Le Seaquest, après son auto-destruction, a été redessiné et reconstruit. Il est prêt désormais à reprendre du service. Le capitaine Nathan Bridger se rend sur les côtes de New Cape Quest pour inspecter le bateau. Il admire silencieusement le profil du nouveau sous-marin avant qu'il prenne congé définitivement de la surface de l'océan et renouvelle sa mission de paix au fond des mers.
S02E02 - Les Daggers - 2ème partie
Après avoir été obligé de détruire le vaisseau, un nouveau a été repensé, reconstruit et prêt pour de nouvellesmissions.
S02E03 - Message d'espoir
Le signal fantôme détecté par l'Union de la Terre est en réalité un message provenant d'une autre planète.
S02E04 - Le Monstre des profondeurs
Lorsque les colons de la base sous-marine Miranda sont frappés par une mystérieuse maladie, Bridger et le Seaquest viennent à leur secours. Ils les retrouvent transformés en mutants diaboliques. La base est en ruines et le monde utopique au fond de la mer est envahi par la haine, la peur et la violence. Pire encore, les sauveteurs envoyés par le Seaquest sont victimes d'hallucinations qui mettent leur vie en danger.
S02E05 - Une oreille attentive
Bridger, le capitaine du seaQuest et son équipage font d'intéressantes découvertes.
S02E06 - La Vie en vidéo
Un appel en provenance du passé mène vers le monde du futur le capitaine Bridger et l'équipage du Seaquest. Ils interceptent un vieux message télégraphique codé, suivi du son de la voix d'un enfant criant au secours.
S02E07 - Faux semblants
Après qu'une erreur dans un téléchargement donne à un sous-marin l'ordre de détruire le monde, l'équipage du seaQuest a pour ordre de l'arrêter.
S02E08 - Une si jolie petite fleur
Un appel de détresse urgent amène l'équipage du Seaquest à Calimar Colony, un laboratoire de recherches botaniques en eaux profondes dirigé par des spécialistes, cultivant des aliments dans les profondeurs de l'océan.
S02E09 - Le Passé effacé
A l'institut de Cryogénie, les techniciens découvrent que l'un des récipients est vide. Un patient a quitté apparemment son caisson de congélation et a ressuscité pour revivre dans le présent. A Cape Quest, Lucas, Piccolo et O'Neill se réunissent et observent Brody en train de lier conversation avec une superbe jeune femme, Allison.
S02E10 - Frère ennemis
Dagwood a beau être un humanoïde, il risque tout de même la prison à vie après qu'on l'aitaccusé du meurtre de son créateur.
S02E11 - Le Bout du tunnel
Un trio de seaquesters, Lucas, Brody et O'Neill est reconduit par Lonnie Henderson à bord d'une navette sur leur bateau. Mais leur enthousiasme tourne à la panique quand l'embarcation est prise dans une tornade...
S02E12 - Le Monstre des glaces
Au coeur de la luxuriante végétation aquatique, une ferme sous-marine utilisant des techniques de pointe pour ses cultures et appartenant à Charles Ford, est uneréussite...
S02E13 - Le Continent perdu
Alors qu'il effectue une mission exploratrice à la surface de l'océan, le commandant Ford est attaqué par lespectre d'un guerrier grec...
S02E14 - Sandra
Lucas prend une leçon de romantisme après être tombé amoureux, à la première rencontre, d'une jeune et jolie hôtesse à l'arcade virtuelle.
S02E15 - La Comète de Keller
La galaxie triangulaire est une vaste spirale de trois millions d'étoiles à deux milliards et demi d'année lumière, mais elle peut seulement être observé à travers un extraordinaire télescope.
S02E16 - Solitude
Le docteur Smith est obligé de se battre contre un nouveau pouvoir psychique, d?une telle force que ce pourrait être le diable en personne?
S02E17 - La Colère de Neptune
Lucas, Piccolo et Brody recherchent sur leur ordinateur l'île Solitaire, une terre qui s'enfonce dans les eaux au rythme de trois mètres par siècle. La mission du Seaquest est d'examiner, grâce au laser, l'intérieur du Solitaire pour la ramener graduellement vers la surface.
S02E18 - Le Coffre de Pandore
Dans une base de haute sécurité, le docteur Crichton, ainsi que trois experts, analysent ue boîte, vieille de huit mille ans, et sont d'accord sur le fait qu'elle puisse provenir d'extra-terrestres.
S02E19 - Le maraudeur
Malgré le traité de paix entre les humanoïdes de la colonie des GELFS et ceux de l'UEO, leur dirigeant Mariah a subi les conséquences de sa participation à la rébellion de la Grande Dague.
S02E20 - Un rêve pour deux
Tony Piccolo et Dagwood partagent un rêve dérangeant, qui devient un cauchemar récurrent.
S02E21 - Le Seaquest ne répond plus
L'équipage du seaQuest a une vision d'un ami d'enfance du capitaine Bridger, le commandant Scott Keller, qui lui demande de lui venir en aide.
S02E22 - L'esprit qui marche
Tony Piccolo et Dagwood partagent un rêve dérangeant, qui devient un cauchemar récurrent. Un ancien pirate Eddie Gaines, équipier de tony piccolo, tente de s'échapper de prison.