La CIA demande à la DOS d'exfiltrer de Shanghai un agent chinois, Kit Yee Cheung, dont la couverture a été percée. C'est le major Tisnewski, sous la responsabilité du colonel McNulty, qui est chargé de l'opération. Le jeune major, alias "JT", a passé quatorze mois en Afghanistan et vient d'être nommé au Pentagone. Cette première mission est l'occasion pour lui de faire connaissance avec l'administration interne du Pentagone... car rien ne peut se faire sans que le formulaire 136 ne soit rempli. Le sergent Pierce veille au grain.
S01E02 - La technique Fulton
Un terroriste a refait surface en Ouzbékistan. Le Colonel McNulty et son équipe doivent agir en toute discrétion afin qu'il ne s'échappe pas à nouveau. Pendant ce temps Tisnewsk est confronté à Samantha Liston, une ancienne liaison qui travaille désormais pour le Département de la Défense.
S01E03 - L'échappée belle
Un dangereux terroriste a été abattu par une équipe des opérations spéciales à la frontière Iran-Irak. Samantha Liston veut savoir si l'équipe n'a pas fait une incursion en territoire iranien.
S01E04 - Génocide
Burundi -à 200 miles du Rwanda. Un Tutsi au volant de sa camionnette heurte involontairement un camion contenant à son bord quatre Hutus. Lorsqu'ils s'en vont, ce dernier récupère une caisse remplie de machettes faisant parti du chargement des Hutus. Il prévient les autorités. C'est Pierce qui reçoit l'information sur un possible génocide tutsi au Burundi.
S01E05 - Permission
Deux marines américains, le Sergent Michael Delroy et le Caporal Zachary McPhearson, basés au Surinam, sont accusés d'avoir violé une jeune fille de 14 ans.
S01E06 - Les soldats de plomb
La CIA inscrit un terroriste connu sur la liste des personnes à capturer ou à tuer. JT commence à enquêter sur les raisons quiont motivé cette décision.
S01E07 - Vendetta - 1ère partie
JT doit affronter une épreuve très difficile : sa petite amie est dans une situation critique et ne lui a laissé qu'un indice lui permettant de découvrir ce qui lui arrive... JT va devoir se souvenir de ses missions spéciales pourtrouver la réponse.
S01E08 - Vendetta - 2ème partie
JT découvre l'agresseur d'Angie et décidede terminer ce qu'ils avaient entamé quelques années plus tôt.
S01E09 - Delta Force
JT et une division spéciale sont envoyés à Detroit, où un groupe de Chrétiens intégristes tient les fidèles d'une mosquée en otage. JT doit arriver à sauver des vies sans outrepasser lajuridiction du FBI.
S01E10 - L'oublié
Quand McNulty et JT apprennent de la CIA qu'un Navy SEAL, porté disparu et présumé mort, est encore vivant, ils mettent immédiatement une stratégie sur pied pour le secourir. Rencontrant de la résistance de la part des civils, le pentagone échaffaude un plan de secours pour sauver l'agent en danger.
S01E11 - Un conte de Noël
La veille de Noël, JT travaille sur une opération spéciale : une mission humanitaire en Afghanistan où un village qui avait assisté Delta Force doit faire face au mauvais tempset à une attaque des Talibans.
S01E12 - Alerte biologique
JT et son équipe réalisent qu'une menace de terrorisme biologique, sur laquelle ils travaillent, est bien plus proche d'eux qu'ils ne l'imaginaient...
S01E13 - Crimes de guerre
JT et son équipe prennent part à une enquête sur des criminels de guerre à Sarajevo. La situation bascule quand le procureur qu'ils sont censés protéger est empoisonné.
S01E14 - Le Général
Alors que JT fête sa promotion, lui et l'équipe des opérations spéciales reçoivent un message leur signalant qu'un des leurs a été kidnappé en Espagne.
S01E15 - Les cinq pilliers
A la suite de l'échec d'une opération au Pakistan, les soupçons se portent sur le petit ami muslman de Pierce, le sergent Brian Meeks. Peu disposée à chercher à obtenir des informations sur Meeks, Pierce va cependant porter un enregistreur sur elle durant l'un de leur rendez-vous, ce qui conduit à l'arrestation de Meeks. Pourtant, elle n'est pas convaincue de sa culpabilité.
S01E16 - Les Anges déchus
Un jet privé, censé transporter du personnel médical, s'écrase au Venezuela. La presse locale accuse les passagers d'être en fait un commando américain chargé d'assassiner le président. Ni une ni deux, JT et ses hommes se rendent sur place pour secourir les victimes du crash...
S01E17 - Amis et ennemis
A Riyad, en Arabie Saoudite, JT et Bobby organisent l'enlèvement des deux filles du prince règnant pour les aider à rejoindre les Etats-Unis, pays dans lequel elles sont nées. Leur mère, une Américaine, arrive à persuader JT de les emmener à l'ambassade américaine. Mais celle-ci est assiégée par des Arabes en colère. Lorsque le prince menace de s'en prendre à la famille de Bobby, Samantha intervient et passe un accord avec le gouvernement saoudien, ce qui met fin à la crise...
S01E18 - Deux princesses
A Riyad, en Arabie Saoudite, JT et Bobby organisent l'enlèvement des deux filles du prince règnant pour les aider à rejoindre les Etats-Unis, pays dans lequel elles sont nées. Leur mère, une Américaine, arrive à persuader JT de les emmener à l'ambassade américaine. Mais celle-ci est assiégée par des Arabes en colère. Lorsque le prince menace de s'en prendre à la famille de Bobby, Samantha intervient et passe un accord avec le gouvernement saoudien, ce qui met fin à la crise
S01E19 - Frères d'armes
J.T et son équipe finissent leurs missions en tuant le chef trafiquant de drogue, mais ils commettent une bavure sur le territoire américain en tuant un agent fédéral infiltré
S01E20 - Pour l'honneur
J.T et son équipe finissent leurs missions en tuant le chef trafiquant de drogue, mais ils commettent une bavure sur le territoire américain en tuant un agent fédéral infiltré.
S01E21 - En isolement
J.T doit entraîner une équipe pour les emmener en mission au Mexique afin de capturer un chef trafiquant de drogue.
S01E22 - Pour l'honneur
JT et son équipe achèvent leur mission. Ils éliminent le trafiquant de drogue mais commettent une bavure sur le territoire américain, où ils tuent un agent fédéral infiltré...