Kira est intriguée quand elle voit Quark porter une boucle d'oreille qu'elle reconnaît immédiatement comme étant celle de Li Nalas qui, selon la légende, est le plus grand résistant bajoran ayant existé. Li a été porté disparu et est présumé mort mais la boucle d'oreille indique qu'il est toujours vivant. Kira croit que le bijou est entré en contrebande et représente un appel à l'aide.
S02E02 - Le cercle
Moins de cinq heures avant l'arrivée prévue des forces bajoranes, Sisko continue à évacuer Deep Space Nine. Il choisit de rester pour retarder la prise de la station et se réjouit de voir ses officiers demeurer avec lui. Kira reste persuadée que le seul réel espoir de stopper le Cercle est de trouver des preuves du rôle secret des Cardassiens à la Chambre des ministres de Bajor...
S02E03 - Le siege
Date stellaire indéterminée. Le DS9 est abandonné. Tous les membres de Starfleet sont évacués en lieu sûr. Dans l'intervalle, Siski et quelques autres décident de rester pour défendre le vaisseau contre les assauts des escadrons bajoriens. Kira, quant à elle, veut à tout prix trouver la preuve de l'ingérence des Cardassiens dans les affaires bajoriennes au Conseil des Ministres, même si elle doit porter le poids de cette pénible enquête sur ses seules épaules
S02E04 - Intrusion
Le DS9 est évacué car un orage de plasma très menaçant se profile. Une poignée de renégats profitent de la situation pour infiltrer la plate-forme quasi déserte...
S02E05 - Le Cardassiens
Bashir est surpris quand Garak, un tailleur cardassien, est attaqué et mordu par un jeune Cardassien qui visite la station avec son père. Le garçon, Rugal, est un orphelin, abandonné après la guerre, et élevé par une famille bajorane. A peine Bashir a-t-il informé l'équipe de l'incident que le leader cardassien Gul Dukat contacte Sisko pour lui demander d'enquêter
S02E06 - Melora
L'équipe accueille l'enseigne Melora Pazlar, une cartographe dont la mission est de réaliser la carte du quadrant Gamma. Melora est une Elaysienne, une espèce d'une planète dont la gravité est très basse. C'est pourquoi, sur Deep Space Nine, elle doit utiliser un fauteuil roulant pour se déplacer «normalement». Bashir, qui a équipé la station en prévision,ne tarde pas à tomber amoureux d'elle...
S02E07 - Les devises de l'acquisition
Date stellaire indéterminée. Zek, le Grand Nagus, a décidé une nouvelle fois d'utiliser le DS9 comme terrain de prédilection pour le développement commercial de Ferengi dans le Gamma Quadrant. Il est bien décidé à faire de Quark son principal intermédiaire pour assurer l'avenir financier de l'Alliance Ferengi.
S02E08 - Démons intérieurs
Quark est sollicité pour retrouver une liste de noms dissimulée à bord du DS9 cinq ans plus tôt. Alors qu'il mène son enquête, un bajorien pénètre dans son bar et tire sur lui...
S02E09 - Double vue
Le jour du quatrième anniversaire de la mort de sa femme, la mélancolie gagne Sisko alors qu'il se promène tard dans la nuit. Fenna, une belle étrangère, engage alors la conversation avec lui. Cependant, elle disparaît presque aussi vite qu'elle était apparue. Le lendemain, Sisko se montre distrait et il retourne à l'endroit où il avait rencontré Fenna...
S02E10 - Sanctuaire
Un vaisseau sévèrement endommagé surgit d'un trou noir. L'engin transporte à son bord quatre individus d'une race inconnue, issue de Gamma Quadrant...
S02E11 - Rivaux
Date interstellaire indéterminée ; un individu particulièrement sympathique débarque à bord de la station. L'équipage qui succombe rapidement à son charme et sa gentillesse est loin de se douter des véritables intention du nouveau venu. En effet, il veut ouvrir un centre de loisirs, et voler la clientèle de Quark ! D'ailleurs, Quark semble être le seul à voir clair dans le jeu de Martus...
S02E12 - L'autre
Le Dr Mora Pol, la scientifique bajorane qui a étudié Odo après sa découverte, arrive sur Deep Space Nine avec peut-être un indice sur les origines de cette dernière. Odo n'apprécie guère sa condition de «cobaye vivant» mais ne peut résister à l'espoir que soulèvent ces recherches : trouver ses semblables...
