Un fourgon cellulaire a été attaqué au lance-roquettes. Le prisonnier s'est évadé et un policier a trouvé la mort. Navarro crie vengeance, d'autant qu'à ses yeux, il s'agit là de l'oeuvre d'un certain Bob Calder, un mercenaire français reconverti dans le grand banditisme. Afin de coincer l'individu, Navarro va jusqu'à cacher, lui-même, une arme dans son appartement. Mais, ce qu'il ignore, c'est que ce dernier est surveillé par le contre-espionnage français. Une attachée de presse brésilienne a recours aux services du bandit pour écouler des pierres précieuses.
S03E05 - Comme des frères
Les frères Vilmino sont des durs. Et puis, il y a cette vieille histoire de bavure qui, un jour, a coûté la vie à leur père... C'est pour cette raison que Navarro est, paradoxalement, inquiet lorsqu'il doit arrêter Franck Vilmino, l'aîné. Il semble pourtant à première vue que c'est bien lui qui a tué sa maîtresse de plusieurs coups de couteau. Et pourtant cette culpabilité si (trop) évidente ne satisfait pas Navarro : Franck Vilmino est en fait le coupable rêvé pour un crime dont la victime n'était pas tellement «nette». Il est très possible, en effet, qu'on cherche à lui faire endosser ce crime, à lui, un jeune délinquant sur la voie du repentir. Mais ces questions Navarro n'aura pas le temps de se les poser très longtemps : le reste de la famille Vilmino - les deux frères dont le petit Nono âgé de treize ans seulement, ainsi que la soeur - ont décidé, pour libérer leur frère, de prendre en otage tout le commissariat.
S03E06 - Méprises d'otages
S03E07 - Un mort sans avenir
Voilà un crime bien net et un parfait coupable. Navarro a tout de suite établi un lien entre le petit mac yougoslave, sa protégée et le cadavre qu'on a retrouvé dans la chambre de celle-ci. Le vol est à l'évidence le mobile et il n'y a pas lieu de consacrer beaucoup de temps à cette affaire. Et pourtant, Navarro n'est pas satisfait : ce qui l'ennuie, c'est qu'il est impossible de donner au mort une identité. Pas un papier, pas une marque sur ses vêtements qui permette d'entrevoir son origine. C'est un homme déjà vieux, malade, près de la mort ainsi qu'il ressort des conclusions du médecin légiste. Qu'est-ce qu'un presque mourant a bien pu venir faire dans un hôtel de passe.
S03E08 - Les chasse-neige
Des adolescents ont décidé de 'nettoyer' leur cité, envahie par des dealers... Des jeunes de banlieue s'organisent en bandes afin de débarrasser leur quartier des dealers qui viennent y revendre leur poison. Au cours de leurs opérations, deux d'entre eux volent la voiture du malfrat qui organise le trafic dans leur cité. Mais, sur la banquette arrière, trône le sac avec la recette des dernières semaines, l'équivalent d'une petite fortune ! Pour Navarro, il s'agit de retrouver les adolescents avant les revendeurs de drogue, ce qui n'est pas du tout évident, car les deux jeunes gens ont bien l'intention de garder l'argent.
S03E09 - A l'ami, à la mort
Jérôme Winkler est un vieil ami de Navarro, un ami de «là-bas». Ils se sont, en effet, connus en Algérie Française. Si les deux hommes ne se sont pas beaucoup vus au cours des dernières années, c'est que leur amitié n'a pas été sans failles. En effet, Jérôme, à force de vouloir attirer Navarro dans les mouvements revanchards de l'Algérie française, a fini surtout par lui attirer beaucoup d'ennuis. Mais le passé est le passé et il s'agit, pour Navarro, de rendre à un ami un vrai service. Jérôme demande donc à Navarro de retrouver sa femme qui a quitté le domicile conjugal après une violente dispute. Bientôt, Navarro retrouve la trace de la jeune femme...
S03E10 - Mort clinique
Voilà une histoire qui commence mal pour Auquelin. En effet, le mulet est victime d'un échange de coups de feu à la sortie d'un restaurant. Il est blessé et Navarro doit le faire conduire à l'hôpital. Une occasion de se pencher sur certaines pratiques qui affectent le monde médical et dont les patients sont loin d'être bénéficiaires. Pourquoi, en effet, augmente-t-on artificiellement le nombre de lits d'une clinique ? Qui sont les individus aux intentions malhonnêtes qui se cachent derrière les manipulations de toutes sortes visant à obliger les propriétaires de la clinique à la vendre ? Pourquoi a-t-on maquillé en crise cardiaque le suicide du chef de clinique ? Pourquoi, enfin, a-t-on saboté le système d'anesthésie afin de jeter le discrédit sur la clinique et sur son personnel médical ? C'est à toutes ces questions que Navarro doit répondre.
S03E11 - La mariée était en rouge
Nuit de noces sanglante... Un homme et une femme participent à un jeu... Leur rencontre, leur mariage, les tenues de soirée et la nuit de noces dans un palace... tout a été organisé par le sponsor. Mais, le lendemain matin, la femme de chambre découvre le cadavre de la mariée dans la suite qui lui était attribuée. Il est vrai que lors des éliminatoires, beaucoup ont remarqué qu'elle semblait effrayée ! Assisté par Blomet, qui était candidat au concours, Navarro mène son enquête. La malheureuse victime semblait fuir quelque chose, depuis plusieurs années. Les soupçons se portent sur le marié, après que Navarro ait découvert un dossier le concernant, et dans lequel il trouve des papiers l'accusant d'avoir assassiné sa femme.
S03E12 - Enlèvement demandé
Le gang des voleurs de voitures a encore frappé : Navarro et ses mulets sont sur la piste. Mais tous les mulets ne sont pas mobilisés car Auquelin se réveille au lendemain de fête, avec un cadavre de femme dans la malle de sa voiture. Alors que navarro essaye de le comprendre et refuse de déclencher contre lui une enquête de l'inspection générale des services, d'autres policiers pensent qu'il est coupable. En fait, Auquelin a servi d'otage dans un réglement de comptes entre voleurs de voitures, mais il va falloir le prouver...
S03E13 - Dans les cordes
Un grand boxeur sud-américain est de passage à Paris pour le combat du siècle. Dès son arrivée en France, il est l'objet de menaces et se trouve vite en butte à plusieurs attentats. Navarro, qui doit assurer la sécurité du boxeur, met tout en oeuvre pour empêcher sa mort. Il l'interroge sur son passé, un passé qui est loin d'être aussi net que le montrent les biographies officielles.