1863. Alors que le Bakufu s'affaiblit et que le Japon entre progressivement dans une nouvelle ère, Nio, jeune orphelin aux cheveux blonds, croise deux rônins qui vont changer sa vie.
Dans le Japon féodal, Nio et sa sœur Iroha mènent une vie insouciante dans la ville de Kyoto, dans laquelle l'arrivée des Miburo, un groupe de samouraïs errants réputés pour leur violence, est rapidement devenu source de tensions avec les habitants. Mêlé à une série de kidnappings, Nio se retrouve à croiser le chemin de Sôji Okita et de Toshizô Hijikata, rencontre qui formera en lui le désir ardent de changer le monde.
S01E02 - Un monde où il est possible de pleurer
Nio arrive chez les Miburo et découvre un monde où violence et justice se confondent. Saura-t-il reconstruire ses convictions, chamboulées par ses premières missions ?
S01E03 - Là où se cache notre âme
Nio fait la rencontre de Tarô, un autre jeune garçon au service des Miburô, à travers lequel il découvre les sombres réalités de la vie parmi les samouraïs.
S01E04 - Le Nom de notre ennemi
Lors d'une patrouille avec Toshizô Hijikata et Hajime Saitô, Nio voit de nouveau son sens de la justice remis en cause.
S01E05 - Un seul et unique but
Katamori Matsudaira, le commissaire militaire de Kyoto, décide de faire appel aux Miburo pour résoudre une récente série de meurtres visant les ressortissants d'Aizu.
S01E06 - Chacun sa conception de la justice
Face à Jutarô Kimura, Nio choisit le dialogue, donnant ainsi l'opportunité à l'assassin de dévoiler ses convictions.
S01E07 - Fierté
Jutarô étant vaincu, les Miburo partent à la recherche de ses quatre complices. L'enquête commence par un passage chez Seto, Nio étant persuadé que le jeune homme est impliqué.
S01E08 - La Paume des mains
Les Miburo affrontent enfin les assassins restants. De leur victoire dépend leur association avec le domaine d'Aizu et la pérennité de leurs activités.
S01E09 - Le trésor
Alors que Serizawa et Hijikata profitent d'un soir de fête pour discuter de l'avenir des Miburo, Nio retourne chez sa grand-mère et lui fait part de ses doutes.