Jack et son équipe enquêtent sur l'enlèvement d'un petit garçon de deux ans à son domicile. Deux hypothèses s'offrent à eux : l'affaire est liée au pays d'origine de l'enfant ou à la notoriété de ses parents.
S06E02 - Le nettoyeur
L'équipe se demande si la profession d'un l'homme, qui nettoyait des scènes de crime pour gagner sa vie, n'est pas la cause de sa disparition et de celle de sa fille.
S06E03 - La fin et les moyens
L'équipe recherche une journaliste. Ils doivent essayer de savoir si elle a disparu en essayant de retrouver son fils. Elle croyait qu'il avait été fait prisonnier lors d'une mission de volontariat au Guatemala.
S06E04 - Bavure
L'équipe est à la recherche d'une femme qui a disparu après que son petit ami ait été assassiné par la police. Ils se demandent si le frère de la jeune femme, un dealer et leader de gang violent, est lié à cette disparition.
S06E05 - La fuite
L'équipe recherche une femme, Kelly Schmidt, qui a disparu après qu'il y ait eu une fusillade à son travail. Elle pourrait s'être enfuie pour protéger un sombre secret qui allait être révélé.
S06E06 - Après 6 ans de recherche
L'épisode poursuit l'enquête débuté dans l'épisode des Experts (8.05 "Who and What"). Gil Grissom et l'équipe du FBI cherche une piste qui les pourrait les aider à capturer le meurtrier présumé.
S06E07 - Les racines du mal
L'équipe de Jack Malone recherche un lycéen qui a disparu après avoir fait des remarques racistes en classe à propos des Afro-américains. L'enquête conduit à la découverte d'un secret de famille qui a, peut-être, un lien avec sa disparition.
S06E08 - En cage
Un pratiquant d'ultilmate fighting a disparu après avoir gagné un match. L'équipe découvre qu'il connaissait beaucoup de gens qui auraient pu souhaiter son enlèvement. L'un des suspects est un ennemi d'enfance, récemment sorti de prison.
S06E09 - Une seule erreur
Quand une ex-détenue récemment libérée vient à disparaître, l'équipe de Malone s'intéresse à son passé et à ses anciens clients qu'elle avait escroqués en détournant leur argent.
S06E10 - Comptes de Noël
Un étudiant, ancien enfant surdoué, disparaît après avoir reçu des menaces de mort alors qu'il travaillait comme Père Noël dans un centre commercial. L'équipe tente de déterminer s'il avait mis son génie au service d'agissements criminels...
S06E11 - Le privé
L'équipe doit retrouver Scott Lucas, un détective privé qui a disparu au cours d'une mission. Etant donné son travail et sa réputation (entre autres succès : la révélation de secrets plutôt gênants), la liste des suspects est longue.
S06E12 - Blessures de guerre
L'équipe enquête sur la disparition d'une employée de l'hôpital des vétérans. Les enquêteurs pensent que la disparition de cette femme pourrait être liée à ses connections avec un groupe radical anti-guerre ou à l'engagement de son père, lui-même vétéran de la guerre du Viêt Nam. Grant Mars aide Vivian dans son enquête.
S06E13 - Justicier solitaire
Jack tente de trouver le médecin qui a pratiqué des avortements illégaux sur des femmes qu'il forçait à se prostituer. Quand Jack disparaît, toute l'équipe craint le pire...
S06E14 - Rejets
Pendant que Jack se bat contre la mort à l'hôpital, l'équipe recherche Diana, une jeune fille de 16 ans tranplantée du coeur, qui a disparu après un entraînement de pom-pom girl. L'équipe essaye de savoir si la curiosité de Diana, à propos du jeune homme qui lui a sauvé la vie en lui donnant son coeur, ne serait pas la raison de sa disparition. Brian Donovan, le père du bébé que porte Samantha, réapparaît.
S06E15 - Déjà vue
L'équipe recherche un homme qui a disparu après s'être miraculeusement réveillé d'un coma de trois ans. Ses souvenirs ont peu à peu refait surface et il semblerait qu'il ait découvert un sombre secret en tentant de reconstituer sa vie avant son accident.
S06E16 - Ticket gagnant
Tandis que l'équipe est sur l'affaire d'une gagnante de la loterie qui a disparu après un séjour en camping, Jack enquête sur Brian Donovan et découvre quelques informations troublantes à son sujet...
S06E17 - Dépannages
Un dépanneur, Connor Banes, a disparu depuis dix heures. Deux semaines auparavant, l'homme avait sauvé un enfant de la mort et, sans son intervention, le garçonnet se dirigeait droit sous les roues d'un bus. Les agents récupèrent des balles et prélèvent du sang sur sa dépanneuse. L'analyse sanguine indique qu'il s'agit bien de son sang. Quelques heures plus tôt, l'homme devait récupérer une voiture saisie par la banque. Le propriétaire du véhicule, Ted Andrelli, dit qu'il était parti chercher ses amis pour empêcher Banes de prendre sa voiture. Mais lorsqu'ils sont arrivés, Banes avait disparu.
S06E18 - Retour de bâton
Cinq personnes, sans lien apparent, disparaissent d'un coffee shop. L'équipe doit établir la raison de leur disparition. Pendant ce temps, Spade se prépare à la naissance de son enfant.