1 300 ans après les événements des films originaux, les dragons ne sont plus qu'une légende pour le monde moderne. Lorsqu'une anomalie géologique ouvre une fissure de plusieurs kilomètres de profondeur à la surface de la Terre, des scientifiques du monde entier se réunissent dans un nouveau centre de recherche pour étudier le phénomène. Bientôt, un groupe d'enfants, amenés sur le site par leurs parents, découvrent la vérité sur les dragons et l'endroit où ils se cachent - qu'ils doivent garder secret afin de protéger ce qu'ils ont découvert.