L'USS Voyager traverse une région complètement dépourvue d'étoiles. Le capitaine Janeway commence à douter de la pertinence des décisions qu'elle a prises au cours de ces dernières années.
S05E02 - Assimilation
Un accident survenu pendant le processus de téléportation engendre la création d'un super Borg.
S05E03 - Risque extrême
Le lieutenant Paris met au point une navette d'un nouveau genre, " Delta Flyer " pour récupérer une sonde qui s'est égarée dans un univers toxique. Pendant ce temps, Torres prend des risques inconsidérés : une attitude qui inquiète ses collègues
S05E04 - Dans la peau de l'ennemi
L'équipe de l'USS Voyager découvrent que la Terre est en danger. Des extraterrestres, capables de prendre l'apparence d'êtres humains grâce à une drogue, préparent une offensive de grande envergure.
S05E05 - Il était une fois
L'équipage recherche la navette "Delta Flyer" qui a échoué sur une planète inconnue, avec à son bord, Paris, Tuvok et Samantha. Neelix prend donc sous son aile Naomi, la fille de Samantha. Apprenant que cette dernière est grièvement blessée, il ne sait pas comment annoncer la douloureuse nouvelle à l'enfant.
S05E06 - Eternité
Le voyager inaugure un nouveau mode de propulsion qui lui permettra de rentrer sur Terre plus rapidement. Mais l'expérience tourne mal: le vaisseau s'écrase sur une planète de glace. Quinze ans plus tard, Chakotay et Kim, seuls survivants de la tragédie, dérobent le "Delta Flyer" pour envoyer un message dans le temps afin d'éviter la catastrophe.
S05E07 - Régression
Seven fait la découverte d'une pièce Borg appelée le Vinculum qui a pour fonction de relier tous les esprits Borg entre eux. Elle assimile donc plusieurs personnalités mais ne parvient pas à en garder le contrôle.
S05E08 - Inhumain
Lorsque Torres est attaquée par une forme de vie extraterrestre qui s'implante dans son système nerveux, le docteur utilise un hologramme pour l'en débarrasser. Or, cet hologramme a été créé par un ancien criminel de guerre dans des conditions contraires à l'éthique médicale...
S05E09 - Un mois ferme
Après avoir désobéi au capitaine Janeway, le lieutenant Paris est condamné à trente jours de cellule et rétrogradé au rang d'enseigne. Il profite de cette période d'isolement forcé pour raconter les événements qui l'ont mené en prison dans une lettre à son père.
S05E10 - Contrepoint
Le capitaine Janeway accueille à bord de l'USS Voyager deux familles d'aliens en fuite. Le vaisseau est ensuite intercepté par un escadron Devore à leur recherche. C'est alors que Kashyk, l'officier à la tête de l'escadron, demande l'asile à Janeway.
S05E11 - Image latente
Le docteur a la désagréable surprise de constater que sa mémoire à court terme a été effacée et que certains éléments ont modifiés. Il recherche activement le coupable et lorsqu'il découvre son identité, sa surprise est grande.
S05E12 - La fiançée de Chaotica
Des aliens prennent les personnages du roman holographique du lieutenant Paris pour des êtres qui existent vraiment. Du coup, le capitaine Janeway vient à la rescousse des créatures holographiques.
S05E13 - Gravité
Une navette transportant Tuvok, Paris et le docteur finit par s'écraser sur une planète désertique, attiré par sa grande force de gravité. Le temps s'y écoule différemment. Tandis que les naufragés ont l'impression d'attendre d'être secourus depuis des semaines, il ne s'est passé que quelques heures pour les membres de l'équipage.
S05E14 - Un bonheur inespéré
La découverte d'un vortex menant directement à la terre réjouit tout l'équipage. Seul Seven of nine ne semble pas convaincue par ce passage. Elle a raison. En l'empruntant, l'USS Voyager se retrouve piégé dans une créature qui dévore les vaisseaux.
S05E15 - Aux frontières des ténèbres (1/2)
Après avoir vaincu un vaisseau Borg, le capitaine Janeway décide de faire main basse sur leur technologie afin que l'USS Voyager regagne la terre plus rapidement.
S05E16 - Aux frontières des ténèbres (2/2)
Seven of nine est prise en otage par les Borgs, qui ont percé à jour les plans de Janeway.
S05E17 - Maladie d'amour
Harry Kim rencontre Tal, qui appartient au peuple Varro, et entame une relation avec elle, sans aucune autorisation médicale. Des problèmes surviennent lorsque les deux amoureux deviennent chimiquement dépendants l'un de l'autre.
S05E18 - Destination néant
Alors que Tom et Elena viennent de se marier, les membres de l'équipage est frappé par une étrange maladie, qui les désintègrent peu à peu.
S05E19 - Le combat
Le vaisseau se retrouve coincé dans l'Espace chaotique, où les lois de la physique sont dans un état d'instabilité constante. Chakotay est victime d'hallucinations, qui se manifestent sous la forme d'un match de boxe.
S05E20 - Les médiateurs
L'USS Voyager tombe dans une embuscade tendue par les Hazari. En échange de leur libération, ils exigent qu'on leur livre Seven of nine.
S05E21 - Le cargo
L'USS Voyager intercepte un cargo Malon endommagé. A bord, une fuite de gaz toxique menace une planète proche, aussi le lieutenant Torres envoie−t−il rapidement une équipe afin de la réparer.
S05E22 - Celui qui veille sur moi
Le docteur tente d'apprendre à Seven of nine le concept du rendez-vous galant. Mais au fur et à mesure des leçons, il se rend compte qu'il est train de tomber amoureux d'elle.
S05E23 - 23h59
Le capitaine Janeway raconte l'histoire d'une de ses ancêtres, première d'une longue lignée d'exploratrices, Shannon O'Donnell. Elle fut à l'initIative d'un projet de pont qui permit de relier la terre à sa première colonie, la planète Mars.
S05E24 - L'USS Relativity
Cet épisode retrace le premier jour de Janeway à bord de l'USS Voyager jusqu'à la destruction du vaisseau. Braxton demande à Seven of nine de l'aider à découvrir ce qui s'est passé afin d'éviter la catastrophe.
S05E25 - L'ogive
Après avoir reçu un signal de détresse émanant d'un missile extra−terrestre, Kim, Torres et le docteur découvrent qu'il s'agit en réalité d'une arme de destruction massive.
S05E26 - L'USS Equinox (1/2)
L'USS Voyager croise sur sa route un autre vaisseau de la Fédération en piteux état, l'Equinoxe. Le capitaine Janeway se prend de sympathie pour Rudy Ransom, le commandant de bord. Elle va l'aider à sauver son vaisseau afin qu'ils puissent faire route ensemble vers la terre.