Les répercussions de la relation entre le redoutable et inégalable Kazuma Kiryu, un guerrier Yakuza doté d'un sens aigu de la justice, du devoir et de l'humanité, et trois de ses amis d'enfance, dépeintes sur deux époques différentes, 1995 et 2005.
En 1995, désireux d'échapper aux contraintes de leurs vies, Kiryu et ses amis organisent un braquage dans une salle de jeux locale. Mais celle-ci appartient au clan Doujima, une puissante organisation yakuza qui fait la loi à Kamurocho. En 2005, Kiryu sort de prison quand il apprend par l'inspecteur Date que ses amis sont en danger. Il décide de retourner à Karumocho pour les protéger.
S01E02 - Ambition / Désir
1995. Kazama, qui gère l'orphelinat Sunflower, espérait que Kiryu, Nishiki, Yumi et Miho se rangeraient. Malheureusement, malgré ses espoirs, les quatre amis se sont retrouvés plongés dans le monde des yakuzas. En 2005, les tensions entre l'alliance Omi et le clan Tojo sont à leur comble suite à un vol de dix milliards de yens.
S01E03 - Frères / Sœurs
1995. Les Doujima se rapprochent de la jeune sœur d'Edgar qui possède le sceau officiel nécessaire à la vente de ses terres. Yumi se rend à Osaka pour chercher sa sœur aînée. Simultanément, les conflits autour du sceau d'Edgar s'intensifient. En 2005, Aiko disparaît, laissant sa fille et Haruka derrière elle. Kiryu et Yumi décident de protéger Haruka, mais ils font une découverte.