La CIC est attaquée à l’aube par un commando de trois hommes qui dérobent des armes et laissent une victime derrière eux, Debreuil. Chapelle est fou de rage que son unité ait été touchée. Une douille retrouvée sur le sol le renvoie vers un passé qui ne semble pas le réjouir... Pour les besoins de l’enquête, Malo se rend au Club 42 et tombe aux mains de Christelle et Costa pour une partie de poker musclée... Albertini fait désormais partie de l’Inspection générale des Services et revient pour enquêter sur la mort de Debreuil, décédé suite à l’attaque de la CIC...
S02E02 - La voix dans la nuit
Sylvia Braun, ancienne psychologue reconvertie en animatrice de radio, se fait larguer en direct à l’antenne par son ami, François Vidal, retrouvé mort le lendemain matin... Malo se rend compte du piège dans lequel il est tombé avec Costa. Malgré les aveux d’Albertini, les Saint-Mathieu ne peuvent se résoudre à la mort de Julie. Bérénice continue ses investigations sur la Fondation Joubert : Gibot et un certain maître Palière sont impliqués. Saint-Mathieu est quant à lui convaincu d’avoir vu Julie dans une voiture. Gibot, craignant pour ses activités, réitère son ordre à Chapelle de se débarrasser de Bérénice.
S02E03 - Profanation
Le corps d’une femme a disparu d’une morgue dont les murs ont été tagués de croix gammées. Le rapport d’autopsie du professeur Carois semble totalement incohérent et les deux enfants de la victime, Nina et Jules, se contredisent dans leur déclaration. Le corps est retrouvé calciné et éviscéré dans la forêt. Malo découvre que les traces de pneu coïncident avec celles de la voiture du petit ami de Nina. Mais sur demande expresse de Costa, Malo les fait disparaître. Qu’est-ce que les enfants peuvent avoir à cacher, et quels sont les intérêts de Costa dans cette affaire ?...
S02E04 - Cible mouvante
En plein service, le restaurant Les Roches brunes est attaqué par deux hommes cagoulés et armés. Le sang de Sandrine Neuville ne fait qu’un tour : elle s’empare de l’arme cachée derrière le comptoir et abat d’une balle les deux braqueurs. L’équipe de la CIC est très intriguée quant à la dextérité de Sandrine Neuville, qui se révèle avoir un passé très lourd...
S02E05 - Une mort effacée
Le corps d’une femme est retrouvé sur un parking. Si l’affaire semble classique, les choses se corsent lorsque l’on identifie la victime qui n’est autre que la femme du juge Berthelsman avec qui Vincent Saint-Mathieu a déjà eu plusieurs différends dans une vieille affaire de pédophilie dont le juge l’avait dessaisi sans raison…
S02E06 - Fin de partie
Roué de coups, Malo fait appel à Bérénice et lui avoue que s’il n’a pas livré Mado dans les 48 heures à Costa, c’est fini pour lui. Bérénice se confie à son père qui intervient et fait plier Costa. Maryse Guersant, neurologue et experte auprès du tribunal, est retrouvée poignardée chez elle, les mains ligotées. Si les indices font dans un premier temps penser à une scène de home jacking, ce que découvrent les enquêteurs les font réfléchir. Outre son titre de neurologue, Maryse Guersant travaillait également pour la Fondation Joubert. Bérénice et son père voient là une occasion rêvée de s’introduire officiellement dans la sacro sainte Fondation.