Alors qu'elle est toujours mise à pied après son enlèvement et l'enquête que la police des polices a lancé contre elle, une des protégées dont elle avait la charge est retrouvée morte chez elle. Il semblerait qu'elle se soit suicidée pour éviter la déchéance après qu'elle ait été diagnostiqué avec le syndrôme d'Hutchins. Mais le légiste déclare rapidement qu'il s'agit d'un meurtre. Lorsque sa fille est emmenée d'urgence à l'hôpital, ils pensent qu'il y a quelqu'un de leur passé qui tente de se venger mais le malfrat qu'ils ont envoyé en prison est totalement réformé et ils ne savent pas qui pourrait en vouloir tellement à cette famille.
S02E02 - Témoin amnésique
Mary est suivie par une psy tout au long de sa journée. Elle doit préparer Jerry pour son procès mais celui-ci ne peut fonctionner en société sans être aidé par une prise de cannabis pour raisons médicinales. Sauf que le service de protection des témoins ne lui autorisent pas cette prise. Quant à la mère de Mary, elle s'est faite arrêtée et elle est persuadée qu'elle n'a absolument rien fait et que le policier qui l'a arrêtée ment...
S02E03 - Parent à charge
Lorsque le proviseur du lycée où étudie Trip contacte les Marshall pour leur dire que Trip fait de nouveau l'école buissonnière, Mary se rend compte que Trip est obligé de rester à la maison alors que sa mère cherche le bon beau-père laissant ses enfants à la charge de son fils aîné. Mary tente de convaincre Trip de ne pas gâcher sa vie comme elle l'a fait. Du côté de Jinx, elle demande à ses filles d'écrire des lettres de recommandations pour son procès. Elle demande aussi à Brandi d'aller assister à une séance des alcooliques anonymes à sa place alors qu'elle ira à un rendez-vous chez le dentiste pour réparer sa mâchoire cassée lors de l'arrestation
S02E04 - Déflagration
Alors qu'elle est chez Raf, Stan appelle Mary et lui demande d'allumer la télévision. Un de ses protégés s'est jeté dans un immeuble sur le point de s'effondrer pour sauver des potentiels survivants.
S02E05 - Jusqu'à ce que le crime nous sépare
Mary apprend que l'identité d'Avi a été découverte et que sa vie est en danger
S02E06 - Fantômes du passé
Le Chef Stan se retrouve dans la chaise des suspects après la découverte du corps de son premier témoin protégé
S02E07 - Couper les ponts
Marshall a un nouveau protégé : Norman Danzer. Celui-ci est un grand architecte et l'un des ponts qu'il a dessiné s'est effondré
S02E08 - Un ami encombrant
Dennis est l'un des protégés de Mary. Elle lui a trouvé du travail chez Colin, qui aide des repris de justices à se réinsérer
S02E09 - Sur écoute
Le FBI a décidé de poursuivre Brandi pour meurtre. Elle interdit à sa soeur et sa mère de prévenir Peter qui est en voyages pour affaires...
S02E10 - A la recherche de Miles
Ed est en passe d'entrer dans la protection des témoins mais le département de la justice a oublié de faire les papiers pour qu'il puisse tout de même voir son fils...
S02E11 - Âmes rebelles
La mère de Rafaël est en ville. Ce que Rafael n'a pas dit à Mary c'est que sa mère est persuadée qu'ils sont fiancés...
S02E12 - 38 ans d'absence
L'agence veut refaire un film expliquant les problèmes courants arrivant aux marshals
S02E13 - Amour et contrefaçon
18 mois auparavant, le programme a pris en charge Helen, une experte en faux billets. Celle-ci a décidé de faire tomber son partenaire lorsqu'elle découvert sa petite-amie dans les bras de celui-ci. Aujourd'hui, Bobby vient voir Mary pour lui demander si elle peut l'aider à identifier les empreintes d'une personne qu'ils ont découvert sur la scène d'un crime.Au même moment, Marshall informe Mary que les empreintes d'Helen ont été découvertes sur la scènes du crime.
S02E14 - L'honneur des Ashmore
Philip Ashmore à la tête d'une fortune familiale s'est rendu compte que la compagnie de courtage à qui il a apporté tant de clients à tout perdu dans une anarque du même type que celle faite par Maddoff. Philip Ashmore a appelé les fédéraux pour le dénoncer mais sa vie est en danger, lui et sa femme doivent donc entrer dans le programme de protection.Pour dédommager toutes les victimes, Philip veut absolument que toute sa fortune leur soit distribuée.Mary trouve l'idée ridicule. Quelques semaines plus tard, Philip demande à récupérer 5 millions de sa fortune.
S02E15 - La révolution dans le sang
Le programme prend encharge pendant quelques temps Francesca, une révolutionnaire que les Etats-Unis veulent soutenir contre le dirigeant de son pays. C'est Mary qui s'y colle mais Francesca n'est pas facile et rejette la superbe maison que lui propose le gouvernement américain et décide d'emménager dans le auqrtier le plus mal fâmé d'Albuquerque. En même temps, elle découvre que malgré son refus initial, Rafael a joué dans une publicité en espagnole pour la société de Pete.