Alex, le fils de Bain Marie, âgé d'une quinzaine d'années, souffre d'un sérieux mal être, amplifié par le suicide de son meilleur ami. La vie d'Alex bascule le jour où sa tricherie lors d'un contrôle de math est découverte et que par un mouvement d'humeur, il fait chuter accidentellement d'une mezzanine, Sylvain, un de ses camarades, qu'il juge responsable de son malheur. Dès lors, il ne cesse de fuir ses responsabilités et voulant imiter son meilleur ami, cherche à se suicider. Pendant ce temps, Navarro, empêtré dans une affaire complexe de racket, bifurque vers le collège d'Alex pour tenter de savoir si la chute de Sylvain est vraiment accidentelle
S16E02 - La revenante
Trois cadavres, criblés de balles, sont retrouvés dans une voiture brûlée. La police découvre que le véhicule était en location et que les victimes étaient de nationalité américaine. Pour Navarro, tout avait été organisé de manière minutieuse afin que personne ne réchappe au carnage. Mais cette affaire va lui procurer une surprise de taille : Nelly, une de ses amies partie vivre en Amérique, vient le trouver dans son bureau. Sa fille, disparue depuis plusieurs mois serait une des victimes d'après le rapport de l'ambassade américaine. Mais Nelly est persuadée que sa fille est toujours en vie...
S16E03 - Fascinations
Tard le soir, Sarah Faro, une étudiante, ouvre la porte de son appartement à un homme qu'elle semble connaître et attendre. Au même moment, Muriel, une autre jeune femme, attend avec impatience son petit ami devant un cinéma. Finalement, agacée de ne pas le voir venir, elle prend place dans la salle. Et c'est seule qu'elle profite de la séance puisque le retardataire ne la rejoint qu'à la toute fin du film. Le lendemain, on retrouve le corps sans vie de Sarah Faro. C'est le commissaire Navarro et son équipe qui sont chargés de l'enquête. Les investigations vont s'avérer bien plus difficiles qu'il n'y paraissait de prime abord...
S16E04 - Les bourreaux de l'ombre
Navarro et ses enquêteurs s'introduisent, armes au poing, dans la villa d'un gros trafiquant de drogue. Une mission préparée de longue date, avec une minutie toute particulière. Mais l'homme qu'ils avaient prévu d'arrêter gît sans vie, ligoté, assassiné de plusieurs balles dans le ventre. Pour Waltz, il ne peut s'agir que d'un règlement de comptes entre mafieux. Navarro ne partage pas cette certitude. D'autres cadavres sont en effet retrouvés, qui laissent à penser qu'il s'agit d'exécutions perpétrées par des justiciers autoproclamés. Tous les hommes abattus n'étaient-ils pas des criminels ? Quel est l'homme ou la femme qui s'amuse ainsi à doubler la police et à débarrasser la société des nuisibles qui la gangrènent ? Navarro mène l'enquête...
S16E05 - La foire aux sentiments
La fête foraine est devenue un business comme les autres : la moindre opération y est pilotée par ordinateur et les caméras de surveillance traquent les petits voyous, les dealers et autres empêcheurs de tourner en rond. Car les enjeux sont énormes, suscitant des rivalités claniques dont le commun des mortels n'a pas la moindre idée. Juste avant l'ouverture des attractions, un corps sans vie est découvert dans un des manèges. C'est celui d'Eddy Van Ecker, le patriarche du clan des Flamands, l'un des deux puissants syndicats qui gèrent l'univers des fêtes foraines parisiennes. Navarro, qui a hérité de l'enquête, interroge Vigo, le chef de l'autre communauté gitane. Vigo vient accompagné de sa fille, Juliette...
S16E06 - La machination
C'est une mauvaise journée qui commence pour le commissaire Navarro. Sa fille, Yolande, vient lui annoncer son intention d'emménager avec Julien Joigny, un avocat que le policier ne porte guère dans son coeur. Comme si cela ne suffisait pas, il doit s'occuper d'une nouvelle venue, Carole Maudiard. Waltz, enfin, lui enjoint de mettre un terme aux activités d'un gang de jeunes voyous. Lors de l'arrestation, Navarro abat un adolescent de 16 ans. Mais tout cela n'est qu'un début ! Julien Joigny, victime d'un attentat, meurt tragiquement. Peu de temps après, son assassin présumé est retrouvé mort, lui aussi abattu. Navarro, soupçonné du meurtre, se retrouve derrière les barreaux...