Après avoir invoqué Hayate, Kabuto l'envoie attaquer l'unité médicale pour récupérer les corps de ninjas d'élite morts durant les combats et scellés dans des parchemins.
S13E02 - Nuit de nouvelle lune
Yûgao reçoit l'ordre de rattraper Hayate, accompagnée de Sakura et de deux autres ninjas. Durant leur mission, Yokaze et Iô sont blessés.
S13E03 - Mission de rang A - Duel devant l’empereur
L'un des clones de Naruto rencontre l'équipe de Karui, en difficulté face à un ronin réincarné par Kabuto et nommé Tatewaki, une vieille connaissance de Naruto.
S13E04 - La chute du château
Retour dans le passé. Les ninjas du village caché par les feuilles font évader le jeune maître en le remplaçant par Naruto, avant de subir l'attaque des Akatsuki.
S13E05 - Prologue de la route du Ninja !
Madara décide de tester sa nouvelle technique sur Naruto. Voyant Naruto seul chez lui, Lee propose à tous leurs amis d'aller aux bains publics.
S13E06 - Le sage et l'œil du dragon
Pendant la 3e guerre, Maître Chen fut un légendaire utilisateur de taijutsu. Ramené à la vie, il doit affronter une équipe très particulière...
S13E07 - La neige après la pluie et parfois l’orage
L'équipe de Shikamaru, Sakura et Kiba est confrontée à de mystérieuses attaques météorologiques. L'œuvre d'un ninja capable de manipuler le temps ?
S13E08 - Triste pluie de beau temps
Le garçon qui contrôle la météo se révèle être Yôta. Arrivé à Konoha plusieurs années auparavant, il était devenu l'ami secret des enfants du village, dont Naruto.
S13E09 - Neige persistante
Il y a bien longtemps, les enfants du village s'étaient liés d'amitié avec Yôta malgré les soupçons des adultes, convaincus qu'il s'agissait d'un espion.
S13E10 - L’armée de ninjas réincarnés !
Kabuto réanime une armée de ninjas de classe moyenne dirigée par Torune, l'ancien garde du corps de Danzô, mais les soldats sont loin d'avoir le niveau.
S13E11 - Shino contre Torune !
Une bataille éclate entre les manipulateurs d'insectes. Shino a-t-il progressé au point de surpasser un ancien membre de la Racine ?
S13E12 - Le vide du cœur, l'autre hôte
Lorsqu'il décide de ramener Fukai à la vie afin qu'il attaque Killer Bee et Motoï, Kabuto n'est pas au bout de ses surprises.
S13E13 - L'âme des marionnettes
Kankurô fait face à Chiyo, sous l'emprise de l'Edo Tensei, tandis que de douloureux souvenirs remontent à la surface.
S13E14 - Cours, Omoï
Alors qu'Omoï a abandonné son poste, l'unité des jeunes ninjas de Kumo vient en aide à l'unité de Kiri, attaquée par une armée de Zetsu blancs.
S13E15 - Arrivée des renforts
Les ninjas de l'alliance font face aux Zetsu blancs qui ont pris l'apparence de certains des leurs. L'équipe de protection des Daimyô continue d'affronter le Zetsu noir.
S13E16 - Madara Uchiwa
Kabuto prend le contrôle de Mû et explique à Madara qu'il l'a invoqué plus fort qu'il n'était à son apogée. Ce dernier s'en prend à la quatrième division.
S13E17 - Le rassemblement des cinq Kage!
Kyûbi donne des pouvoirs à Naruto pour l'aider à repousser l'attaque de Madara, tandis que l'équipe de protection des Daimyô finit par vaincre le Zetsu noir.
S13E18 - Un masque incassable et des bulles
Alors qu'il subit avec Killer Bee les attaques des hôtes réincarnés, Naruto reconnaît Utakata et entame le dialogue avec le jeune homme en entrant dans son subconscient.
S13E19 - Hôtes contre hôtes !
Alors que Killer Bee et Naruto se battent contre les hôtes possédant le Rinnegan et le Sharingan, Kakashi et Gaï se joignent au combat.
S13E20 - Yonbi, le roi des singes !
Naruto et Killer Bee poursuivent leur offensive contre Tobi et les autres hôtes réincarnés.
S13E21 - Kyûbi
Kyûbi se remémore l'évolution de sa relation avec Naruto et son combat contre lui.
S13E22 - Kurama
Kakashi, Gaï, Killer Bee et Naruto sont en mauvaise posture face aux démons à queues. Naruto décide d'utiliser la toute-puissance de Kyûbi pour vaincre les démons.
S13E23 - Équipes de deux
Kakashi, Gaï, Naruto et Killer Bee continuent la lutte face à des démons manipulés par Tobi.
S13E24 - Présage de la victoire
Les cinq Kage et Madara poursuivent leur affrontement.
S13E25 - L’œil rivé sur les ténèbres
Enfin réveillé, Sasuke éveille le Kaléidoscope hypnotique du Sharingan et s'apprête à sortir du repaire de Tobi. Le combat continue entre les Kage et Madara.
S13E26 - Volonté de pierre
Madara décide d'utiliser une puissante technique contre les Kage, laissant échapper un pollen empoisonné. À terre, Oonoki repense à son premier combat contre Madara.