Après bien des péripéties, c’est à présent l’heure de la guerre totale. Les rôles s’inversent, et c’est désormais au tour de Shido de porter secours à Kurumi, qui fait face à la dernière personne qu’elle aurait imaginé affronter : Reine Murasame, A.K.A Phantom. Au même moment, Westcott rassemble toutes les forces de DEM et entreprend de tuer Shido grâce au pseudo-Esprit Nibelcole…
Alors que beaucoup de nouvelles questions se posent après la dernière bataille, Shidô explique ce que Kurumi a fait pour lui, ainsi que ses objectifs.
S05E02 - Dernier repos
Les esprits décident de préparer à manger à Shidô pour le remercier de tout ce qu'il a fait pour elles.
S05E03 - Résurrection des esprits
La grande bataille a commencé, et les forces en présence déploient tout leur arsenal pour affronter l'ennemi, mais les faux-semblants et les trahisons sont de mise.
S05E04 - L’esprit originel
Shinji Takamiya et sa sœur Mana recueillent une jeune fille amnésique sous leur toit à la suite d'une grosse explosion près de chez eux.
S05E05 - Maman zéro
Maintenant que Mio, connue aussi sous le nom de Reine, est réapparue à travers Kurumi, les combats prennent une autre tournure, et Shidô lui demande quelques explications.
S05E06 - Les trois mages
Confronté à Shidô, qui veut le vaincre, Isaac Westcott se souvient de son enfance avec Elliot, Ellen et Karen.
S05E07 - L'arbre de vie perd ses feuilles
Le Fraxinus accueille les blessées dont Artemisia et se prépare à attaquer les forces ennemies, mais ces dernières sont apparemment équipées de matériel impossible à combattre.
S05E08 - Le doigt sur la gâchette
Pendant que Shidô se rend compte de ce qui se passe, Tohka, en pleine introspection, se dit qu'elle peut encore le sauver.
S05E09 - « Deuxième » rendez-vous
Shidô a réussi à remonter le temps pour demander à Reine de passer la journée avec lui. Elle finit par accepter, mais il reste à trouver l'endroit approprié.
S05E10 - Un champ de bataille improbable
Le rendez-vous avec Reine se poursuit, et Shidô fait de son mieux pour conclure, mais les forces de DEM lancent déjà leur attaque.
S05E11 - Un paradis éphémère
Kurumi est revenue dans le combat à la surprise générale, et Shidô, entouré de ses amies, va tenter d'en finir avec la mère des esprits une bonne fois pour toutes.
S05E12 - Le choix qu'elle a fait
Pendant que Mio, Reine, Shinji et Shidô sont sur la plage, Westcott tente de devenir un esprit originel. Shidô et ses camarades vont devoir déployer toutes leurs forces pour contrer les sorts de leur ennemi.