1863. Alors que le Bakufu s'affaiblit et que le Japon entre progressivement dans une nouvelle ère, Nio, jeune orphelin aux cheveux blonds, croise deux rônins qui vont changer sa vie.
Dans le Japon féodal, Nio et sa sœur Iroha mènent une vie insouciante dans la ville de Kyoto, dans laquelle l'arrivée des Miburo, un groupe de samouraïs errants réputés pour leur violence, est rapidement devenu source de tensions avec les habitants. Mêlé à une série de kidnappings, Nio se retrouve à croiser le chemin de Sôji Okita et de Toshizô Hijikata, rencontre qui formera en lui le désir ardent de changer le monde.
S01E02 - Un monde où il est possible de pleurer
Nio arrive chez les Miburo et découvre un monde où violence et justice se confondent. Saura-t-il reconstruire ses convictions, chamboulées par ses premières missions ?
S01E03 - Là où se cache notre âme
Nio fait la rencontre de Tarô, un autre jeune garçon au service des Miburô, à travers lequel il découvre les sombres réalités de la vie parmi les samouraïs.
S01E04 - Le Nom de notre ennemi
Lors d'une patrouille avec Toshizô Hijikata et Hajime Saitô, Nio voit de nouveau son sens de la justice remis en cause.
S01E05 - Un seul et unique but
Katamori Matsudaira, le commissaire militaire de Kyoto, décide de faire appel aux Miburo pour résoudre une récente série de meurtres visant les ressortissants d'Aizu.