Les Séparatistes s'offrent l'aide de redoutables chasseurs de primes pour faire tomber les Jedi. Les mercenaires tentent de récupérer des documents précieux à l'avènement des Sith. Anakin, Obi-Wan et Mace Windu servent la cause de la République et s'efforcent d'aider les planètes alliées. Mace Windu est appelé à secourir son ancienne idylle, la duchesse Satine, piégée au coeur d'une terrible machination. Anakin, lui, doit maîtriser ses ardeurs et essayer de suivre les ordres sans broncher.
Anakin continue de poursuivre le mystérieux pilote conduisant un chasseur fanblade Géonosien, celui-ci ayant des capacités étonnantes pour le pilotage, la poursuite continue alors dans l'hyperespace.
S02E02 - Chapitre 12
Un jeune fermier, Paxi Sylo, regarde Mace Windu se battre contre l'armée droïde Séparatiste soutenue par d'énormes réservoirs sismiques sur Dantooine.
S02E03 - Chapitre 13
Ayant perdu son sabre laser, maître Windu se sert des super droïdes de combat comme arme.
S02E04 - Chapitre 14
Alors que Luminara Unduli et Barriss Offee sont dans le temple Jedi sacré sur Ilum pour terminer la formation de la padawan Offee, le temple est attaqué par des droïdes caméléons.
S02E05 - Chapitre 15
Maître Yoda, voyageant à bord du vaisseau de la sénatrice Amidala, persuade le capitaine Typho de faire un détour sur Ilum afin de monter une opération de sauvetage.
S02E06 - Chapitre 16
Padmé, soucieuse de maître Yoda, est attaquée par des droïdes caméléons. Heureusement, C-3PO est là pour arranger les choses involontairement.
S02E07 - Chapitre 17
La course poursuite entre Anakin et le mystérieux pilote se termine sur Yavin 4. Bien qu'un escadron de clones est envoyé en appui par Obi-Wan pour soutenir Anakin, l'escadron est entièrement décimé par Asajj Ventress. Commence alors un combat où seul un des deux adversaires quittera la planète vivant.
S02E08 - Chapitre 18
Ventress mène Anakin à travers les jungles de Yavin 4 vers les anciens temples Massassi.
S02E09 - Chapitre 19
Poussé à bout par Asajj Ventress, Anakin sombre presque vers le côté obscur.
S02E10 - Chapitre 20
La République gagne la bataille de Muunilist, ce qui n'est pas le cas sur la planète Hypori. Là-bas, un groupe de Jedi composé de Ki-Adi-Mundi, Shaak Ti, Aayla Secura, K'Kruhk, Tarr Seirr et Sha'a Gi sont entraînés dans une impasse par le redoutable général Grievous.