Alors que tout le monde est toujours sous le choc du départ de Myka, un nouveau membre arrive dans l'équipe Warehouse. Steve Jinks, le détecteur de mensonges humain, est le futur partenaire de Pete. Ce dernier, plein de ressentiment à l'égard du «nouveau» va pourtant devoir maîtriser sa colère car tous deux partent enquêter sur la mort mystérieuse de deux personnes dont des vers shakespeariens auraient été les dernières paroles...
S03E02 - Régression
Depuis son retour Myka sent que quelque chose a changé dans sa relation avec Pete. Mais elle n'a pas le temps d'aborder le sujet car tous deux doivent partir enquêter sur le meurtre d'une serveuse dont tous les indices semble mener vers un seul et même coupable, un dénommé Jeffrey. Rapidement, les deux enquêteurs s'aperçoivent que quelque chose ne colle pas et font face à une série de victimes d'amnésie...
S03E03 - Des yeux pour tuer
Le docteur Vanessa Calder arrive à Salt Lake City pour déterminer les raisons d'une vague de décès mystérieux. Une maladie semble transformer les personnes en statues. Artie, qui souhaite pouvoir travailler avec son ex petite amie, emmène Claudia avec lui pour enquêter. Mais l'enquête est complexe et l'équipe va devoir faire appel à un ancien agent...
S03E04 - Reine d'un jour
L'ex-femme de Pete arrive pour lui parler, à la surprise de Myka qui panique. Elle vient en fait lui annoncer qu'elle se remarie le lendemain, et surtout, pour récupérer la bague de sa grand-mère que Pete a toujours en sa possession. En repartant, elle percute un artefact qui avait pour vocation de protéger la reine égyptienne Hatchepsout et libère ainsi des milliers d'abeilles en furie...
S03E05 - La corne volante
S03E06 - C'est pas du jeu !
Claudia, Pete et Myka se rendent à Palo Alto où ils découvrent que Fargo a développé un jeu vidéo reprenant les personnages de Warehouse. L'interface de réalité virtuelle utilisée dans le jeu ne fonctionnant pas, Fargo a repoussé les limites jusqu'à se retrouver piégé à l'intérieur de celui-ci. Bien que furieuse, l'équipe de Warehouse tente de lui venir en aide...
S03E07 - 47 secondes
Jinks et Claudia sont touchés par des flèches empoisonnées alors qu'ils marchent vers leur voiture. A leur réveil, l'artefact qu'ils transportaient a disparu, mais ils trouvent un étrange chien qu'Artie leur demande de ramener à Warehouse. Myka, quant à elle, a l'impression de voyager dans le temps lorsqu'elle revit le meurtre de Sam, son ancien partenaire et compagnon...
S03E08 - The 40th Floor
Lorsque des régents de Warehouse disparaîssent les uns après les autres, les agents décident d'orienter leur enquête du côté de Sally Stukowski, une ancienne agent du FBI qui a volé plusieurs artefacts. Pendant ce temps, Sally torture Theodora avec la poignée de porte qu'elle avait volée avant de l'immoler. Il s'agit de sa cinquième victime...
S03E09 - Ombres
Warehouse est attaqué et tous doivent se mobiliser pour se défendre, mais Pete est perturbé par un secret que lui a caché sa mère durant toute sa vie : elle est régente. De son côté, Claudia cherche des réponses à propos du licenciement de Jinks, tandis que Myka est effrayée par les assassinats de régents qui sont toujours d'actualité...
S03E10 - Une faim de loup
Des morts-vivants cannibales rôdent dans les rues de New-York. Myka et Pete enquêtent sur ce nouvel artefact sans grand succès et avec pour seule théorie que le mal se diffuserait par la morsure. Jusqu'au jour où Pete se fait mordre et ne développe aucun symptôme. Myka, au contraire, voit son métabolisme s'altérer...
S03E11 - Emily Lake
En cherchant la provenance d'un signal parasite dans l'Entrepôt, Claudia découvre que Sykes essaie d'accéder à un mystérieux dossier intitulé «Atlas 66». Myka exige de Jane qu'elle en révèle le contenu, mais elle refuse. Alors que tous les agents ont pour consigne de rester dans l'Entrepôt, Myka, Pete et Claudia ne peuvent rester les bras croisés et suivent un indice qui les mènent dans une école voisine. Ils y rencontrent une femme qui est le sosie de H.G. Wells...
S03E12 - La dernière bataille
Avant de mourir, Steve a enregistré une vidéo sur une clé usb, dans laquelle il révèle que Walter Sykes doit se rendre à Hong Kong. Jane apprend à l'équipe que les Régents y possèderaient un sanctuaire scellé depuis une centaine d'années. Pete et Myka partent sur les traces de Sykes et du sanctuaire...
S03E13 - La corne volante
A Pittsburg, une mystérieuse panne d'électricité cause une explosion et tue un homme. Myka fait le lien avec une affaire qui avait eu lieu en Grande Bretagne des centaines d'années auparavant, en 1893, mettant en cause la «trompette de Jericho», une arme qui a le pouvoir de vaporiser ce qui se trouve devant elle et qui fournit une énergie considérable. Déjà en 1893, une certaine Helen Wells avait enquêté sur cette arme...