S05E01 - La légende de la rose sacrée - 1ère partie
MacGyver, avec l'aide d'une archéologue, est à la recherche d'un ancien phénomène connu comme "laRose Sacrée".
S05E02 - La légende de la rose sacrée - 2ème partie
Poursuivant leur recherche de la Rose Sacrée, MacGyver et une archéologue font la découverte d'unesociété ancestrale.
S05E03 - Les Perles de Cléopatre
Une réfugiée, à qui la Fondation Phoenix a procuré une nouvelle identité, a des voleurs de bijoux à ses trousses parce qu'elle est entrée en possession d'un plan indiquant où se trouve "la broche noire", un bijou célèbre qui avait disparu. MacGyver et le chasseur de primes Frank Colton joignent leurs efforts pour la retrouver avant les voleurs
S05E04 - Cessez le feu
Alors qu'il vient juste d'empêcher une tentative d'assassinat, MacGyver est pris pour le meurtrier
S05E05 - Le fils qu'on attend pas
A Bangkok, MacGyver aide le chasseur de primes Jesse Colton à retrouver son fils illégitime. Ils sont à sa recherche car ils le soupçonnent de posséder des informations sur un vol de médicaments.
S05E06 - Le couloir de la mort
MacGyver est contacté par Murdoc, un de ses ennemis de longue date, pour l'aider à retrouver sa fille, enlevée par les patrons de ce dernier.
S05E07 - Entrée en fac
Une étudiante chinoise, qui a en sa possession une cassette compromettante, est poursuivie par des agents secrets du gouvernement chinois. MacGyver lui vient en aide.
S05E08 - La piste des rhinocéros
En Afrique, MacGyver est témoin du massacre de rhinocéros. Il décide de s'engager dans la lutte contre le braconnage des espèces en voie d'extinction.
S05E09 - Un Paysage d'Anvers
Un vieil homme juif affirme avoir été volé par les Nazis pendant la seconde Guerre Mondiale. MacGyver mène l'enquête mais il est pris en otage par un groupementnéonazi.
S05E10 - L'un chante l'autre peint
MacGyver aide une amie persuadée que sa soeurjumelle veut la tuer.
S05E11 - La vierge disparue
MacGyver et les enfants accueillis à la Fondation Phoenix découvrent la véritable signification de Noël en faisant la connaissance d'une sans domicile fixe qui disparaît mystérieusement.
S05E12 - Sérénité
Exténué, MacGyver rêve qu'il est un vétéran de la Guerre d'indépendance et qu'il réclame une maisondans le Montana.
S05E13 - Le programme mentor
MacGyver essaie d'encourager un étudiant prometteur mais démotivé malgré les efforts négatifs de sonprofesseur.
S05E14 - Le compromis
MacGyver aide un ami écologiste à découvrir ce qui est arrivé à une entreprise sur le point de dévoiler des malversations d'une concurrente.
S05E15 - Le trésor de Manco
MacGyver et un ami partent à la recherche d'unfabuleux trésor Inca.
S05E16 - Jenny
Macgyver et Jack Dalton aident leur vieille amie Jenny Larson à éclaircir le mystère planant autour de la mort de son père, apparemment décédé à la suite d'unechute de cheval.
S05E17 - Infiltration en eaux profondes
Le tout dernier cri des détecteurs de sonars de sousmarins de la fondation Phoenix est dérobée afin d'être revendu à un cartel de la drogue. MacGyver s'infiltre parmi eux pour déjouer leur plan.
S05E18 - L'amadeus perdu
La ballade dominicale de Macgyver est interrompue quand une Cadillac heurte son vélo. Sa conductrice, Lulu, le reconduit chez lui et l'entraine dans une histoire abracadabrante concernant un violon de collection.
S05E19 - Coeurs d'aciers
Macgyver est appelé à enquêter sur le kidnapping de sa jeune amie, Lisa Woodman. Il découvre que des ouvriers licenciés par le père de Lisa sont à l'origine de sa disparition, et qu'ils veulent plus que de l'argent.
S05E20 - Un jugement hâtif
Très peu satisfait par l'investigation menée à propos d'un meurtre, MacGyver choisit de mener l'enquête. Il découvre l'arme du crime et essaye de convaincre le jury de l'innocence du condamné.
S05E21 - Voyage au royaume des ombres
MacGyver est témoin d'un vol dans un musée et est blessé dans la poursuite. A l'hopital, sa vie ne tient qu'à un fil et les voleurs feront tout pour qu'il ne puisse pasles identifier.