Il y a 30 ans, un séisme spatial en Eurasie avait détruit la région dans laquelle il s'était produit, provoquant la mort de plus de 150 millions de personnes. Ce genre de désastre a été commis, délibérément ou non, par des femmes appelées esprits.
S03E02 - Réussiras-tu à me trouver ?
Pour trouver qui parmi ses amis a été remplacé par Natsumi, Shido commence à avoir des rencontres individuelles avec chacun d'eux.
S03E03 - Tu es Natsumi
Shido va à un rendez-vous avec Kotori, Kaguya, Miku, Ai, Mai, Mii, Tamae et Origami, mais il est toujours incapable de déterminer en qui Natsumi se déguise. En conséquence, Natsumi fait disparaitre de plus en plus de personnes, ne laissant que Kotori, Kaguya, Miku et Origami.
S03E04 - Transformation
Shido est bien occupé par les esprits transformés en enfants par Natsumi, heureuse de le faire souffrir. Pendant ce temps, les hauts dirigeants de DEM établissent des plans pour tuer Westcott. Lorsque Natsumi est attaquée par une unité de DEM dirigée par Ellen, Shido et les autres esprits viennent la secourir.
S03E05 - Le désespoir vient s'écrouler
Natsumi ne croit pas à ce que les autres pensent d'elle. Alors, elle se déguise en Kotori pour affirmer qu'elle (Natsumi) est moche, mais en discutant elle devient encore plus confuse. En effet, ils ont une vision bien plus positive d'elle qu'elle ne le croyait.
S03E06 - Des chemins séparés
Shido apprend qu'Origami a quitté l'école et la cherche dans son appartement où elle le capture. Ligoté, Shido apprend qu'elle doit tenir sa promesse de tuer tous les esprits pour venger la mort de ses parents, alors qu'elle reconnait qu'ils ne constituent plus une menace.
S03E07 - Un nouveau pouvoir
Alors que Origami se bat contre les autres Esprits, Natsumi, déguisée en Origami, et Yoshino portent secours à Shido. En même temps, le Fraxinus continue à se battre contre Ellen et son vaisseau.
S03E08 - Le roi-démon qui répand les ténèbres
Origami persuade Kurumi de l'envoyer dans le passé pour empêcher la mort de ses parents à l'aide d'une balle qu'elle n'avait jamais testé: Yud Bet.
S03E09 - La ville de Tengû, il y a 5 ans
Kurumi dirige Shido vers où Kotori a reçu ses pouvoirs spirituels. En utilisant la magie de Natsumi pour avoir l'apparence de ses 10 ans, Shido est obligé d'assister aux événements qui se sont produits lors de l'arrivée et de l'attaque de l'Origami du futur.
S03E10 - Nouveau monde, nouvelle personne
Shido trouve que le monde est différent, personne ne pouvant se rappeler d'Origami. Les filles remarquent que quelque chose inquiète Shido, car il souhaite revoir Origami. Natsumi propose que Kotori et Yoshino encouragent Shido dans des tenues de femme de chambre embarrassantes.
S03E11 - L'ange d'une nuit étoilée
Shido explique à Kurumi qu'ils sont les seuls à se rappeler de la chronologie précédente. Reine a analysé des séquences d'Origami inversée et des théories selon lesquelles, malgré l'altération du continuum espace-temps, Origami possède à la fois sa personnalité actuelle et celle de l'ancienne.
S03E12 - À la conquête d'Itsuka Shidô
Lors d'un examen physique, Shido fait preuve d'une capacité physique inhabituelle pouvant rivaliser avec celle d'un esprit avant de s'évanouir.