Ichigo et ses amis, en revenant de la Soul Society, reprennent une vie presque normale, rythmée par les attaques de Hollows. Cependant, de nouveaux personnages font leur apparition : les Arrancars et les Vizards.
Yoruichi endort Ichigo en le frappant, ce qui lui permet d'insérer un produit paralysant dans la blessure qu'il a eue à la suite de son combat contre Zaraki puis nargue Byakuya en se déplaçant à haute vitesse grâce au Shunpô.
S03E02 - Le Méprisable Shinigami
Les deux amis vêtus comme des Shinigami rencontrent Arimaki Makizô, membre de la 11e division. Arimaki est ivre mais remarque l'insigne de la 12e division sur les habits d'Orihime qui prétend être de la 11e.
S03E03 - Ishida, les limites du pouvoir !
Uryû est déterminé à venger son grand-père et utilise la technique Ransô Tengai pour pouvoir combattre même en étant gravement blessé.
S03E04 - Surpasser les limites
Tôsen Kaname, le capitaine de la 9e division endort Uryû avec le pouvoir de son Zanpakuto. De son côté, après avoir écouté les explications de Yoruichi, Ichigo commence son entraînement.
S03E05 - Les Archives authentiques ! L'École des Shinigami
Alors que Renji s'évade de sa cellule, Gin Ichimaru délivre son vice-capitaine Izuru. Hinamori repense à Aizen avant de se souvenir de sa relation amicale avec Tôshirô Hitsugaya lorsqu'ils étaient enfants. Hinamori était élève à l'académie des Shinigami.
S03E06 - Les Vengeurs
Alors que Hinamori se met en route pour venger Aizen, Rangiku Matsumoto se souvient du jour où Gin Ichimaru l'a sauvée lorsqu'ils étaient enfants. Soudain, Kōkichirō Takezoe, 7e siège de la 10e division alerte Tôshirô Hitsugaya et Rangiku car Hinamori, Renji et Kira se sont évadés.
S03E07 - Hitsugaya hurle !
Tôshirô ordonne à Izuru de partir car il ne voudrait pas qu'il soit blesser dans son combat contre Gin, qu'il accuse du meurtre d'Aizen. Les deux capitaines libèrent leur puissante énergie et s'affrontent dans un combat acharné.
S03E08 - Le Cauchemar de Rukia
Rukia, dans sa cellule, repense à son ancien-capitaine Kaien Shiba. Comme elle a été adoptée par les Kuchiki, elle n'a pas eu besoin de passer un examen d'entrée pour faire partie des treize armées de la cour.
S03E09 - L'Éveil du lion
Kon en a marre d'être et toujours pris pour une simple peluche par Yuzu, la sœur d'Ichigo.
S03E10 - Le Jour du jugement
Alors que des Shinigami masqués sortent Rukia de sa cellule pour l'emmener au lieu de l'exécution, Kenpachi Zaraki court en portant Yachiru et Orihime sur le dos, suivi d'Ikkaku, Yumichika et d'Aramaki.
S03E11 - Renji, le serment de l'âme ! Rencontre mortelle avec Byakuya
Renji a vaincu des Shinigamis sous les yeux d'un autre Shinigami qui l'appelle « grand-frère ». Il se souvient des bons moments passés avec Rukia quand une énergie colossale le bloque.
S03E12 - La Tentation d'Ichimaru Gin. La Résolution de destruction
Gin Ichimaru fait semblant d'être fâché que Rukia l'appelle par son prénom avant de se moquer d'elle. Rukia se souvient qu'elle l'a toujours détesté car il l'effrayait quand il venait parler à Byakuya. Gin se propose de la sauver avant d'avouer que c'était une blague. Rukia perd donc ce sentiment d'espoir.
S03E13 - Un serment accompli ! Récupérer Rukia !
La capitaine de la 2e division s'étonne de l'absence de certains capitaines. Byakuya arrive tandis que le vieux capitaine-général accorde à Rukia la promesse de laisser les âmes errantes repartir dans le monde humain.
S03E14 - Le Shinigami le plus fort ! L'Ultime Confrontation entre maître et élève
Alors qu'Ichigo affronte le redoutable Byakuya, Rukia apprend par Renji, qu'Ichigo fait tout pour la sauver car elle compte beaucoup pour lui, elle qui s'imaginait avoir changé la vie d'Ichigo en enfer.
S03E15 - Bataille supersonique ! Déterminer la déesse de la chevalerie !
Le capitaine commandant, Genryûsai Shigekuni Yamamoto combat les capitaines Shunsui Kyoraku et Jûshiro Ukitake. Il libère le pouvoir de son Zanpakuto Ryûjin Jakka, le plus vieux et le plus puissant Zanpakuto de type feu.
S03E16 - Mille fleurs de cerisier écrasées ! Zangetsu passe à travers le ciel
Yoruichi utilise la technique Shunko ce qui crée une puissante libération d'énergie spirituelle. Très rapidement, elle bloque l'arme de Soi Fon.
S03E17 - Décachetez ! La Lame noire, la puissance miraculeuse
Combat intense entre Ichigo et Byakuya Kuchiki. Ichigo provoque le capitaine de la 6e division pour qu'il libère son bankai. Byakuya libère alors son bankai : Senbonzakura Kageyoshi, des lames immenses surgissent du sol.
S03E18 - Conclusion du match mortel. Fierté blanche et désir noir
Dans une forêt, les amis d'Ichigo retrouvent Yachiru. Le combat continue, Byakuya libère la deuxième forme de son bankai, le Senkai : Ichigo et lui sont enfermés dans un dôme d'énergie spirituelle sombre avec des centaines d'épées d'énergie rose que Byakuya peut matérialiser pour attaquer.
S03E19 - Réalité du désespoir, le poignard de l'assassin est brandi
Le capitaine Tôshirô Hitsugaya et sa vice-capitaine Rangiku Matsumoto découvrent que tous les membres du Central 46 ont été assassinés. Ils voient alors le vice-capitaine Izuru Kira sur les lieux qui s'enfuit en les voyant arriver. Izuru conseille à Tôshirô de veiller sur Hinamori, qui les a suivi.
S03E20 - Aizen vivant ! Horribles ambitions
Renji et Rukia sont téléportés sur le terrain d'exécution. Ils font face à Sôsuke Aizen, Gin Ichimaru et Kaname Tôsen, les capitaines traîtres.
S03E21 - Rassemblement ! La Plus Forte Organisation de Shinigamis
Aizen a bloqué l'attaque de Komamura. Ce dernier se remémore sa première rencontre avec Kaname Tôsen. Il se souvient de la première fois où il a rencontré Aizen, ce dernier voulant rencontrer Komamura car Tôsen lui en a parlé.
S03E22 - La Décision de Rukia, les sentiments d'Ichigo
À l'hôpital de la 4e division, deux membres de la 11e division insultent des membres de la cette division mais s'excusent et s'enfuient lorsque la capitaine Unohana arrive.