La vie de la cellule est bouleversée par l'arrivée de la nièce et du frère de Vincent Saint-Mathieu. Alors que la famille déjeune tranquillement, le Vieux Port est le théâtre d'un violent braquage. Le commandant reprend du service, essuie quelques coups de feu et tire à son tour. Une balle atteint une jeune fille qui passait par là. C'est un accident, mais c'est aussi une bavure. Le commandant est aussitôt suspendu. Sa fille reprend l'enquête à sa place. Pendant ce temps, la nièce de Saint-Mathieu flirte avec un séduisant inconnu. Elle est loin de se douter du terrible danger qui la menace. Ces événements font resurgir les vieux démons de la famille...
S06E02 - Mauvaise rencontre
La nièce de Saint-Mathieu est retrouvée à l'intérieur d'une voiture criblée de balles. Suspendu, Vincent ne peut rien faire. Bérénice insiste alors auprès de Chapelle pour enquêter sur ce dossier. Plutôt que de rester chez lui, Vincent décide quand même de prendre les choses en mains de son côté. Il va croiser le chemin d'un avocat qui n'est autre que le nouveau compagnon de Catherine, son ex-femme...
S06E03 - L'ombre du Palais
Camille, remise sur pied, apprend que l'homme qu'elle fréquentait était lié à la mafia, par l'intermédiaire de Fabre. Or, celui-ci, un avocat véreux, n'est autre que le compagnon de Catherine. Vincent tente aussitôt d'avertir son ex-femme, qui refuse de lui accorder un quelconque crédit. Tandis que François, le père de Camille, mène ses investigations, Bérénice est nommée directrice d'enquête à la place de son père. Quant à Chapelle, rappelé à l'ordre par Barral, il se voit chargé de constituer un dossier visant à accuser Camille du meurtre de Fabre...
S06E04 - Dose létale
Chapelle place Camille en garde à vue pour le meurtre de Thomas. De son côté, Fabrice parvient à convaincre Catherine que son compagnon est un avocat véreux...
S06E05 - La belle endormie
Après le vol d'un dossier compromettant dans le bureau d'Arthur Morgane, l'avocat corrompu, Catherine se retrouve en danger. Surprise par le magistrat, elle tente de le convaincre qu'elle abonde dans son sens pour se tirer d'affaire. Catherine parvient ainsi à fournir une information capitale à Vincent. Cependant, Arthur exerce un chantage odieux sur François : s'il veut garder Camille, sa fille, en vie, il doit supprimer son frère. Tandis que les Saint-Mathieu cherchent à tout prix à empêcher l'avocat de s'enfuir, Barral annonce à Chapelle que la cellule d'investigations vient d'être démantelée...
S06E06 - Morte saison
Après la mort de Vincent, sachant Falguière et Morgane en liberté, François se montre toujours très inquiet pour Camille, qu'il cherche à protéger...