Natsume est un garçon timide et renfermé qui peut voir les yôkais. Il a hérité d'un carnet de sa défunte grand-mère dans lequel sont inscrits les noms de beaucoup de ces êtres surnaturels, ce qui lui permet de les contrôler. Ces yôkais viennent alors lui demander de leur rendre leur nom, et cela a tendance à l'entraîner dans diverses aventures loufoques.