Naruto fait de terribles cauchemars. Saï tente de développer son esprit d'équipe. Kakashi se confie à Naruto.
S03E02 - Le vent
Naruto commence son entraînement avec de nouvelles techniques. Après en avoir appris davantage sur son chakra, il décide d'en tester la puissance.
S03E03 - Fourmillements
Naruto demande conseil à Asuma. Une potentielle menace abrège l'entraînement de Naruto. Tsunade décide d'envoyer l'équipe de Kakashi en mission.
S03E04 - Un repos éternel troublé
L'équipe de Kakashi se rend au Temple du Feu pour résoudre le pillage des tombes. Naruto est témoin de quelque chose d'étonnant.
S03E05 - La solitude
L'équipe de Kakashi découvre l'histoire des tombes secrètes du Temple du Feu. Naruto réalise qu'il a plus de choses en commun avec Sora qu'il ne le pensait.
S03E06 - Un nouvel ennemi
Persuadé que Danzô prépare un mauvais coup, Tsunade décide de mener l'enquête. Au Temple du Feu, Naruto et les autres tombent dans un piège.
S03E07 - Hauts et bas
L'équipe de Kakashi se retrouve en position de faiblesse face à l'ennemi. De son côté, Sora tombe nez à nez avec un mystérieux personnage.
S03E08 - Prise de contact
Le mystérieux personnage transmet à Sora un message codé. Dépité, Naruto découvre que Fûka est capable d'utiliser les cinq éléments de chakra.
S03E09 - Coéquipier
Alors que Yamato intègre un nouveau membre dans l'équipe de Kakashi, la décision est loin de faire l'unanimité. Au Pays du Feu, Furido passe à la vitesse supérieure.
S03E10 - Deux rois
Les révélations de Furido au sujet de la famille de Sora font l'effet d'une bombe. Tsunade reçoit une lettre intrigante du moine du Temple du Feu.
S03E11 - Le signal d’ébène
Tsunade surprend Danzô lors d'un rendez-vous secret. Alors que Sora découvre une information choquante au sujet de son père, Furido l'encourage à se venger.
S03E12 - La barrière des ténèbres
Furido lance une offensive contre Konoha. Asuma soupçonne quelqu'un de s'être servi de Sora et réalise que la sécurité du village est menacée.
S03E13 - Les âmes ressuscitées
Asuma se retrouve face à ses propres démons. Avant d'empêcher Sora de se tourner vers Furido, Naruto doit éviter une nouvelle fois le baiser de la mort.
S03E14 - Chacun son combat
En découvrant les plans de Furido, Sora, sous le choc, tente désespérément de s'interposer. Asuma affronte tant bien que mal Kitane.
S03E15 - L’Heure du réveil
Naruto découvre le secret derrière la capacité de Fûka à se servir des cinq éléments de chakra. Furido révèle les origines des incroyables pouvoirs de Sora.
S03E16 - Désespoir
Sora sombre dans le désespoir après une terrible trahison. Seul Naruto peut comprendre la douleur de Sora et l'empêcher de perdre totalement pied.
S03E17 - Résonance
Asuma remonte le temps pour combattre le véritable Furido. Le chakra du démon à neuf queues ayant investi les corps de Naruto et Sora commence à se manifester.
S03E18 - Mon ami
Naruto tente désespérément de supprimer le chakra du démon à neuf queues pour mettre fin à la fureur de Sora. Asuma reçoit une aide inattendue durant son combat.
S03E19 - Une menace qui s'approche
De retour, Kakashi avertit Tsunade des mouvements de l'organisation Akatsuki. Pendant ce temps, Hidan et Kakuzu pourchassent toujours le démon à deux queues.
S03E20 - L’Akatsuki attaque
Hidan et Kakuzu se rendent au Temple du Feu pour commencer leur nouvelle mission. Naruto reprend l'entraînement, s'attaquant à de nouvelles difficultés.
S03E21 - Sous le ciel étoilé
Après avoir appris la destruction du Temple du Feu et l'infiltration des Akatsuki au Pays du Feu, Tsunade envoie les 20 nouvelles équipes en mission.
S03E22 - La prière d'un vieux moine
L'équipe d'Asuma décide d'intercepter l'organisation Akatsuki. Kakashi révèle à Naruto le véritable objectif de son nouvel entraînement.
S03E23 - L’étape suivante
Kakashi défie Naruto d'être le premier homme à intégrer son élément de chakra à une toute nouvelle technique de combat encore plus puissante.
S03E24 - Une stratégie payante
Surpris par la puissance d'Hidan, Asuma élabore une nouvelle tactique laissant le reste de l'équipe, et plus particulièrement Shikamaru, sous le choc.