L'attaque orchestrée par Achéron a fait beaucoup de dégâts : Goldorak a été gravement endommagé, Vénusia a été enlevée et le Monstrogoth marche maintenant vers le Centre. Tout semble perdu, mais Goldorak n'a pas dit son dernier mot.
S03E02 - Le serpent
Les hommes de Véga construisent une base sercrète sur Terre pour mettre au point de nouveaux monstres hybrides, selon la méthode d'Achéron. Ils fusionnent un rapace et un serpent pour en faire une créature terrible.
S03E03 - Le monstre du Loch Ness
Rigel découvre un Golgoth dans le fleuve tout près du Centre. Il s'agit à présent de trouver un moyen de se débarrasser de la bête avant que celle-ci ne puisse attaquer.
S03E04 - Le lynx de l'espace
La patrouille des Aigles découvre les plans des hommes de Véga pour construire une base sur Terre. Le Professeur Procyon décide alors de rassembler les nations afin de s'unir contre l'ennemi.
S03E05 - Le monstre et l'enfant
Un petit garçon est enlevé par Horos qui entend se servir de lui dans la mise en place de son nouveau plan diabolique. Goldorak doit lutter contre Scaravageur, un Golgoth très puissant.
S03E06 - Le sosie
Horos et Minos parviennent à produire des répliques exactes de nos héros, et envoient ainsi Karodlag, un Antérak semblable à Goldorak prendre sa place. Celui-ci est accompagné d'un pilote qui est le sosie du prince d'Euphor.
S03E07 - Le commando
La Terre est prise d'assaut par une armada de jeunes extraterrestres qui ont pris le commandement d'une base militaire et entendent bien libérer la planète du prince d'Euphor, dont les hommes de Véga leur ont assuré qu'il était un véritable tyran.
S03E08 - Les rats
La vermine a envahi la Terre. Les hommes de Véga ont conçu des rats mécanisés et armés de bombes qui infestent petit à petit la planète, menaçant de la faire exploser. Et le nombre de monstres ne cesse d'augmenter...
S03E09 - Pégase
L'ennemi parvient à pénétrer dans le repaire de Goldorak et un imposteur s'est débrouillé pour prendre l'apparence de Rigel, semant la zizanie au ranch du Bouleau Blanc.
S03E10 - Les cygnes
Le lac tout près du Centre est envahi de cygnes majestueux, offrant un spectacle magnifique à nos amis. L'un d'entre eux à été cybernétisé par les sbires d'Horos. Mizar, attendri, décide de le recueillir.
S03E11 - L'ours polaire
Alizée, une jeune et brillante scientifique, met au point un rayon gladiateur, qu'elle souhaite utiliser à des fins pacifiques. Hélàs, le Grand Stratéguerre a eu vent de l'invention et ses intentions sont nettement moins honorables. Il fait chanter Alizée pour la pousser à utilliser l'arme sur Goldorak.
S03E12 - Cinq minutes pour mourir
Les forces de Véga ont conçu une nouvelle arme de destruction massive : un Golgoth à l'aspect d'araignée géante, pourvu d'une bombe très puissante. Goldorak doit à tout prix l'empêcher de pulvériser la ville.
S03E13 - Un grand entre les grands
Le commandant Sadone est envoyé sur Terre. Alcor échoue à arrêter un missile ennemi qui détruit une maison et blesse ses habitants. Il se sent bientôt rongé par la culpabilité.
S03E14 - La mort vient de la mer
Un Golgoth est parvenu à enlever Goldorak et Vénusiak et les retient prisonniers sous la mer. Qui pourra les sortir de là ?
S03E15 - Opération plongée
Goldorak essaie de venir en aide à Alcor, kidnappé et retenu prisonnier dans la base sous-marine d'Horos, mais celle-ci se situe à une telle profondeur qu'il ne peut l'atteindre. Le Professeur Procyon met au point l'Aquarak pour accéder à la base ennemie.
S03E16 - La grande douleur
Goldorak parvient à détruire la base sous-marine d'Horos. Celui-ci ordonne à Sirius d'en concevoir une nouvelle. Pour cela, il prévoit de provoquer une tempête de neige.
S03E17 - Tel père tel fils
Le fils d'Horos est très inquiet pour son père qui est incapable de regagner le camp de la Lune Noire. Il demande l'autorisation au Grand Stratéguerre de se rendre sur Terre pour lui apporter le carburant dont il a besoin. Il entend bien en profiter pour affronter Goldorak.
S03E18 - L'imposture
Phénicia rêve que son père, toujours en vie, a en réalité été fait prisonnier par les hommes de Véga. Persuadée qu'il s'agit d'une prémonition, elle veut se précipiter au secours du roi, mais Actarus émet des doutes.
S03E19 - Le meilleur ami
Pollux, le meilleur ami d'Actarus, s'est égaré dans l'espace et a fini par atterrir sur le camp de la Lune Noire. Le Grand Stratéguerre décide alors de lui faire subir un lavage de cerveau pour lui faire détester son ancien ami.
S03E20 - La princesse amoureuse
Végalia, la fille du Grand Stratéguerre, fait une étonnante découverte. Il semblerait que la planète d'Euphor se remette doucement à vivre. Autrefois promise à Actarus qu'elle n'a jamais cessé d'aimer, elle entreprend de lui révéler ce secret.
S03E21 - Pour l'amour de la Terre
Végalia s'est courageusement sacrifiée pour Actarus et ses amis. Grâce à elle, ceux-ci ont découvert la localisation du camp de la Lune Noire. Alcor souhaite lancer une offensive aussitôt, mais la patrouille des Aigles a besoin d'un peu de temps.
S03E22 - Ce n'est qu'un au revoir
L'offensive de Minas a échoué, et elle a échappé de peu à la mort. Elle décide de passer un marché avec le Professeur Procyon en échange de l'asile sur Terre.