Avec l'aide de sa bande d'alliés hétéroclites, Sonic affronte le Conseil du Chaos pour prendre le contrôle du puissant Prisme du Paradoxe, un fragment à la fois.
Shadow tend une embuscade à Sonic dans la vacuité du Paraverse afin de lui demander des comptes sur la destruction de Green Hill, et de prendre les choses en main.
S02E02 - Un combat dans le Bosquet
Alors que le Conseil du Chaos fouille partout en quête du fragment de Prisme du Bosquet, Sonic réalise que seul un combat pourra empêcher les robots de détruire la forêt.
S02E03 - Second souffle
Pour sauver l'équipage du capitaine La Terreur et récupérer le fragment, Sonic doit jouer son atout : sa rapidité d'action. À son grand étonnement, il reçoit du renfort.
S02E04 - Sans issue
Quand l'équipage de La Terreur remet en question la loyauté de Sonic, des amis passent à l'ennemi. Peu après, une bataille pour le fragment éclate en haute mer…
S02E05 - Un phare dans le chaos
Le Conseil du Chaos revient à Néo Yoke City plus puissant que jamais, ce qui force les rebelles à sortir de l'ombre et à se battre sur leur terrain.
S02E06 - Double embrouille
Sonic trouve son égal en Chaos Sonic, une version robotisée de lui-même conçue pour ne jamais échouer. Pendant ce temps, le Conseil du Chaos décide d'étendre son empire.
S02E07 - On ne fait pas d'omelette…
La clé de réassemblage du Prisme du Paradoxe est dans l'un des para-spaces. Nine et Sonic pourront-ils ouvrir un portail afin d'y transporter sans risque les fragments ?
S02E08 - L'ombre d'une chance
Tandis que Nine reconstitue le Prisme du Paradoxe, Shadow et Sonic tentent de gagner du temps en affrontant le Conseil, mais une surprise de taille les attend.