Cette quatrième saison s'annonce plus sombre que les précédentes, puisqu'elle décrit les persécutions dont sont victimes les Chrétiens et les événements précurseurs de la mort de Jésus.
La reine Hérodiade, remplie de colère et de haine après que Jean le Baptiste a dénoncé son mariage, met en place un complot et utilise sa fille pour gagner les faveurs du roi Hérode et faire périr Jean. De retour à Capharnaüm, Zébédée, Jacques le Majeur, Jean et Tamar sont occupés à produire de l'huile d'onction pour les autorités religieuses de la ville. Thomas et Ramah trouvent une faille dans les lois des fiançailles et espèrent se marier, malgré le refus du père de Ramah.
S04E02 - Confessions
Sur la route, Thomas et Ramah demandent à Jésus de les fiancer, malgré l’opposition du père de la jeune fille. Rabbi Samuel est élu au Sanhédrin, un honneur qu’il n'est plus sûr de vouloir quand il apprend que Jean-Baptiste a été exécuté à cause de son rapport. Caïphe, le chef du Sanhédrin à Jérusalem, décrète que Jésus est un apostat. Inquiets pour Jésus, Yussif et Jaïre décident d’agir. Jésus intervient pour aider Matthieu et Pierre à se pardonner mutuellement.
S04E03 - Nuit Sanglante
Quintus panique en voyant Capharnaüm, la ville qu'il administre, s'appauvrir et être prise d'assaut par les pèlerins venus voir Jésus. Il ordonne à ses soldats d'appliquer toutes les lois possibles et charge Gaius de disperser le campement des fidèles. Thomas et Ramah poursuivent leurs arrangements pour leur mariage. Thomas surprend Ramah en lui offrant un cadeau pour lui montrer son dévouement. Les dirigeants de la synagogue locale commencent à comploter contre Jésus dans l'espoir de le surprendre en train de tenir des propos blasphématoires et de le faire arrêter. Les tensions s'exacerbent et le drame éclate.
S04E04 - Le calme avant la tempête
Quintus est arrêté et démis de ses fonctions après avoir commis l’irréparable. De retour à Capharnaüm, Gaius est nommé préteur, prenant le titre et l'autorité de Quintus. La rumeur commence à se répandre depuis Jérusalem selon laquelle les dirigeants juifs du Sanhédrin cherchent à retrouver Jésus et à l'arrêter. Jésus continue de guérir les malades, les boiteux et les aveugles et de chasser les démons. Lucius, un soldat romain, convoque Matthieu pour qu'il rencontre Gaius, dont le serviteur est gravement malade.
S04E05 - Ecoute, service et manigances
Alors que Jésus et les disciples se dirigent vers Jérusalem, un messager leur apporte un paquet de Joanna. Un coffre rempli d'argent et d'objets de valeur pour poursuivre leur mission. Les disciples essaient de trouver un moyen de cacher la présence de Jésus aux yeux des Romains et aux membres du Sanhédrin. Yussif obtient son siège au Sanhédrin. Jésus et les disciples s'arrêtent à la maison de Lazare à Béthanie avant de rejoindre la Ville Sainte. Judas rend visite à un vieil ami. Inquiet de la lenteur avec laquelle Jésus agit, Judas commence à voler dans la bourse commune.
S04E06 - La fête de la Dédicace
Jésus et ses disciples s'arrêtent dans une auberge pour célébrer Hanoukka. Huit jours de fête rythmés par des récits, des chants, des repas, des échanges de cadeaux et des prières. Matthieu découvre une anomalie dans leurs livres de comptes tenus par Judas. Jésus et les disciples apprennent que Lazare est malade. Ces derniers entrent dans Jérusalem. Les membres du Sanhédrin confrontent Jésus et l’accusent de profanation et de blasphème et tentent de lapider Jésus et ses disciples
S04E07 - Le dernier signe
Jésus et les disciples se dirigent vers la maison de Lazare et trouvent Marie et Marthe en deuil... Jésus voyant leur chagrin et leur foi demande à être emmené au tombeau de Lazare.
S04E08 - Humble
La nouvelle de la résurrection de Lazare parvient au Sanhédrin, ainsi qu'à Ponce Pilate et au roi Hérode. Des plans sont élaborés pour réduire Jésus au silence et le punir de mort. Yussif et Samuel vont à la rencontre de Jésus en secret pour le mettre en garde. Marie de Béthanie, la sœur de Lazare, lave les pieds de Jésus avec un flacon de parfum très cher. Jésus envoie Simon le zélote et Matthieu en ville pour chercher un âne. Jésus, monté sur l'âne et ses disciples vont vers Jérusalem. Le Roi est enfin là.