L'équipe du RIS cherche toujours à identifier le poseur de bombes et à le mettre sous les verrous. Au cours d'une analyse, le lieutenant Lévi découvre un détail qui l'amène chez un loueur de voitures. Sur place, il récupère une lettre destinée à Venturi...
S02E02 - Fin de cavale
Le cadavre d'une fille est retrouvé sous un pont, probablement victime d'un chauffard. Venturi se charge de l'affaire. Il découvre qu'elle a été victime d'un accident tragique et involontaire après une course organisée avec deux autres amis.
S02E03 - Au dessus de tout soupçon
Rocchi et ses collègues se chargent d'une affaire de cambriolage où un petit garçon a trouvé la mort, asphyxié. Les cambrioleurs sont arrêtés. Ils avouent leur forfait mais nient avoir bâillonné les enfants...
S02E04 - Le cadeau empoisonné
Testi et De Biase enquêtent sur l'assassinat d'un homme dans une boite de strip-tease. Les soupçons se portent sur les clients de l'établissement mais bien vite ils s'aperçoivent que le tueur est une des strip-teaseuses...
S02E05 - Le dernier adieu
Suite à la mort d'Anna, Venturi ne souhaite plus enquêter sur le poseur de bombes. Il préfère prendre en main une affaire bien mystérieuse : la disparition d'un jeune prêtre. L'équipe, elle, cherche à comprendre comment Anna est morte.
S02E06 - Tragédie familiale
Le capitaine Venturi veut absolument identifier le meurtrier qui s'en est pris à Anna. Par ailleurs, une autre affaire mobilise l'équipe du RIS : le cadavre d'un sexagénaire est retrouvé dans un fleuve.
S02E07 - Belle à mourir
Luc Grassi est finalement relâché. Venturi décide de prévenir les médias afin qu'ils annoncent que le poseur de bombes est toujours en liberté. Ce dernier prend alors contact avec Grassi, son jumeau.
S02E08 - La traque
Venturi, qui cherche à piéger son pire ennemi, demande la collaboration de Luc Grassi en lui garantissant une protection totale. Celui-ci accepte alors de servir d'appât en «chattant» avec son frère sur Internet
S02E09 - Le rituel
Trois meurtres ont été commis selon un mode opératoire qui rappelle un rituel médiéval. Un Le professeur Pasteur est mis en cause par deux étudiants. Néanmoins, des empreintes relevées désignent l'un des deux accusateurs...
S02E10 - Le rituel - 2ème partie
Devant l'absence de preuves, le procureur Di Maio décide de clore l'affaire du poseur de bombes. Pendant ce temps, Levi et De Biase cherchent à mettre un nom sur un squelette retrouvé dans un chantier
S02E11 - Hold-up
Suite au hold up d'un supermarché qui a mal tourné, Venturi et ses collègues sont appelés par la municipalité. L'un des gangsters a réussi à fuir avec le butin alors qu'un autre, blessé et armé, est caché à l'intérieur du bâtiment.
S02E12 - Femmes en danger
Une jeune étudiante a été violée dans son appartement. L'ex-fiancé de la victime est suspecté, puis disculpé, lorsque l'on apprend qu'une agression similaire sur une autre jeune fille s'est produite.
S02E13 - Obsession
Sara, une jeune infirmière, est retrouvée poignardée sur son lieu de travail. En analysant le cadavre, des indices permettent d'inculper une infirmière, Gianna, qui avait voulu entretenir une relation sentimentale avec la défunte.
S02E14 - L'antre du diable
Martinelli est nommé à la tête du RIS en l'absence de Venturi. Levi, dont les relations sentimentales avec Martinelli sont fluctuantes, préfère dès lors travailler avec De Biase sur le meurtre d'un commerçant.
S02E15 - Un homme aux trousses
Martinelli et Venturi travaillent sur la mort par empoisonnement de la propriétaire d'une entreprise de nettoyage industriel. Testi et Levi enquêtent sur Marc Bellini, un toxicomane, retrouvé mort par balle.
S02E16 - Echec et Mat
Venturi cherche à se remémorer les détails qui lui permettraient d'arrêter le poseur de bombes. Il met à contribution toute son équipe et parvient à anticiper la prochaine mise en scène du dangereux individu...