Dans la propriété où il a été amené, Michael fait la connaissance de Vaughn qui travaille pour l'organisation. Il lui propose de s'allier afin de traquer l'instigateur des attentats qui ont eu lieu à travers le monde, Simon n'était qu'un pion parmi d'autres.
Michael aide Fiona et Sam à protéger un avocat contre le gang de motards le plus dangereux de la ville. Pendant ce temps, Michael doit faire équipe avec un allié inattendu afin de déjouer une menace terroriste imminente. Ils n'ont pour seule piste que le numéro de compte en banque de celui qui, pour protéger sa fortune, est prêt à laisser faire sauter Miami. Et leur seul lien avec ce numéro de compte en banque est un trafiquant d'armes, qu'ils parviennent à localiser. Malheureusement, ils ne sont pas les seuls sur le coup. Michael va vite s'apercevoir qu'aucune mission n'est sans prix.
S04E02 - L'homme à abattre
Michael rencontre Jesse, un agent du contre-espionnage récemment grillé tout comme lui, qui cherche de l'aide. Michael accepte d'aider Jesse à blanchir son nom, mais doit d'abord le faire sortir de la ligne de mire d'un trafiquant de drogue impitoyable qui cherche à se venger.
S04E03 - Mafia blues
Un docker reçoit des menace de la part de gangsters. Michael et Jesse lui donnent un coup de main en neutralisant un parrain de Floride grâce à leurs contacts à New York. Mais, quand la couverture de Michael est grillée, Sam doit venir à sa rescousse...
S04E04 - Braquage et dérapage
Pendant que Jesse et Fiona rassemblent des informations sur un tueur décédé, Michael et Sam sont pris en otages alors qu'ils voulaient aider un homme victime d'un escroc...
S04E05 - David contre Goliath
Kendra cherche à rencontrer Michael pour récupérer un ordinateur volé. Parallèlement, l'équipe vient au secours d'un médecin qui est harcelé par des trafiquants de drogue...
S04E06 - A la pointe de l'épée
Sam et Jesse interrogent un tueur à gages qu'ils ont capturé pour découvrir l'identité de son commanditaire. Michael et Fiona se font passer pour des consultants en sécurité afin de piéger un voleur d'antiquités...
S04E07 - Guerre froide
Un ancien agent de la CIA, qui coule des jours paisibles à Miami, est repéré par des espions russes. Michael tente d'éviter qu'ils ne le capturent...
S04E08 - Pas de fumée sans feu
Fiona est engagée comme garde du corps par un homme d'affaires. Sa première mission consiste à assurer sa surveillance lors d'une fête. La soirée dégénère et Fiona se retrouve en danger. Aussitôt, Michael, Jesse et Sam volent à son secours...
S04E09 - L'oeil du cyclone
Michael se fait passer pour un tueur à gages dans le but de sauver un témoin important menacé de mort...
S04E10 - Haute trahison
Un ami de Sam qui purge une peine dans une prison de haute sécurité est menacé de mort par un autre prisonnier. Il lance un appel à l'aide. Sam se tourne alors vers Michael pour qu'ils essaient de le secourir. Michael ne voit qu'une solution : s'infiltrer dans la prison...
S04E11 - Trous noirs
Après avoir été dépouillée de ses économies par un arnaqueur professionnel, une jeune femme demande de l'aide à Michael...
S04E12 - Le pardon ou la vengeance
La fille d'un avocat a été enlevée par un client de son père. Ce dernier charge Michael de retrouver son enfant au plus vite...
S04E13 - Onde de choc
Michael se réveille dans un hôpital de Miami. Restée à son chevet, Fiona lui apprend qu'il a subi deux interventions chirurgicales et qu'il est demeuré inconscient durant plusieurs jours. La jeune femme lui révèle également que John Barrett est mort. Malgré l'avis des médecins, Michael décide de reprendre son enquête pour retrouver au plus vite la Bible qui contient les noms qu'il recherche. Mais une bombe explose au centre-ville, le contraignant à différer ses projets...
S04E14 - Plein gaz
Michael s'allie avec l'un de ses ennemis pour éviter qu'une arme chimique ne tombe entre de mauvaises mains...
S04E15 - Mon frère, ce héros
Alors que Jesse et Sam sont partis pour une vente aux enchères, Michael reste à Miami où Nate est en visite.
S04E16 - Mort ou vif
Michael est à nouveau en possession de la liste de Barrett. Il se demande s'il doit en faire usage lui-même pour se venger ou s'il doit la remettre entre les mains du gouvernement...
S04E17 - Le chacal
Tyler Brennen et Larry Sizemore s'associent pour obliger Michael à tuer les individus cités sur la liste NOC. Brennen dispose d'une preuve contre Michael...
S04E18 - L'ultime assaut
Vaughn considère Michael comme un ennemi et exige qu'il rende la liste NOC. Lorsque Michael essaye d'appeler à l'aide, il est retrouvé par les hommes de Vaughn...