Un bagagiste est retrouvé mort assassiné à la livraison des valises à l'aéroport de Marignane. Sa femme est la première suspecte. En garde-à-vue, elle tente de se suicider... Les gendarmes découvrent de nombreux bagages volés au domicile du couple : et si le bagagiste était mort d'avoir volé la «mauvaise» valise ? Les enquêteurs remontent la piste d'un enlèvement commis au sein d'une riche famille. La valise aurait servi au transport de la rançon ramenée de Suisse par le père
S03E02 - Les sanglots d'Hippocrate
Le doyen du CHU est assassiné et on retrouve son corps en salle d'anatomie... Le meurtre n'a pu être commis que par un membre du personnel de l'hôpital. Principal suspect : un chirurgien qui briguait la succession malgré la préférence affichée du doyen pour son rival. Les enquêteurs découvrent finalement que le favori du doyen est un imposteur bardé de faux diplômes...
S03E03 - Le mort sans visage
Un pharmacien, Carl Weisler, est retrouvé mort derrière le comptoir de sa pharmacie, la carotide tranchée, le visage vitriolé. Les indices mettent les enquêteurs sur la piste d'un trafic de médicaments interdits : drogues, etc. Le relevé des appels téléphoniques de la pharmacie révèle un appel vers le service des urgences de l'hôpital des Collines. Une petite fille de quatre ans y a été admise dans un état critique. Elle aurait ingéré une molécule que le pharmacien lui avait prescrite illégalement…
S03E04 - Entre chien et louve
La jeune enfant d'une femme de truand est enlevée et noyée par deux hommes cagoulés sous les yeux de sa mère et des voisins réveillés en pleine nuit. Le crime, horrible, semble avoir été commis par des rivaux au sein d'une même famille de la pègre marseillaise qui se déchire. Le père de la petite victime, l'un des hommes clés dans la guerre qui oppose les clans, est emprisonné au moment des faits. Puis on découvre que la petite n'est pas morte : la scène était un simulacre, la fillette a été enlevée. Le père s'évade de prison et enlève à son tour un petit neveu pour l'échanger contre sa fille...
S03E05 - Une mort effacée
Fanny Berietti, 35 ans, est retrouvée morte dans sa librairie. Elle a été frappée à la tête avec un marteau, le tiroir-caisse a été forcé, la caisse vidée. L’enquête mène l’équipe de la SR Romane Maratti, écrivain, qui était une amie d’enfance de Fanny. Troublé par le charisme et la sensibilité à fleur de peau de Romane, Saint-Mathieu a du mal à mettre la lumière sur ce meurtre…
S03E06 - Fin de partie
Anne Boulanger, professeur d’économie à l’IEP d’Aix en Provence, est retrouvée morte au fond d’une ruelle. Les enquêteurs découvrent une vidéo où l’on peut voir Anne embrassant un de ses élève Tarik Chahine. Jean-Luc Boulanger, le mari, un marchand d’art réputé, était au courant de sa liaison avec Anne. On apprend qu’une altercation violente s’est produite le jour du meurtre entre Anne et l’étudiant. Ce dernier, qui bénéficie dans ses études de la discrimination positive, est arrêté alors qu’il tentait de s’échapper...
S03E07 - Contre-plongée
Au petit matin une jeune femme, Sabine Lombard, entre dans la piscine du centre national d’instruction nautique de la gendarmerie. Un 2ème nageur plonge, prend la jeune femme à revers et lui arrache le tuyau d’arrivée d’air... Sabine se noie. L’ordinateur de Sabine Lombard révèle des photos de Serge Lerbier, gendarme plongeur à la brigade de Porquerolles. Celui-ci a été viré de la gendarmerie suite à une tricherie dénoncée par Sabine…
S03E08 - Un jouet cassé
Un homme cagoulé pénètre dans une villa avec l’intention évidente de la cambrioler. En fouillant, il découvre une jeune fille enfermée dans un cellier, menottée et terrorisée... Un peu plus tard, le cadavre de Sophie Cheret, une étudiante, est retrouvé dans un champ, morte par strangulation...