Date stellaire 46379.1 Uniques survivants du massacre de Wolf 359 Borg, le commandeur Sisko et son fils Jake débarquent sur la planète Bajor, dans la station spatiale «Deep Space 9» abandonnée par les Cardassiens, qui l'ont démolie avant de la quitter. La station est reprise en main par le chef O'Brien, en provenance de l'Enterprise... Après avoir fait connaissance avec quelques membres d'équipage, Sisko est convoqué sur l'Enterprise pour un entretien avec le capitaine Picard, qu'il tient pour responsable de la mort de milliers de victimes, dont son épouse, lors d'une tentative d'invasion des Borgs... Picard transmet à Sisko les ordres de la Fédération quant à la gestion de Deep Space 9 : tenter l'impossible pour que Bajor accepte de rejoindre la Fédération
S01E02 - Prologue
Les retrouvailles du major kira avec un membre de la résistance bajorane la pousse à choisir entre son peuple et son devoir en tant qu'officier de la Fédération. Quant au docteur Bashir, il est très enthousiaste à l'idée de rencontrer Garak, le dernier Cardassian présent sur Deep Space Nine et un espion présumé. Alors qu'il se précipite pour en avertir le reste de l'équipe, il arrive au moment où elle secourt une Bajorane, Tasha Los, dont le vaisseau a été attaqué par les Cardassians.
S01E03 - Un homme seul
Odo, le chef de la sécurité, est interrogé à propos du meurtre d'un individu louche, un Bajoran. Jake, le fils du commandant Sisko, accablé par la solitude, se lie d'amitié avec Nog, un jeune Ferengi peu recommandable. Pendant ce temps, Odo espionne Ibudan, un Bajoran qu'il avait autrefois arrêté pour meurtre, alors que ce dernier s'adonne au jeu chez Quark. Le chef de la sécurité a bien l'intention de débarrasser la station de ce criminel...
S01E04 - Babel
Une mystérieuse épidémie se propage sur la station Deep Space Nine et c'est le major Kira qui doit trouver l'antidote. O'Brien est touché à son tour et examiné par le docteur Bashir qui diagnostique une aphasie, un trouble cérébral l'empêchant de se faire comprendre par autrui. Bientôt, Dax est lui aussi victime de cet étrange mal. En étudiant les deux cas, Bashir découvre qu'ils sont atteints par le même virus et le commandant Sisko doit décréter une quarantaine sur Deep Spance Nine...
S01E05 - La poursuite
Le commandant Sisko est alerté qu'un vaisseau étranger approche de la station Deep Space Nine. A l'intérieur se trouve Tosk, un reptile, qui accepte avec réticence l'aide d'O'Brien pour remorquer son vaisseau anéanti. Ce dernier monte ensuite à bord pour une inspection et fait la connaissance de Tosk, toujours méfiant, qui semble très différent des humains en ce qui concerne la nourriture et le sommeil. Intrigué par son comportement bizarre, O'Brien prévit Sisko de garder un oeil sur lui...
S01E06 - Moins Q
De retour d'une mission dans le quadrant Gamma, le lieutenant Dax et une enseigne se retrouvent prisonniers de leur vaisseau de reconnaissance. Tandis qu'O'Brien travaille à les libérer, le docteur Bashir s'aperçoit qu'il y a en fait trois personnes à bord. A leur sortie, O'Brien reconnaît le troisième occupant : il s'agit de Vash, une femme qu'il avait rencontrée alors qu'il servait sur l'Enterprise...
S01E07 - Dax
Alors que le lieutenant Jadzia Dax s'apprête à rejoindre ses quartiers pour la soirée, elle est observée par un Trill mâle du nom de Selin Peers. Dans l'ombre, Ilon Tandro, un humanoïde de Klaestron Four, attend lui aussi. Avec deux de ses hommes, Tandro réussit à prendre Dax en otage. Incapable de la sauver, le docteur Bashir alerte les autres officiers. Sisko, Kira et Odo tentent alors de les localiser.
S01E08 - Le passager
Date stellaire indéterminée. Alors qu'Odo et le lieutenant Primmin tentent de coordonner le transfert d'un vaisseau Deuridien à bord du DS9, une navette est envoyée à la rescousse du Kobliad, un vaisseau prison transportant entre autres l'enquêteur Ty Kajada et deux cadavres, dont celui d'un célèbre criminel de Kobliad, connu sous le nom de Rao Vantika.
S01E09 - Qui perd gagne
Le commandant Sisko se prépare à recevoir la première délégation extraterrestre appartenant à une race nouvellement découverte, les Wadis. Kira, Dax et Bashir font également partie du comité d'accueil qui souhaite la bienvenue au chef de la délégation, un humanoïde mâle nommé Falow. Sisko et ses officiers sont bientôt déçus d'apprendre que Falow et ses compagnons veulent être immédiatement conduits chez Quark où ils ont entendu dire qu'ils pourraient jouer...
