Les Kage répondent à la déclaration de guerre de Madara en créant l'Alliance des puissances Shinobi, avec le Raikage à sa tête.
S09E02 - Démon à queue contre démon sans queue
Killer Bee se lance dans un combat mortel contre Kisame, venu capturer Hachibi. Ailleurs, Ao tombe dans un piège fatal.
S09E03 - En tant qu'ami
Naruto apprend de Saï que Sakura veut tuer Sasuke de ses propres mains. Gaara demande à Naruto ce qu'il va faire pour son ami.
S09E04 - Le bras droit de Danzô
Lors d'un combat contre Sasuke, Danzo dévoile son bras droit couvert d'yeux Sharingans avant d'apparaître invincible.
S09E05 - La technique oculaire interdite
Les techniques de Danzô empêchent Sasuke d'en finir proprement avec son ennemi, tandis que Madara reconnaît la technique de l'Izanagi.
S09E06 - Danzô Shimura
Danzô croit avoir gagné la bataille contre Sasuke, mais il réalise peu à peu que Sasuke l'a placé sous genjutsu juste avant les derniers coups échangés.
S09E07 - La résolution de Sakura
Traquant Sasuke grâce au flair de Kiba, Sakura tente d'endormir ses alliés pour mener à bien son projet : se débarrasser de Sasuke une fois pour toutes.
S09E08 - Les liens perdus
De lointains souvenirs traversent l'esprit de Naruto alors qu'il tente peu à peu de se remettre de ses émotions.
S09E09 - Un fardeau à assumer
Sakura souhaite déserter le village pour se joindre à Sasuke. Plus méfiant que jamais, Sasuke lui propose de la croire une fois qu'elle se sera débarrassée de Karin.
S09E10 - Deux destinées
Alors que Naruto l'accuse d'avoir voulu tuer Sakura, Sasuke lui révèle avoir assassiné Danzô, avant d'exposer son plan visant à laver le nom du clan Uchiwa.
S09E11 - Les grands ninjas
Devenu un ninja de premier ordre, Naruto est-il désormais capable de lire dans le cœur de Sasuke comme ce dernier l'avait évoqué par le passé ?
S09E12 - La taupe
Killer Bee retourne au village caché de Kumo, emportant avec lui l'épée du combat, sans savoir qu'il est en train de tomber dans un piège.
S09E13 - Les nations se mobilisent
La création de l'armée de l'Alliance Shinobi désormais ratifiée par les seigneurs des cinq grands pays. Les Kage regagnent leurs villages pour se préparer au combat.
S09E14 - Hatake Kakashi, Hokage
Naruto rassemble ses amis pour leur annoncer qu'il vaincra Sasuke. Au même moment, les Anciens du village de Konoha nomment officiellement Kakashi au poste de Hokage.
S09E15 - La prophétie du grand Ermite Ôgama
Gerotora, Fukasaku et le Grand Patriarche s'interrogent : doivent-ils confier à Naruto la clé laissée par Jiraya ? La décision pourrait aboutir à la libération de Kyûbi.
S09E16 - Mise au dépôt
Alors qu'il se prépare à accueillir Gerotora, Naruto est pris de doutes. Le risque de voir Kyûbi se déchaîner à nouveau se rapproche.
S09E17 - La décision des cinq kage
Prêts à mettre en pratique leurs meilleures techniques de combat, les ninjas de Konoha se préparent pour la Quatrième Grande Guerre.
S09E18 - Le jeune homme et la Mer
Tsunade envoie Naruto en mission secrète pour l'éloigner des Akatsuki, mais un monstre s'en prenant aux navires attrape Naruto, Yamato, Gaï et Aoba.
S09E19 - Les ninjas de Benisu
Alors qu'ils font escale sur une île pour se remettre de leur mal de mer, Naruto, Yamato, Gaï et Aoba tombent nez à nez avec Sakura, Ino et Chôji.
S09E20 - Le bateau fantôme maudit
Bloqué en pleine mer par un épais brouillard, Naruto voit soudain apparaître un nouveau navire.
S09E21 - L’Île cuirassée
Des pirates vivant sur une île en forme de cuirassé ouvrent le feu sur l'embarcation de Naruto et de son équipe.
S09E22 - L’Île de l’oubli
Lancés à la recherche de Gaï, enlevé par un oiseau géant, Naruto, Yamato et Aoba débarquent sur une nouvelle île où ils subissent l'attaque d'une araignée géante.
S09E23 - Bats-toi, Rock Lee
Gaï se remémore les célébrations qui s'étaient déroulées le lendemain du jour où Rock Lee avait appris la technique secrète du Lotus.
S09E24 - Manger ou être mangé : l’enfer des champignons dansants !
En préparant ses réserves avant son départ pour un long voyage, Naruto achète un champignon à un marchand aux intentions troubles.
S09E25 - La contre-attaque des clones
Malgré les services rendus pendant la tempête, Naruto refuse de libérer les clones. Ulcérés, ces derniers se révoltent et prennent le navire en otage.