Après avoir vaincu Object, Alice, Iska et Sisbell retournent au palais de Nebulis. Iska devient la gardienne de Sisbell à la suite d'un pacte secret et ils se rapprochent un peu plus chaque jour. Le cœur d'Alice se serre en voyant sa sœur bras dessus bras dessous avec Iska. Une sombre conspiration se prépare et le trio est pris entre deux feux. Mais pourront-ils découvrir la vérité à temps et empêcher une guerre totale ?