S01E10 - Le grand Nagus
A son bar, Quark est contacté par Krax, un Ferengi, qui lui présente son père, le Grand Nagus Zek, chef admiré de l'empire financier des Ferengis. Quark et son frère Rom, partagés entre la crainte respectueuse et la peur, traitent rapidement Zed avec la considération qu'il mérite. Cependant, Quark est inquiet car il pense que Zek est sur Deep Space Nine dans le but d'acheter son établissement...
S01E11 - Tourbillon
Alors qu'il marchande pour l'acquisition de jumeaux Miradorns surmontant une précieuse coupe, Quark est interrompu par un étranger arrivant du quadrant Gamma, Croden, qui fait irruption en réclamant l'objet. Une bagarre éclate à l'issue de laquelle Croden tue l'un des jumeaux. Il est arrêté par Odo qui ordonne aux témoins de la scène de comparaître devant Sisko. Le jumeau survivant, Ahkel, ne cache pas alors son désir de se venger en tuant Croden...
S01E12 - Derrière les lignes ennemies
Sisko et Kira sont les hôtes sur la station de deux chefs de factions bajoranes rivales, les Paqus et les Navots. Sisko est intervenu comme médiateur dans leurs querelles de territoire afin de prévenir une guerre civile. Mais lui et Kira sont surpris quand ils rencontrent Varis Sul, le tétrarque des Paqus, une jeune fille de quinze ans. Pendant ce temps, Bashir et O'Brien, répondant à une urgence, se dirigent vers un village bajoran en détresse...
S01E13 - Le conteur
Avec l'aide de la Fédération, le gouvernement bajoran est sur le point de faire fonctionner une énorme énergie en exploitant le noyau en fusion de sa cinquième lune, Jerrado. En prévision de cette opération, Kira et Dax effectuent un voyage en orbite afin d'inspecter la lune en question et de s'assurer que tous les habitants ont bien été évacués. Le détecteur de Dax signale alors la présence d'un humanoïde inconnu à la surface. Kira descend pour savoir de qui il s'agit...
S01E14 - Progrès
Avec l'aide de la Fédération, le gouvernement bajoran est sur le point de faire fonctionner une énorme énergie en exploitant le noyau en fusion de sa cinquième lune, Jerrado. En prévision, Kira et Dax effectuent un voyage en orbite afin d'inspecter la lune en question et s'assurer que tous les habitants ont bien été évacués. Le détecteur de Dax signale alors la présence d'un humanoïde inconnu à la surface. Kira descend pour savoir de qui il s'agit...
S01E15 - Avec des "si"
Les habitants de DS9 sont subjugés lorsque tous leurs désirs deviennent réalité. Cependant, tout cela n'est fait que pour mieux cacher l'imminence d'un désastre...
S01E16 - Abandon
Bashir joue les hôtes pour une délégation d'ambassadeurs de la Fédération parmi lesquels se trouve Lwaxana Troi, mère de la conseillère de l'Enterprise, Deanna Troi. Chez Quark, Lwaxana fait une scène quand elle s'aperçoit que son inestimable broche pour cheveux a été volé mais Odo attrape le coupable. Ce dernier se rend bientôt compte de ses sentiments pour Lwaxana à son égard...
S01E17 - Dramatis personae
Parti en mission d'exploration sur Gamma Quadrant, un vaisseau Klingon fait soudain demi-tour, puis explose quelques minutes plus tard ! Ayant réussi à se téléporter sur la planète Ops, l'unique rescapé de l'équipage de la navette décède, après avoir prononcé le mot «victoire»... Dax et O'Brien entreprennent de mener l'enquête sur cette étrange affaire...
S01E18 - Duel
Un cargo kobheerian transporte sur la station un passager dont l'état médical est connu sous le nom de kallanohra. Kira se rappelle alors que les seuls cas qu'elle ait observés étaient le résultat d'un accident minier dans un camp de travaux forcés bajoran, qu'elle avait aidé à libérer il y a des années. Elle se rend à l'infirmerie et reste interloquée quand elle découvre que le patient est un cardassian d'un certain âge...
S01E19 - Entre les mains des prophètes
Alors que Keiko O'Brien fait cours à ses étudiants, une Bajorane en costume religieux, Vedek Winn, observe la classe et, calmement, formule des objections sur les méthodes d'enseignements laïques de Keiko. Selon Winn, ce n'est pas la science qui permet aux vaisseaux de se diriger main "les mains du prophète" et les paroles de Keiko sont un blasphème que les bajorans ne peuvent laisser proférer...