lui font pas confiance. Le gang de la victime était en concurrence avec cinq autres groupes, mais en dépit d'une autre fusillade, personne n'ose parler. Cependant, l'arme du crime, qui a déjà servi, permet aux enquêteurs de remonter jusqu'à Maria Alvarado, la mère d'un des jeunes que connait Sweets et qui avait déjà eu affaire aux gangs...
S09E04 - Le supplice de Prométhée
Pelant est de retour. L'équipe de l'Institut Jefferson veut mettre un terme à ses agissements une bonne fois pour toutes. Avec l'aide de l'agent Hayes Flynn, le petit groupe de scientifiques élabore une scène de crime, d'après un tableau de Salvator Rosa, le supplice de Prométhée, dans le plus pur style de Pelant, pour faire croire à un nouvelle oeuvre du criminel. Elle espère ainsi débusquer le tueur en série en bafouant son honneur. Lorsque l'agent Flynn est découvert à la place du cadavre, l'équipe comprend que Pelant l'a de nouveau doublée. Sweets, de retour de vacances, soupçonne l'appât de trahison...
S09E05 - Une liste de rêves
Le cadavre d'un homme est retrouvé sur une falaise, en partie dévoré par un faucon. La victime est un proviseur de lycée, en phase terminale d'un cancer, qui s'était lancé dans la diffusion sur Internet de vidéos de développement personnel très prisées. De son côté, Sweets n'est pas très enthousiasmé par le logiciel mis au point par le FBI. De retour, Oliver Wells ne parvient pas à s'intégrer au groupe de l'Institut Jefferson. Par ailleurs, Booth et Brennan préparent leur mariage...
S09E06 - La dame en blanc
L'équipe du Jeffersonian enquête sur le meurtre de Nancy Handelman, dont le corps sans vie a été découvert alors même que Booth et Brennan sont plongés dans la répétition de leur cérémonie de mariage. Lorsque le cas se fait plus délicat, Camille et Angela mobilisent toute l'équipe, espérant ainsi ne pas avoir à faire revenir Brennan et lui laisser savourer ce grand jour. Mais un incendie dans l'église où devait se tenir le mariage compromet les festivités. Au même moment, Max arrive en ville, chargé d'un sac de voyage rempli d'argent d'origine douteuse...
S09E07 - Lune de miel
En voyage de noces à Buenos Aires, Brennan et Booth n'arrivent pas à savourer ces quelques jours de repos. En mal d'adrénaline, ils décident d'apporter leur concours à l'inspecteur Raphael Valenza, grand admirateur des ouvrages de Brennan, au demeurant, et qui enquête sur la mort d'un ancien criminel de guerre nazi, dont les restes ont été découverts dans une fosse commune, parmi les ossements d'opposants politiques. Pendant ce temps, à Wasington DC, Hodgins et Angela prennent soin de Christine...
S09E08 - Le don de la vie
En allant observer un barrage édifié par des castors, deux jeunes gens découvrent un corps pris dans les branchages. L'équipe du Jeffersonian découvre que la victime est Sean Nolan, un mannequin ; face à l'insuccès de sa carrière, les dons de sperme étaient sa plus importante source de revenus. Rapidement, les collègues de Brennan découvrent que Nolan avait falsifié des dossiers. Son assassin a pû pâtir de ces données contrefaites ou n'aura pas bénéficié de ses services ? Pendant ce temps, Brennan fait l'objet d'attaques formulées par la romancière Tess Brown à l'encontre de ses écrits...
S09E09 - Culpabilité
Membre du jury dans le procès de Peter Kidman, célèbre footballeur accusé du meurtre de sa femme, Bones se retrouve bloquée avec les autres jurés jusqu'à la fin des délibérations. Alors que tout le monde croit en la culpabilité de Kidman, aucune preuve directe ne permet de l'accuser, si ce n'est le témoignage à charge de son meilleur ami. Mais ce dernier ne se présente pas au tribunal, et pour cause : l'Institut Jefferson est sur le point d'identifier son cadavre...
S09E10 - Mis en boîte
Un ragoût, servi dans une cantine scolaire, contient de la viande d'origine humaine. L'équipe de l'Institut Jefferson est face à une enquête compliquée : comment identifier la victime et retrouver son meurtrier ? Bones et les autres se plongent dans les coulisses de l'industrie agroalimentaire. Ils découvrent finalement l'identité du malheureux, dont la vie s'est achevée dans un hachoir à viande : il s'agit d'un ingénieur, un homme qui venait de mettre au point un nouveau produit susceptible de révolutionner le secteur alimentaire. Par ailleurs, Angela organise un enterrement de vie de jeune fille à Brennan...
S09E11 - Une équation parfaite
Le corps d'une gymnaste de 17 ans est retrouvé sur un terrain vague. Leon Watters, son père, un brillant physicien entièrement dévoué à son travail, fait figure de principal suspect, du fait de sa négligence envers sa fille. Bones prend la défense de cet homme aux schémas comportementaux proches des siens. De son côté, Camille se confronte à celle qui a usurpé son identité. Il s'agit de Haley, une ancienne condisciple...
S09E12 - Obsession
Depuis la mort de Pelant, Bones est obsédée par ses dernières paroles concernant l'existence d'une «tueuse fantôme», dont les six victimes lui auraient faussement été attribuées. Lorsqu'un colis, contenant les restes de Lana Brewster, jeune navigatrice décédée 18 ans plus tôt, est livré au domicile de Booth et Brennan, Temperance est persuadée qu'il s'agit de la même tueuse mais a bien du mal à étayer sa théorie. Des personnes de l'entourage de Lana sont suspectées, notamment Trent McNamara, son ex-petit ami qui était également proche de Hodgins...
