Nous sommes pendant la Guerre Froide. Les Forces d'Autodéfense marines japonaises et les États-Unis ont collaboré pour donner naissance à un sous-marin nucléaire. Shiro Kaeda est nommé Capitaine de l'engin, et va le déclarer comme un état indépendant nommé "Yamato".
Le sous-marin Yamanami de la Force maritime d'autodéfense entre en collision avec un sous-marin nucléaire américain, tuant les 76 personnes à bord, dont son commandant, Shiro Kaieda. Hiroshi Fukamachi, commandant du sous-marin MSDF Tatsunami, se méfie de l'accident et analyse les données enregistrées de la collision.
S01E02 - Seabat Surfaces
Le Seabat, un sous-marin nucléaire de pointe détourné par Kaieda, fait surface devant la septième flotte américaine, qui s'est rassemblée pour le couler, considéré comme une menace terroriste. Là, Kaieda fait une déclaration surprenante.
S01E03 - Kaieda VS Fukamachi
Le navire Tatsunami de Fukamachi arrive dans la zone, où les opérations sont au point mort après la déclaration de Kaieda. Pour tenter d'arrêter Kaieda, Fukamachi monte à bord du Seabat.
S01E04 - Combat Begins
Kaieda commence enfin à combattre les forces américaines. Trois sous-marins nucléaires de la Septième Flotte se rapprochent du Seabat. Le secrétaire en chef du Cabinet, Wataru Unabara, se rend à une réunion au sommet avec le président américain Bennett.
S01E05 - Japan-U.S. Summit Meeting
Un sommet Japon-États-Unis a lieu, mais aucun des deux pays ne cède. Pendant ce temps, la Troisième Flotte américaine lance un missile anti-sous-marin sur le 2e convoi de la Force d'autodéfense maritime dirigé par le commandant Numata, qui a été dépêché pour escorter le Seabat.
S01E06 - Seabat Enters Tokyo Bay
Après la bataille avec la troisième flotte américaine, Kaieda arrive dans la baie de Tokyo pour conclure une alliance avec le Japon. Le gouvernement japonais annonce au public une série d'événements qui ont commencé avec le projet top-secret Seabat.
S01E07 - Yamato vs. Japan, Alliance Negotiations
Kaieda participe à la réunion. Les négociations pour l’alliance entre le Japon et la nation indépendante de Yamato sont communiquées. Dès que les pourparlers sont terminés, le président Bennett identifie Yamato comme une organisation terroriste et ordonne sa destruction.
S01E08 - Tatsunami Sinks
Southern Cross commence à s'écrouler sous l’attaque des forces américaines. Yamato tente de s’échapper avant que le navire ne coule. Le Tatsunami, qui a été mis en danger pour escorter Yamato, commence à couler.