Au fond de l'océan, à une profondeur de deux miles nautiques, Bridger et son équipage - guidés par le jeune et agressif scientifique Young - explorent les mystérieux geysers sous-marins dont la chaleur et les émanations chimiques permettent l'existence d'une flore et d'une faune curieuses à une profondeur qui semblait interdire toute forme de vie.
S01E02 - Les Merveilles d'Alexandrie
Au cours d'une mission archéologique, le Seaquest découvre une annexe de la célèbre bibliothèque d'Alexandrie en Egypte et ramène de précieuses statues, bronzes et bijoux trouvés dans une salle qui aurait été protégée par la formation d'une poche d'air.
S01E03 - Échec et mat
Se rendant en Antarctique pour sauver un gardien de prison cryogénique et son prisonnier, le scientifique Zellar devenu tueur en série, met l'équipage du Seaquest en situation périlleuse. Ayant réussi à assassiner son gardien et à s'évader de sa cellule à bord du submersible, Zellar sème la terreur à bord, tuant marin après marin.
S01E04 - Le Trésor de la fosse de Tonga
Envoyé effectuer des essais à bord de la petite embarcation du Seaquest baptisé «Crabe», le lieutenant Krieg revient avec un étrange joyau sous-marin qui ne manque pas d'éveiller des convoitises et une sorte de «fièvre de l'or» chez certains membres de l'équipage. Constatant que que Krieg est plutôt réticent, Hitchcock s'interroge... Pendant ce temps, l'équipage du submersible subit des évaluations d'efficacité opérationnelle conduites par l'impitoyable capitaine Clayton, qui ne tarde pas à s'accrocher avec son collègue Bridger.
S01E05 - Frère et soeur
Mettant le cap sur un dépôt de munitions sous-marin qu'il est chargé de sceller et de bétonner définitivement avant qu'une explosion cataclysmique ne se produise, le captaine Bridger apprend que le dépôt a été occupé par une bande d'enfants qui attendaient le retour de leurs parents partis chercher du secours dans une vedette.
S01E06 - Les Anticorps
Lorsque le Seaquest fait escale au fond du Pacifique à «Node Trois», l'unité centrale informatique du réseau mondial de fibre-optique d'autoroutes de l'information, Lucas est ravi de faire la connaissance de son célèbre chef Clemens et de son équipe de «hackers», tous férus de Rom et de gigabytes. Mais Lucas est déchiré entre son admiration pour Clemens et la certitude que son idole est en train de détourner la puissance de Node Trois à ses propres fins.
S01E07 - Le Prix du pardon
L'équipe du Seaquest explore l'épave d'un paquebot qui a coulé, il y a près d'un siècle, dans de mystérieuses circonstances.
S01E08 - Le Triangle des bermudes
Le submersible d'un tour-opérateur français transportant des vacanciers lance un appel de détresse dans le Triangle des Bermudes. Le Seaquest est leur seul espoir, mais lorsque la vedette transportant Krieg, Westphalen, Lucas et Ford sombre dans la tempête, l'équipage se réfugie dans le canot de survie. Nathan Bridger doit alors choisir entre la vie de ses propres hommes et celle des touristes.
S01E09 - Le Centre de l'univers
L'air conditionné tombe en panne, contraignant le capitaine Bridger à faire appel au "Régulateur" pourqu'il leur vienne en aide.
S01E10 - Pour une mine d'or
Bridger trouve or et cupidité dans le " vieilOuest "...
S01E11 - L'Apprentissage de la vie
D'étranges messages parviennent au SeaQuest et plongent chacun dans une grande perplexité...
S01E12 - Opération sauvetage
Lorsque le Seaquest fait escale au fond du pacifique à Node Trois, poste central informatique du réseau mondial fibre-optique d'autoroutes de l'information, Lucas, l'informaticien, est ravi de faire la connaissance de son célèbre chef Clements et de son équipe de «hackers» tous férus de Rom et de gibabytes.
S01E13 - Rien que la vérité
Appelé au secours par un submersible «en difficulté», le Seaquest est envahi par le commando du fanatique colonel Schraeder, et la moitié de l'équipage est pris en otage. Bridger se résoudra-t-il à laisser couler le Seaquest pour empêcher les fanatiques d'en abuser?
S01E14 - Terre de feu
Une bouée de magma, créée afin d'empêcher les éruptions volcaniques et les tremblements de terre, finit sur uneîle.
S01E15 - Le Chant de baleines
Plusieurs navires baleiniers disparaîssent sans laisser de traces. Bridger et le Seaquest sont envoyés à la recherche d'un groupe de défenseurs de l'environnement, les «aqua-vigilantes», qui s'acharnent à «sauver les baleines» à tout prix. Vrai dilemme pour Bridger qui, dans son for intérieur, est 100 % d'accord avec la philosophie des aqua-vigilantes, même s'il réprouve leurs méthodes.
S01E16 - Tigre ou gazelle
Une lutte féroce a lieu entre plusieurs entreprises, y compris Hydrogear labs, une compagnie détenue par Enzo Dinato, afin de développer un submersible prototype.
S01E17 - Le Dictateur
L'ex-dictateur Teziof, recherché par l'alliance Est-européenne, imagine qu'il peut utiliser des dauphins pour l'aider à revenir au pouvoir. Il prend alors Westphalen et le scientifique Lansdowne en otage pour obliger Bridger à le laisser monter à bord du Seaquest. Mais lorsqu'il voit comment Darwin a appris à parler à son fils autiste, Tezlof change de priorité.
S01E18 - Soif de pouvoir
Se rendant dans l'île Mondial pour le sommet international, Bridger et son submersible se retrouvent au centre d'un complot monté par le truand Lamm pour prendre en otage les dirigeants de tous les grands pays du monde. Leur libération dépend de leur acceptation d'une nouvelle constitution mondiale.
S01E19 - La Sirène
Le capitaine Ford est tenu captif dans le repaire d'Abalon, tandis que la fille de ce dernier, Mika, guide le SeaQuest vers son père.
S01E20 - Le Rendez-vous meurtrier
Pendant son exploration de la fosse des Kouriles, un tremblement de terre met à jour un vaisseau spatial jusque-là prisonnier de la roche. Explorant l'énorme vaisseau, Keller et ses hommes rencontrent d'étranges extra-terrestres aux pouvoirs et aux armes incompréhensibles. Le danger augmente lorsque l'une de ces créatures, capable de se rendre invisible, pénètre dans le Seaquest pour dialoguer avec Darwin, avant de s'auto-détruire en même temps que tous ses semblables et leur énorme engin.
S01E21 - Massacre d'innocents
Bridger et le SeaQuest font feu sur un sous-marin, que l'on soupçonne de faire de la contrebande d'émeraudes, afin de savoir s'il y a des jeunes enfants à bord...
S01E22 - Un projet grandiose
Le père de Lucas, le Dr Wolenczack, a réussi à utiliser les courants océaniques pour générer de l'électicité pour le monde entier. C'est aussi un grand jour pour le Seaquest qui met le cap sur sa base à la fin de sa première croisière. Mais un énorme puits de lave s'ouvre sous la centrale de Wolenczack, menaçant de réchauffer tous les océans du monde, avec des conséquences désastreuses.