Maintenant que Konoha est sauvé de la destruction, Naruto peut reprendre son entraînement... Dans le même temps, deux nouveaux membres d’Akatsuki font leur apparition : Hidan et Kakuzu.
Hidan utilise sa capacité à unir son corps à celui de son adversaire en buvant le sang de son ennemi, tandis que Shikamaru tente désespérément de s'en sortir.
S04E02 - Mauvaise posture
Malgré ses blessures mortelles, Hidan, toujours en vie, s'en prend à l'un des membres de l'équipe.
S04E03 - Les dernières paroles
Alors que des renforts viennent en aide à l'équipe d'Asuma, un mystérieux personnage ordonne à Hidan et Kakuzu de battre en retraite.
S04E04 - Triste nouvelle
Dans un pays éloigné, les Akatsuki élaborent un plan pour dominer le monde. Pendant ce temps, l'équipe d'Asuma fait état du bilan tragique de sa mission à Tsunade.
S04E05 - L’Équipe numéro 10
Alors que Tsunade s'oppose catégoriquement au plan de l'équipe 10 visant à capturer les Akatsuki, un allié inattendu offre son aide.
S04E06 - Cible verrouillée
Naruto a 24 heures pour perfectionner sa tactique de combat et venir en aide à l'équipe 10 pour mettre fin à la tyrannie des Akatsuki.
S04E07 - Le pouvoir de Kakuzu
Les pouvoirs inattendus de Kakuzu mettent l'équipe de Shikamaru en danger. Pendant ce temps, Naruto découvre les forces et les faiblesses de chacun des cinq éléments.
S04E08 - Un terrible secret
Convaincu que le seul moyen de vaincre Hidan et Kakuzu est de les séparer, Shikamaru tente de créer une diversion.
S04E09 - Le talent de Shikamaru
Hidan et Kakuzu récidivent, sans savoir que Shikamaru a découvert un moyen de retourner leurs pouvoirs contre eux.
S04E10 - Quand on maudit son prochain…
L'équipe 7 arrive en renfort pour aider l'équipe 10 à vaincre Hidan et Kakuzu. Naruto se prépare à mettre en pratique sa toute nouvelle technique de combat.
S04E11 - Fûton, le shuriken tourbillonnant
Incapable d'utiliser sa nouvelle tactique, Naruto supplie ses camarades de lui donner une seconde chance. Le jutsu parviendra-t-il à atteindre Kakuzu à distance ?
S04E12 - Le prix de la puissance
Tsunade prend une décision difficile à propos du jutsu de Naruto, tandis qu'Orochimaru met son nouveau plan à exécution.
S04E13 - La détermination d'un ninja
La rumeur court que la cachette d'Orochimaru aurait été découverte. Naruto s'enquiert des conseils d'un mentor ayant refait son apparition. Guren commence sa sélection.
S04E14 - Le repaire d’Orochimaru
Jiraya propose à Naruto un nouveau type d'entraînement. Guren révèle sa technique de combat. Sasuke s'étonne de l'intérêt porté par Orochimaru à Yukimaru.
S04E15 - La rencontre
Orochimaru propose un plan à Guren. Kabuto et Yukimaru tentent d'invoquer le démon à trois queues. Naruto se retrouve nez à nez avec Yukimaru.
S04E16 - Attaque combinée
Tsunade enquête sur un mystérieux cristal. Les hommes de Guren découvrent la présence de l'équipe de Kakashi. Naruto rencontre des difficultés durant son entraînement.
S04E17 - Une nuit pluvieuse
Kakashi et son équipe découvrent qu'ils sont épiés. Après avoir fait un mystérieux rêve, Guren décide d'offrir un cadeau à Yûkimaru.
S04E18 - Deux talismans
À son tour, Yûkimaru offre un cadeau à Guren. Gamatatsu montre des signes de progrès. Naruto supplie Tsunade de le laisser rejoindre l'équipe de Kakashi en mission.
S04E19 - Un ennemi invisible
Naruto découvre comment perfectionner sa nouvelle technique de combat. L'équipe de Kakashi prend part à une bataille imprévue. Yûkimaru repense à sa mère.
S04E20 - Le labyrinthe des miroirs
Les membres de l'équipe de Kurenaï se retrouvent pris au piège dans un environnement incertain. Alors qu'il vole à leur secours, Naruto recroise le chemin de Yûkimaru.
S04E21 - Cible en vue
Naruto confronte sa nouvelle tactique aux pouvoirs de Guren. Après avoir repris leurs expériences, Guren et ses hommes sont témoins d'un incroyable phénomène.
S04E22 - Le démon enragé
Alors qu'il tente de localiser Guren, Kakashi envoie Naruto au lac pour mener l'enquête. Guren décide de capturer le démon à trois queues.
S04E23 - Dans le brouillard
Guren et Naruto se retrouvent pris au piège du démon à trois queues. Après avoir appris le retour de la bête, Tsunade prépare une contre-offensive.
S04E24 - Chacun ses sentiments
Naruto avance dans le brouillard pour retrouver Yûkimaru et le ramener à Konoha, mais Guren est bien déterminée à ne pas le laisser filer.
S04E25 - Réorganisation !
Des renforts arrivent de Konoha avec de nouveaux ordres. Un personnage aborde Kabuto pour discuter du rapprochement de Guren et Yûkimaru.