Fraser revient à Chicago après quelques jours de vacances au Canada et au cours desquelles il a traqué un dangereux malfaiteur. Ce retour est plutôt mouvementé : il trouve son appartement en flammes, Vecchio, son partenaire, est introuvable et son bureau est occupé par un nouveau venu, Kowalski.
S03E02 - Éclipse
Alors qu'il est en planque dans une crypte, Ray Kowalski est décidé à en finir avec un vieux démon surgi de son passé : un voleur de banque nommé Marcus Ellery. Au commissariat, c'est une brigade des affaires internes qui débarque avec la ferme intention d'inculper toute l'équipe, Vecchio en tête, pour corruption.
S03E03 - Témoin protégé
Fraser et Kowalski sont témoins d'un geste héroïque : un homme sauve un jeune garçon éjecté d'une voiture. Ils essayent de le remercier mais ce dernier a disparu. Un journaliste de télévision, qui était présent pendant la scène, persuade Fraser de retrouver le courageux sauveteur. Le journaliste et son équipe accompagnent Fraser et Kowalski à l'appartement du héros réticent. Mais il n'est pas aussi heureux de les voir et se sauve. Ils finissent par l'arrêter en possession d'une arme mais s'aperçoivent très vite qu'ils ont fait une grave erreur : l'homme est Bruce Spender, un témoin fédéral protégé...
S03E04 - Magouilles et sentiments
Fraser et Kowalski ont pour mission de veiller sur la personne de Stella Kowalski. Cette dernière, assistante du procureur d'Etat, est l'ex-femme de Kowalski. Son nouveau petit ami, Frank Orsini, un politicien, a reçu des menaces de mort.
S03E05 - Voir, c'est croire
Fraser se trouve dans un centre commercial, où il tente de mettre fin à l'action de pickpockets. Il se met à la poursuite de l'un d'eux mais quand il revient, il découvrre que Thatcher, Ray et Welsh sont les témoins d'un meurtre.
S03E06 - Chasse à l'homme
Une chasseuse de primes du Montana arrive à Chicago à la poursuite d'un évadé.
S03E07 - Opération coups de poing
Kowalski et Fraser commencent une enquête qui révèle le côté noir de la boxe après qu'un des étudiants de Kowalski blesse quelqu'un sur le ring.
S03E08 - L'Agent Nautilus
Un ami de Fraser, Hanrahan, un vieux monsieur qui croit être un espion, intercepte un message secret. Fraser et Ray se trouvent alors pris au centre d'un réseau de dangereuses communications.
S03E09 - Droit d'asile
Le rendez-vous de Ray avec le chef d'un gang, Volpe, s'avère être un piège puisque la police retrouve quelques heures plus tard Volpe mort et Ray inconscient, l'arme du crime dans la main. Fraser décide de l'arrêter afin de lui procurer l'asile auprès du Consulat canadien, le temps qu'il trouve le vrai meurtrier.
S03E10 - Parfaits étrangers
Fraser et Kowalski mènent l'enquête sur deux assassinats : le meurtre d'une hôtesse de l'air, à Toronto, et celui d'un petit gangster de Chicago.
S03E11 - Macchabée en balade
Dans un mouvement d'humeur, Kowalski tape dans une cloison qui cède... et le policier se retrouve face à face avec un cadavre.
S03E12 - Les Allumés du Bounty - 1ère partie
Nos deux compères doivent s'échapper de ce cargo et découvrir le secret qui se cache derrière le lieu maudit des grands lacs.
S03E13 - Les Allumés du Bounty - 2ème partie
Fraser et Kowalski ont été faits prisonniers sur un cargo, qui sombre lentement. Alors qu'ils tentent de progresser dans les corridors inondés, Fraser remarque plusieurs silos contenant du gaz comprimé. A l'aide d'une sangle, les deux hommes s'attachent à un réservoir, et remontent en flèche à la surface par la cheminée du bateau.