Un jour, l'Ecole des Ninjas est attaquée par Lothor, un Maître Ninja banni qui revient sur Terre pour prendre sa revanche et capturer tous les élèves Ninjas. Shane, Tori et Dustin sont les trois seuls étudiants qui ont pu s'en sortir. Lothor fait monter les enchères en envoyant ses nouveaux alliés combattre les Rangers.
Un maléfique Maître Ninja exilé revient sur Terre afin d'en prendre son contrôle. Afin de s'opposer à lui, trois étudiants rebelles d'une Ecole secrète de Ninjas reçoivent des Morphers pour devenir les Power Rangers.
S11E02 - L'équipe avant tout
Alors qu'il tente de combattre un monstre tout seul, Shane va apprendre qu'il doit faire confiance à ses amis et leur demander leur aide.
S11E03 - Les beautés de la plage
Marah et Kapri créent un clône de Tori, qui devra s'infiltrer dans le quartier général des Rangers, et enferment la vraie Tori dans un appareil photos.
S11E04 - Les nouveaux arrivants
Shane et Tori s'inquiètent au sujet de Dustin : celui-ci passe beaucoup de temps sur le terrain de cross avec ses nouveaux camarades, Hunter et Blake.
S11E05 - Un duo d'enfer (1ère partie)
Les Rangers Tonnerre se décident finalement à attaquer. Ils battent les Rangers Cyclone grâce à leurs propres Diablo Cyles et Zords. Lorsque Blake est blessé en voulant protéger Tori, elle l'emmène au Quartier Général. Maintenant qu'ils connaissent leur cachette, les Rangers Tonnerre l'infiltrent et kidnappent le Sensei, l'accusant d'avoir tué leurs parents. Les Rangers Tonnerre apprennent ensuite que le meurtrier est Lothor, et ils quittent son rang.
S11E06 - Un duo d'enfer (2ème partie)
S11E07 - Un duo d'enfer (3ème partie)
S11E08 - Une belle planéte
Cherchant à jouer un rôle plus important au sein de l'équipe des Rangers, Cam va désobéir à son père pour venir déjouer le dernier plan de Lothor.
S11E09 - Le coiffeur manqué
Tori part en quête pour retrouver la Tortue Masse d'Arme, que les Rangers utiliseront afin de détruire le monstre Snipster.
S11E10 - Un retour attendu (1ère partie)
Alors qu'ils infiltraient le vaisseau de Lothor, les Rangers Tonnerre sont capturés et envoûtés pour affronter les Rangers Cyclone qui ont déjà du pain sur la planche avec Toxipod. Choobo prend part au combat, il déconnecte les Zords, et envoie les deux équipes de Rangers sur une île déserte, où ils continuent leur combat face à Super Toxipod. Les Rangers Tonnerre retrouvent finalement leur bon sens et aident les Rangers Cyclone à détruire Toxipod et à quitter l'île. Puis, ils détruisent Choobo, bani des siens, venu pour se venger.
S11E11 - Un retour attendu (2ème partie)
S11E12 - Un retour attendu (3ème partie)
S11E13 - Un retour attendu (4ème partie)
S11E14 - Le boxeur fou
Shane et Hunter doivent apprendre à combattre ensemble afin de détruire le dernier monstre de Lothor, le boxeur Bopp-A-Roo.
S11E15 - Du cochon au menu !
Tori va enfreindre les règles Ninja en utilisant ses pouvoirs en public pour se rendre à son rendez-vous avec Blake ainsi qu'à la compétition de Shane. De plus, Jambonneau attaque la ville et capture les Rangers Tonnerre.
S11E16 - Le voyage du Samouraï (1ère partie)
Après que Madtropolis ait absorbé tous les pouvoirs des Rangers, Cam part dans le passé pour trouver une source de pouvoirs qui pourraient les sauver. Là-bas, sa mère lui donne son amulette et il joue un rôle dans la création de Lothor. Cam retourne dans le présent où il détruit Madtropolis avec les pouvoirs du Ranger Samouraï Vert. Les cinq Rangers doivent ensuite s'unir afin de détruire une armée de cinq monstres.
