Lorsqu’un poison mortel connu sous le nom de "schiste bleu" tomba du ciel, tuant tous ceux qui s’y étaient exposés, l’humanité décida de fuir sous terre afin d’échapper à la catastrophe qui fut, plus tard, nommée "Larmes de la Nouvelle Lune". Plus de cent ans après, l’humanité a commencé à surmonter ce désastre en prenant la décision de retourner à la surface pour démarrer une nouvelle ère. Sous la menace constante de monstres appelés "Enders", les humains ont tout de même réussi à établir de nouvelles colonies, les "nids" aux côtés d’IA humanoïdes, les "Magus". Nous sommes aujourd’hui en 2242 et Kanata rêve de devenir un Drifter dont le rôle consiste à ramener une ressource rare, appelée cristaux AO, nécessaire pour l’alimentation des nids. Mais, alors que Kanata explore les ruines d’un musée avec un autre Drifter célèbre, Tokio, il découvre une Magus appelée Noir qui a perdu tous ses souvenirs. Seulement, si Noir peine à effectuer les tâches du quotidien, elle excelle en combat, notamment contre les Enders. Ensemble, ils forment une équipe et découvrent par la même occasion ce qu’il faut vraiment pour devenir Drifter.