S09E13 - Une star inconnue
L'équipe du Jeffersonian enquête sur la mort de Colin Haynes, un chanteur de country dont le corps a été retrouvé dans un jardin, enterré sommairement. L'homme ne se produisait que dans un bar, mais cette médiocrité n'est qu'apparente. En remontant jusqu'à une maison de disques, Brennan et ses collègues découvrent que Haynes était une vedette aux Philippines. Wendell Bray, l'un des collaborateurs de Brennan, s'est blessé au bras pendant un match de hockey. Alors qu'elle examine cette blessure, elle fait une triste découverte...
S09E14 - Echec et mat
L'institut Jefferson identifie un corps, retrouvé dans une ferme porcine, comme étant celui d'un champion d'échec reconnu. Sweets, ancien joueur qualifié, s'introduit dans le club où la victime se rendait. Durant cette enquête, Bones doit travailler avec le Dr Filmore pour une étude sur la collaboration médico-légale avec le Canada. Par ailleurs, Camille s'apprête à recevoir le prix des Femmes scientifiques d'exception mais craint la jalousie de Temperance…
S09E15 - Enfants gâtés
Le squelette d'une étudiante de 26 ans est retrouvé enterré dans un parc. La jeune fille, qui vivait toujours chez son père millionnaire, venait d'être victime d'un kidnapping dont la rançon n'avait pas encore été versée. Par ailleurs, Hodgins découvre qu'il a un frère vivant dans un institut psychiatrique…
S09E16 - Au nom de la liberté
Booth et l'agent de la CIA Danny Beck collaborent pour identifier le meurtrier d'une indic afghane ayant émigré aux États-Unis avec son frère pour aider les forces américaines. Bones, qui souhaite travailler davantage sur le terrain, ne comprend pas que les tarifs de son assurance-vie soient plus élevés que ceux de Booth…
S09E17 - Mauvaise conduite
Un corps est retrouvé dans une fosse septique. La victime, ancien détenu devenu agent de recouvrement, venait d'avoir un accident de voiture avant d'être pourchassée et tuée. Durant cette enquête, Bones se voit assistée d'un nouvel interne, un anthropologue cubain hautement qualifié et très séducteur…
S09E18 - La carotte
Un acteur interprétant une carotte dans un spectacle pour enfants est retrouvé dans un plant de kudzu, végétal se nourrissant des restes. Clark, qui assiste l'équipe sur cette affaire, vient de terminer son livre et demande leur avis aux membres de l'institut. Par ailleurs, Booth souhaite organiser une fête d'anniversaire pour Christine alors que Brennan n'a jamais eu la chance d'en avoir…
S09E19 - Le calice de l'assassin
Accompagnée de Booth, Brennan se rend aux funérailles de Todd Mirga, milliardaire et donateur pour les recherches de l'anthropologue. Quelle n'est pas leur surprise de voir apparaître le défunt à sa propre cérémonie ! L'équipe de l'institut doit donc identifier les cendres du corps incinéré, lesquelles contiennent les restes de 3 personnes différentes…
S09E20 - Sauvé par le bong
En s'évadant à travers un parc national, un prisonnier tombe sur un corps, caché dans une souche d'arbre. L'institut découvre qu'il s'agissait d'une jeune femme, atteinte d'un lupus et travaillant dans un dispensaire fournissant du cannabis à usage médical. Cette affaire touche de près Wendell Bray, de retour à l'institut après sa chimiothérapie et lui-même usager du cannabis thérapeutique…
S09E21 - Jeter un froid
L'institut Jefferson peine à identifier la date exacte de la mort d'une femme, découverte dans un marais. Et pour cause, la victime a été cryogénisée, conduisant Booth et Brennan à enquêter dans cet univers particulier. Par ailleurs, Camille s'apprête à rencontrer les parents d'Arastoo et Booth s'attend à une éventuelle promotion…
S09E22 - Jusqu'au bout des ongles
Le corps de Stephanie McNamara, découvert en forêt, porte les mêmes blessures que les victimes attribuées par Bones à la « tueuse fantôme ». L'enquête détermine que Stephanie a été violentée par son père lorsqu'elle était enfant et qu'elle est liée à chacune des victimes de la tueuse…
S09E23 - Le dernier plongeon
Le FBI et l'institut Jefferson enquêtent sur la mort d'un entraîneur de natation qui menait une double vie en tant que drag queen. Trop occupé par ses entretiens à venir, Booth délègue cette affaire à Sweets, dont Bones apprécie le côté méticuleux. En revanche, l'anthropologue reproche à sa nouvelle stagiaire, pourtant surdouée, de trop fonctionner à l'instinct.
S09E24 - La conspiration
Booth a été grièvement blessé par balle. Deux jours plus tôt, il était contacté par un homme à propos d'un complot au sein du FBI en relation avec l'affaire McNamara. Lorsque l'homme est retrouvé mort, brûlé dans sa caravane, les membres de l'institut doivent résoudre le crime et trouver les preuves d'une conspiration. Booth, lui, doit faire cavalier seul au sein du FBI juste avant son audition pour le poste de directeur des forces de l'ordre à Berlin…