S11E17 - Le voyage du Samouraï (2ème partie)
S11E18 - Le voyage du Samouraï (3ème partie)
S11E19 - Une odeur de Ranger
Le clône de Cam, créé pour aider l'équipe depuis le Quartier Général, tente de prendre le contrôle ce qui aurait pu coûter la vie aux Rangers lors de la bataille contre Fragra, qui a transformée Tori et Dustin en bouteilles de parfum.
S11E20 - Lothor, on t'aime
Lothor crée une émission télévisuelle afin de laver le cerveau des téléspectateurs, mais M. Ratwell, le directeur, est détruit par un combat amoureux entre Cam et Blake.
S11E21 - Un beau geste
Un jeune garçon entre en possession de la commandes des monstres de Lothor, et crée le trouble en ville en jouant avec.
S11E22 - La reine des abeilles
Marah trompe la confiance de Dustin et l'utilise dans son plan de destruction des Rangers par son ami Beevil.
S11E23 - Jeu de rôles
Le Sensei échange son corps avec Shane et Dustin, et aide les Rangers à détruire le nouveau monstre Footzilla.
S11E24 - Ne tirez pas la langue !
Le destin de Ranger Jaune de Dustin lui monte à la tête, provoquant une cassure entre Shane et lui. Ils vont devoir faire la paix pour pouvoir détruire le dernier monstre de Lothor.
S11E25 - Frères d'armes
Hunter et Blake font la connaissance d'un grand mécanicien, Perry. Celui-ci travaille sur un nouveau projet qui tourne au drame et est à la base de la dernière menace en ville.
S11E26 - Le karma de Shane (1ère partie)
Un extraterrestre, que Shane a sauvé lorsqu'il était enfant, revient sur Terre pour lui donner de nouveaux pouvoirs. Il utilise ses pouvoirs pour faire appel à l'Armure de Combat, avec laquelle il détruit un chasseur qui poursuit l'extraterrestre : Vexacus.
S11E27 - Le karma de Shane (2ème partie)
S11E28 - Le retour de Shimazu (1ère partie)
Lorsqu'un ancien être appelé Shimazu est de retour et relâche de puissants monstres dans la ville, Cam entreprend un voyage afin de retrouver le Lightning Riff Blaster, qui contrôle le Puissant Zord Mammouth, pour que les Rangers puissent détruire les monstres.
S11E29 - Le retour de Shimazu (2ème partie)
S11E30 - Un grand coup de balai
Tori est transportée dans une autre dimension où les Rangers sont méchants. Elle joint ses forces à celles de Lothor pour combattre les Rangers et restaurer la paix dans la ville.
S11E31 - Soupçons
Blake doit faire appel à ses anciens entraînements de Ninja pour détruire un nouveau monstre grâce à une arme spéciale.
S11E32 - L'oeil du cyclone
Lorsqu'un nouveau monstre attaque, les Rangers doivent affronter leurs peurs et le détruire grâce au nouveau Megazord Ouragan.
S11E33 - Prise de pouvoir (1ère partie)
Zurgane utilise les propres pouvoirs des Rangers contre eux, ainsi il peut équiper son nouveau Zord avec des données des Sphères d'Energie. Les Rangers parviennent à le détruire grâce à la combinaison entre le Megazord Ouragan et le Zord Mammouth ainsi que toutes leurs Sphères d'Energie. Zurgane est ensuite détruit par Vexacus.
S11E34 - Prise de pouvoir (2ème partie)
S11E35 - Une brillante journée
En utilisant un fragment de la Pierre de l'Ame volé par Hunter, Cam infiltre le vaisseau de Lothor afin de libérer les élèves Ninja capturés. Lorsque la Terre a besoin de Cam, qui a été découvert par Lothor, il est obligé d'abandonner sa mission.
S11E36 - En dessous de tout
Kapri, Marah et Shimazu pilotent trois nouveaux Zords et attaquent les Rangers. En utilisant deux clônes du Zord Samouraï, ils détruisent les Zords. Kapri et Marah détruisent ensuite Shimazu.
S11E37 - La tempête avant le calme (1ère partie)
Lothor ouvre l'Abysse du Diable, libérant tous ses anciens monstres et généraux. Les Rangers les détruisent avec l'aide des élèves Ninja libérés. Après avoir perdu leurs pouvoirs, les Rangers Cyclone anéantissent Lothor pour de bon grâce à leurs propres pouvoirs de Ninja.