S02E13 - Annihilation
Bashir et O'Brien se rendent au laboratoire en orbite T'Lani Trois pour éliminer les Harvesters, une arme biomécanique mortelle utilisée depuis des siècles dans la guerre entre les Kelleruns et les T'Lanis. En collaboration avec des chercheurs des deux races, il est décidé de détruire les stocks restants. Mais, alors que leur mission se termine, deux soldats Kellerun armés font irruption dans le laboratoire et ouvrent le feu...
S02E14 - Chuchotements
De retour d'une mission dans le système Paradas, O'Brien remarque que tout le monde sur Deep Space Nine le traite d'une manière différente. Sa femme, Keiko, reste étrangement distante et rencontre secrètement Sisko. Plus étrange encore, Bashir insiste pour qu'il subisse un examen médical et Sisko lui ordonne d'obtempérer
S02E15 - Paradis
En mission d'inspection, Sisko et O'Brien localisent une planète qui possède une colonie d'humains. Sur place, ils apprennent qu'aucune des installations ne fonctionne et ils rencontrent deux colons, Joseph et Vinod. Ceux-ci expliquent à Sisko et O'Brien qu'ils sont bloqués sur la planète depuis leur atterrissage, il y a dix ans...
S02E16 - Mirages (ou Jeu d'ombres)
Dans le quadrant Gamma, Dax et Odo détectent un champ de particules inhabituel à la surface d'une planète inexplorée. En allant voir de plus près, ils trouvent un village étranger et une sorte de réacteur qui émet le champ. Ils sont ensuite fait prisonniers par Colyus, protecteur d'une colonie yaderan établie dans la vallée. Coylus leur explique que leur arrivée coïncide avec les mystérieuses disparitions de vingt-deux personnes...
S02E17 - Démiurge
Alors que Jadzia accueille son premier initié trill, elle découvre un petit univers en cours d'expansion dans son laboratoire. Cependant, sa croissance menace de détruire toute la station si une solution n'est pas vite trouvée...
S02E18 - Pertes et profits
Quark est prêt à sacrifier tout ce qu'il possède afin de regagner l'amour de sa vie, Natima Lang, une cardassienne en fuite suspectée d'actes terroristes sur Cardassia.
S02E19 - Le serment du sang
Jadzia met sa carrière en jeu lorsqu'elle décide de remplir le serment de sang que son symbiote Dax et son hôte précédent Curzon ont prêtés avec trois Klingons âgés. Ces derniers avaient juré de venger la mort de leurs fils lorsqu'ils auraient retrouvé l'assassin, ce qui est le cas lorsqu'ils arrivent sur la station...
S02E20 - Le maquis
Sisko découvre l'existence d'un groupe de terroristes au sein de la Fédération qui se fait appelé Le Maquis. Ce dernier attaque des vaisseaux cardassiens, ce qui pourrait déclenché un nouveau conflit avec Cardassia...
S02E21 - Le maquis
Un cargo cardassien explose alors qu'il quitte la station. Dax établit que ce n'était pas un accident : un engin explosif avait été placé à bord. Afin que cet incident n'ait pas de répercussion sur la nouvelle zone démilitarisée des colonies de la Fédération, le Commander Cal Hudson, attaché aux colonies, et vieil ami de Sisko est appelé à la rescousse...
S02E22 - L'implant
Bashir essaie de sauver coûte que coûte Garak, en train de mourir à cause d'un implant dans son cerveau auquel il est devenu dépendant.
S02E23 - Entrelacs
Après avoir connu des difficultés lors d'un voyage spatial, Kira et Bashir se retrouvent dans un univers alternatif où Deep Space Nine est peuplée par des doubles parfaits de Garak, Odo et Kira II, cette dernière dirigeant la station...
S02E24 - Le collaborateur
Kira doit enquêter sur Vedek Bareil lorsqu'il est accusé d'avoir collaboré avec les cardassiens et d'être responsable de la mort de 43 bajorans.
S02E25 - Tribunal
O'Brien est arrêté puis jugé par les cardassiens pour un crime qu'il clame n'avoir pas commis...
S02E26 - Les jem'hadar
Date stellaire indéterminée. Sisko décide d'emmener Jake et Nog sur le Gamma Quadrant afin que ces derniers explorent une planète inconnue pour les besoins d'un travail scolaire. Sisko n'est guère ravi d'apprendre que Quark sera du voyage...