Mikoto et sa bande rendent visite à Banri à l'hôpital, mais un criminel prend Erii en otage et un violent combat se livre sur le toit.
S02E02 - Critique
Mikoto enquête sur l'apparition de mystérieuses enveloppes remplies d'argent liquide qui semblent impliquer une étudiante affirmant qu'elle peut tuer d'un simple contact.
S02E03 - Project Radio Noise
En exploitant un indice trouvé lors de sa précédente enquête, Mikoto découvre que l'ADN dont elle a fait don a servi à créer des clones, les "Sisters".
S02E04 - Sisters
Une fois la rumeur autour de ses clones dissipée, Mikoto s'offre une séance shopping avec Kazari et Erii mais aperçoit bientôt un visage familier...
S02E05 - Plan de l'évolution du pouvoir ultime (Projet Level 6 Shift)
Mikoto apprend que Misaka 9982 est l'une des 20 000 Sisters, lesquelles sont destinées à servir de chair à canon contre Accelerator, le plus puissant des espers niveau 5.
S02E06 - Parce que je m'inquiète pour vous
Après une lutte féroce contre un Accelerator sans pitié, Mikoto décide de détruire l'ensemble des bâtiments liés au projet Sisters sans en souffler mot à son entourage.
S02E07 - Je veux devenir votre force, Onee-sama
La bande de Mikoto s'inquiète de la vie nocturne agitée de leur amie, ignorant qu'elle est sur le point de mettre un terme définitif au Projet clones.
S02E08 - ITEM
Knockraven, le responsable du Projet clones, envoie une équipe de mercenaires pour arrêter Mikoto. Celle-ci se retrouve face à la dangereuse Frenda.
S02E09 - AIM Stalker
Affaiblie par son affrontement avec Frenda et les autres mercenaires d'ITEM, Mikoto ne peut venir en aide à Shinobu lorsque celle-ci est kidnappée.
S02E10 - Destructeur atomique (Meltdowner)
Mikoto parvient à triompher de la dernière mercenaire d'ITEM après une âpre bataille et pénètre dans l'enceinte du bâtiment des clones. Mais les lieux ont été désertés.
S02E11 - Distributeur
La victoire de Mikoto est de courte durée : Misaka 10031 apparaît bientôt pour lui révéler que le Projet clones est toujours d'actualité.
S02E12 - Tree Diagram
Mikoto parvient à hacker le super-ordinateur du Projet clones mais celui-ci n'est plus en activité. Pendant ce temps, Misaka 10031 se prépare à affronter Accelerator.
S02E13 - Une seule issue (Accelerator)
Misaka 10031 est tuée au cours de son combat contre Accelerator. Tōma trouve son corps sans vie et découvre la véritable nature des Sisters.
S02E14 - Promesse
Mikoto est convaincue que le seul moyen de stopper le Projet clones est de se sacrifier, mais Tōma suggère une alternative risquée.
S02E15 - Toma Kamijo
Pendant que Tōma parvient à faire barrage à Accelerator malgré la disparité de leurs pouvoirs, Mikoto rallie les autres Sisters au combat.
S02E16 - Sœurs
La bataille finale contre Accelerator a un dénouement inattendu qui signe l'arrêt du Projet clones. Mikoto s'interroge sur l'avenir des Sisters.
S02E17 - Groupe d'étude
Mikoto trouve une excuse pour ses absences répétées à l'école et apprend que la durée de vie des Sisters va être rallongée.
S02E18 - Déménagement
Mikoto et sa bande rendent visite à Banri à sa sortie d'hôpital. Kuroko et Kazari se préparent à encadrer la sécurité de l'exposition annuelle des travaux de recherche.
S02E19 - La conférence de recherche de la Cité scolaire
La bande prend sur elle de protéger une mystérieuse orpheline aux cheveux blancs nommée Febri, qui semble connaître Mikoto et s'attache à Ruiko.
S02E20 - Febli
Alors qu'elles rentrent des bains publics, Mikoto et ses amies sont attaquées par un robot qui cesse subitement de fonctionner lorsqu'il s'approche de Febri.
S02E21 - Les ténèbres
Mikoto révèle le secret de Febri à ses amies, lesquelles acceptent de l'aider à enquêter sur les origines de la fillette et à la protéger.
S02E22 - Study
Mikoto retrouve l'usine et le savant génial qui ont donné naissance à Febri. Elle se retrouve face à face avec une ancienne alliée passée du côté de l'ennemi.
S02E23 - L'aube d'une révolution (Silent Party)
Mikoto apprend qu'après sa capture, Shinobu a été enrôlée de force dans une conspiration destinée à lever une armée d'espers pour prendre d'assaut l'exposition annuelle.
S02E24 - Eternal Party
Judgment et Kuroko font face à l'armée de robots tandis que Mikoto et Febri cherchent à débusquer Aritomi de son repaire secret avant qu'il ne soit trop tard.